[發明專利]一種基因突變位點的定位方法

在審

• 申請號: 202111675710.0
• 申請日: 2021-12-31
• 公開（公告）號: CN114350782A
• 公開（公告）日: 2022-04-15
• 發明（設計）人: 程云陽;巴穎;操利超;張核子;盧曉萍
• 申請（專利權）人: 深圳市核子基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6806;C12Q1/686
• 代理公司: 廣州嘉權專利商標事務所有限公司 44205
• 代理人: 劉燚

本發明屬于生物技術領域，公開了一種基因突變位點的定位方法，包括以下步驟：將核酸片段N1?N2?UMI?N3配置于不同的第一微反應器中，使每個第一微反應器中配置的核酸片段包括不同的UMI標簽序列；將包含基因突變位點的樣本中的每個模板和核酸片段N1?N2?UMI?N3配置于不同的第二微反應器中；擴增模板得擴增產物，使位于一個第二微反應器中的擴增產物攜帶有相同的UMI標簽序列，通過比對UMI標簽序列即可判斷擴增產物是否來源于同一個模板，進而判斷基因突變位點在模板上的定位，解決了測序過程中無法判斷不同的突變位點是否來源于同一模板的問題。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，具體涉及一種基因突變位點的定位方法。

背景技術

基因突變是基因組DNA分子發生的突然的、可遺傳的變異現象。基因突變是導致很多遺傳性疾病的主要原因，隨著基因測序技術的發展，使得測序得到特定的基因突變位點成為可能，準確預測這些基因突變位點與遺傳疾病的關聯無疑為遺傳疾病的診斷提供了新思路，這就需要先對這些基因突變位點定位。

當樣品中存在多個基因突變，需要定位其是否來源于同一條模板時：若多個基因突變在基因組上的位置相距幾百bp，一代測序可以判斷其是否來源于同一條模板；若多個基因突變在模板上的位置相距幾千到幾萬bp，Pacbio三代測序可以判斷其是否來源于同一條模板，但是Pacbio三代測序儀目前市場普及度遠遠不如二代測序儀，且其進行目標區域測序判斷突變位置時，建庫步驟復雜、成本高、起始模板投入量高；若多個基因突變在模板上的位置達到幾十萬bp時，還沒有相對成熟且準確的方法判斷其是否來源于同一條模板。基于此，提供一種基因突變位點的定位方法顯得尤為重要。

發明內容

本發明旨在至少解決上述現有技術中存在的技術問題之一。為此，本發明提出一種基因突變位點的定位方法，使來源于不同模板的擴增產物攜帶不同的特異性分子標簽UMI，進行二代測序，通過判斷不同的擴增產物攜帶的UMI標簽的序列即可分辨各擴增產物是否擴增自同一模板，進而可對基因突變位點進行定位。

說明書中提到的核酸片段的反向均為5’-3’。

根據本發明的一個方面，提出了一種基因突變位點的定位方法，包括以下步驟：

S1：提供第一油相和第一水相，所述第一水相為制備核酸片段N1-N2-UMI-N3(5’-3’)的反應體系，混合所述第一油相和所述第一水相形成第一微反應器，將所述核酸片段N1-N2-UMI-N3配置于不同的所述第一微反應器中，使每個所述第一微反應器中配置的所述核酸片段上的UMI標簽序列不同；其中所述UMI標簽序列為包括8～12個堿基的隨機序列，N1、N2和N3分別為包括13～20個堿基的固定序列；

S2：提供包含基因突變位點的樣本，將所述樣本中的每個模板和所述核酸片段N1-N2-UMI-N3配置于不同的第二微反應器中；

S3：擴增所述模板得擴增產物，使位于一個所述第二微反應器中的所述擴增產物攜帶相同的所述UMI標簽序列，比對所述UMI標簽序列，若所述UMI標簽序列相同，則所述擴增產物來源于同一個所述模板；若所述UMI標簽序列不同，則所述擴增產物來源于不同的所述模板；進而判斷所述基因突變位點在所述模板上的定位。

根據本發明的一種優選的實施方式，至少具有以下有益效果：

本發明將樣本中的每條模板配置在不同的微反應器中，并在每個微反應器中配置一種UMI標簽序列，使每個微反應器中的擴增產物(即來源于同一模板)攜帶相同的UMI標簽序列，各個微反應器之間的擴增產物(即來源于不同的模板)攜帶不同的UMI標簽序列，根據UMI標簽序列即可分辨基因突變位點來源于哪條模板，解決了測序過程中無法判斷不同的突變位點是否來源于同一模板的問題。

在本發明的一些實施方式中，所述核酸片段N1-N2-UMI-N3是以核酸片段N2-UMI-N3為模板，載體-N1-N2為上游引物，核酸片段N3’為下游引物經乳液PCR獲得的。