[發明專利]用于空間轉錄組測序的組織透化方法在審
| 申請號： | 202210138701.6 | 申請日： | 2022-02-15 |
| 公開（公告）號： | CN114540463A | 公開（公告）日： | 2022-05-27 |
| 發明（設計）人： | 鄭洪坤;劉敏;張夢龍;劉晨陽 | 申請（專利權）人： | 北京百邁客生物科技有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6806 | 分類號： | C12Q1/6806 |
| 代理公司： | 北京路浩知識產權代理有限公司 11002 | 代理人： | 黃爽 |
| 地址： | 101300 北京市順義區南*** | 國省代碼： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 用于 空間 轉錄 組測序 組織 方法 | ||
1.用于空間轉錄組測序的組織透化方法，其特征在于，包括以下步驟：
(1)組織貼片、固定及染色：將新鮮冷凍組織切片貼于生物芯片指定區域，然后將芯片放入固定液中固定，并進行HE染色及掃描儀成像；
其中，所述生物芯片帶有mRNA捕獲探針；
(2)組織透化：將步驟(1)所得芯片放入組織透化液中孵育一段時間后，去除組織透化液；
其中，所述組織透化液的組成如下：組織透化原液60μl+0.1M HCl 5940μl；所述組織透化原液的配制方法為：將0.1g胃蛋白酶溶于1000μl無核酶水中；
(3)熒光cDNA合成：向芯片孔內加入含有熒光基團的cDNA合成試劑進行cDNA合成；
(4)組織移除：去除cDNA合成試劑，向芯片孔內加入組織移除液；
(5)熒光掃描成像。
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(1)中所述固定液為甲醇或甲醛；固定條件為：-20℃固定20-30min。
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(2)進行組織透化的溫度為37℃。
4.根據權利要求1所述的，其特征在于，步驟(3)所述含有熒光基團的cDNA合成試劑的組成如下，按每孔計：5×反轉錄緩沖液20μl，200U/μl反轉錄酶5μl，10mM dNTPs 15μl，1mMCy3-dCTP 0.5μl，40U/μl RNaseOUT 5μl，無核酶水補齊至100μl。
5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，步驟(3)cDNA合成的條件為：42℃反應1.5h。
6.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(4)所述組織移除液的組成如下：20mg/ml蛋白酶K12.5μl和PKD緩沖液87.5μl。
7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟(4)組織移除的條件為：56℃反應1h。
8.根據權利要求1-7任一項所述的方法，其特征在于，在進行熒光掃描成像之前，還包括對組織移除后的芯片進行梯度洗滌的步驟，具體如下：
1)用50℃預熱的含0.1％SDS的2×SSC溶液沖洗芯片10-20次；
2)用0.2×SSC溶液沖洗芯片10-20次；
3)用0.1×SSC溶液沖洗芯片10-20次。
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