[發明專利]結腸腺癌的焦亡相關lncRNA預后模型及其構建方法和應用

在審

• 申請號: 202210252085.7
• 申請日: 2022-03-15
• 公開（公告）號: CN114627970A
• 公開（公告）日: 2022-06-14
• 發明（設計）人: 陳永恒;譚裕瑩;盧禮卿;梁旭俊;李茂玉;陳主初
• 申請（專利權）人: 中南大學湘雅醫院
• 主分類號: G16B50/30
• 分類號: G16B50/30;G16B5/00;G16H10/60;G16H70/60
• 代理公司: 長沙智路知識產權代理事務所(普通合伙) 43244
• 代理人: 張毅

1.一種結腸腺癌的焦亡相關lncRNA預后模型構建方法，其特征在于，包括以下步驟：

S1、從TCGA數據庫獲取結腸腺癌的轉錄組數據、miRNA數據及患者臨床數據；

S2、從所述轉錄組數據中篩選得到差異表達mRNAs和差異表達lncRNAs，即DEmRNAs和DElncRNAs，從所述miRNA數據中篩選得到差異表達miRNAs，即DEmiRNAs；

S3、對所述DEmiRNAs、DEmRNAs和DElncRNAs，根據miRcode、TargetScan,miRTarBase和miRDB 4個數據庫以及GeneCards數據庫得到焦亡相關mRNAs，以及與所述焦亡相關mRNAs相關聯的焦亡相關miRNAs和焦亡相關lncRNAs，構建焦亡相關ceRNA網絡；

S4、將所述焦亡相關lncRNAs與所述患者臨床數據進行整合，進行單因素Cox回歸分析，得到與結腸腺癌生存相關的lncRNA；

S5、將所述與結腸腺癌生存相關的lncRNA納入LASSO回歸分析得到每個與結腸腺癌生存相關的lncRNA的權重系數，建立基于ceRNA網絡的焦亡相關lncRNA預后模型：其中，X_i為患者具有的與結腸腺癌生存相關的lncRNA的權重系數，Y_i為患者具有的與結腸腺癌生存相關的lncRNA的表達水平，n為患者具有的與結腸腺癌生存相關的lncRNA的個數。

2.根據權利要求1所述的結腸腺癌的焦亡相關lncRNA預后模型構建方法，其特征在于，步驟S1中，所述患者臨床數據包括患者的年齡、性別、腫瘤分期、生存與否，所述轉錄組數據和miRNA數據包括每個RNA在各個樣本中的表達水平。

3.根據權利要求1所述的結腸腺癌的焦亡相關lncRNA預后模型構建方法，其特征在于，步驟S2中，所述篩選的條件為fdr0.05、log|FC|1，fdr為偽發現率，FC為差異倍數，通過R語言的edgeR軟件包進行篩選，步驟S4中，采用R軟件生存軟件包進行單因素Cox回歸分析，所述單因素Cox比例風險回歸分析中的p0.05，步驟S5中，運用glmnet軟件包進行LASSO回歸分析。

4.根據權利要求1所述的結腸腺癌的焦亡相關lncRNA預后模型構建方法，其特征在于，所述步驟S3包括以下步驟：

S3.1、對所述DEmiRNAs、DEmRNAs和DElncRNAs，根據miRcode數據庫得到DElncRNA-DEmiRNA關系對，根據TargetScan,miRTarBase和miRDB 3個數據庫得到DEmiRNA靶向的mRNA；

S3.2、從GeneCards數據庫獲取的焦亡相關基因；

S3.3、將所述DEmiRNA靶向的mRNA、步驟S2所述的DEmRNAs及所述焦亡相關基因取交集，得到焦亡相關mRNAs；

S3.4、根據所述DElncRNA-DEmiRNA關系對和DEmiRNA靶向的mRNA得到與所述焦亡相關mRNAs相關聯的DEmiRNAs和DElncRNAs，即焦亡相關miRNAs和焦亡相關lncRNAs，繪制焦亡相關ceRNA網絡。

5.根據權利要求1所述的結腸腺癌的焦亡相關lncRNA預后模型構建方法，其特征在于，所述步驟S2得到5373個DEmRNAs，355個DEmiRNAs和1159個DElncRNAs；步驟S3中，所述焦亡相關mRNAs包括TXNIP，SESN2，CEBPB，ALK，和IL1B，所述焦亡相關ceRNA網絡包括5個焦亡相關mRNAs，7個焦亡相關miRNAs和132個焦亡相關lncRNAs。