[發明專利]基于多重熒光定量ARMS-PCR技術的新冠病毒奧密克戎突變序列檢測技術及其應用

在審

• 申請號: 202111497771.2
• 申請日: 2021-12-09
• 公開（公告）號: CN113943838A
• 公開（公告）日: 2022-01-18
• 發明（設計）人: 孔祥賓;李萬帥;湯麗麗
• 申請（專利權）人: 常州國藥醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 常州市權航專利代理有限公司 32280
• 代理人: 黃晶晶

本發明提供一種基于多重熒光定量ARMS?PCR技術的新冠病毒奧密克戎（Omicron）突變序列檢測技術及其應用。本發明主要基于熒光定量ARMS?PCR技術針對目前奧密克戎（Omicron）變異株S基因特異性突變類型，如序列位置23599，序列變化TG、序列位置23048，序列變化GA、序列位置23202，序列變化CA、序列位置22898，序列變化GA進行單管或多管多重檢測。其試劑盒可以很好的鑒別目前流行的新冠病毒奧密克戎株新的關鍵突變且特異性好，對新冠病毒（奧密克戎）突變監測具有十分積極的意義。

技術領域

本發明涉及生物技術領域，特別是涉及基于多重熒光定量ARMS-PCR技術的新冠病毒奧密克戎核酸突變類型檢測技術及其應用。

背景技術

自2019年12月起爆發的新型呼吸系統疾病，截止2021年1月中旬已在全球確診超過九千萬例，主要臨床癥狀表現為發熱、乏力、干咳。經分離鑒定，確認其病原為一種新型冠狀病毒，國際病毒分類學委員會將其命名為“SARS-CoV-2”。這是目前在人體中發現的第七種冠狀病毒，之前主要有6種，其中229E，OC43，NL63，HKU1四種致病性較輕，可引起輕微呼吸道疾病，其余兩種SARS冠狀病毒和MERS冠狀病毒，可引起嚴重呼吸道疾病。

由于新冠肺炎疫情全球持續爆發以及RNA病毒更容易在復制過程中突變，新冠病毒突變位點不斷出現，相繼出現Alpha、Beta、Gamma、Delta等世衛組織關注變異株。這對疫苗的預防效果和病毒監測都帶來了一定的風險。近日在南非發現了一快速傳播的SARS-CoV-2冠狀病毒新變種。在這一變種中發現了超出之前所有變種株所含突變的大量關鍵突變。受到全球廣泛關注，世衛組織將這種變種命名為Omicron。該變種的直接參與感染人體細胞的關鍵蛋白-刺突蛋白突變有已發現的變異突變有32處，而在去年10月報告發現的德爾塔變異株僅有15處突變。刺突蛋白突變的32個，與Delta和Alpha變異毒株有多處重合，因此，該突變株可能有復制能力增強的特征。其RBD具有K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A、Q493R、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547K等突變，是RBD突變最多的突變株，可能會影響抗體識別和疫苗接種。Furin切割位點附近有H655Y、N679K、P681H突變，可能增強病毒復制能力和感染力。其中涉及S蛋白功能的446GS、547TK、496GS、679NK關鍵性新發突變尤為重要。針對新冠病毒檢測陽性的病例，確認是否屬于新冠病毒奧密克戎突變株及是否具有這四種關鍵突變類型，對于病毒監測具有重要意義。

多種熒光定量ARMS-PCR檢測技術融匯了ARMS-PCR的靈敏性、DNA雜交的特異性、同一管多重或多管快速檢測的優點，是目前臨床檢驗中認同程度很高的一種檢測技術，已廣泛應用于科學研究和臨床檢測。但目前已上市產品中絕大多數為普通新冠病毒檢測產品，沒有涉及新冠奧密克戎病毒及新突變類型技術產品。

發明內容

鑒于以上所述現有技術的缺點，本發明的目的在于提供一種基于熒光定量ARMS-PCR技術的新冠病毒(奧密克戎)核酸突變基因類型檢測技術及其應用。

本發明一方面提供了一種用于檢測新冠病毒奧密克戎病毒株核酸S基因突變類型的試劑盒，所述試劑盒包括以下引物和探針組中的任一種或幾種，其中每組中的引物都包含正向引物和反向引物，每個所述探針的兩端分別標記有熒光報告基團/熒光淬滅基團：

a.用于檢測S基因突變類型：序列位置23599，序列變化TG的引物和探針；其中正向引物的核苷酸序列如：SEQ ID No.1所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，其中探針的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示；

b.用于檢測S基因突變類型：序列位置23048，序列變化GA的引物和探針；其中正向引物的核苷酸序列如：SEQ ID No.4所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，其中探針的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示；