[發明專利]一種人偏肺病毒的MNP標記位點、引物組合物、試劑盒及其應用

有效

• 申請號: 202111329194.6
• 申請日: 2021-11-10
• 公開（公告）號: CN114107563B
• 公開（公告）日: 2023-07-07
• 發明（設計）人: 李甜甜;方治偉;陳利紅;周俊飛;彭海;高利芬;李論;肖華鋒;萬人靜
• 申請（專利權）人: 江漢大學
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12N15/11;C12R1/93
• 代理公司: 北京眾達德權知識產權代理有限公司 11570
• 代理人: 潘行

本發明公開了一種人偏肺病毒的MNP標記位點、引物組合物、試劑盒及其應用，所述MNP標記位點是指在人偏肺病毒基因組上篩選的區分于其他物種且在物種內部具有多個核苷酸多態性的基因組區域，包括MNP?1～MNP?11的標記位點；所述引物如SEQ?ID?NO.1～SEQ?ID?NO.22所示。所述MNP標記位點能特異的鑒定人偏肺病毒并精細的區分不同的亞型；所述引物互不干擾，綜合多重擴增和測序技術，可一次性對多樣本的所有標記位點進行序列分析，具有高通量、多靶點、高靈敏和檢測低頻變異的優勢，可應用于大規模樣本的人偏肺病毒的鑒定和遺傳變異檢測，對人偏肺病毒的科研、退化監測具有重要意義。

技術領域

本發明實施例涉及生物技術領域，特別涉及一種人偏肺病毒的MNP標記位點、引物組合物、試劑盒及其應用。

背景技術

人偏肺病毒(human?metapneumovirus)屬副黏病毒科，為單股負鏈RNA病毒，是一種易引發急性呼吸道感染的病毒，于2001被荷蘭學者首次發現，隨后發現該病毒在世界范圍內普遍存在，并已經在人類中傳播了至少50年。人偏肺病毒被認為是導致呼吸道感染的第二大原因，感染后主要表現為發熱、咳嗽、鼻塞、流涕等癥狀，臨床表現與常見的呼吸道合胞病毒(respiratory?syncytial?virus，RSV)感染類似。該病毒的特點是1-3歲的幼兒為易感人群，且存在著反復感染的情況。目前人偏肺病毒感染機制尚不完全清楚，臨床治療無針對性，也沒有疫苗進入臨床使用。因此，快速、準確的人偏肺病毒的檢測對于及時診斷病因，做到早發現早治療，減少病情惡化具有重要意義。另外，人偏肺病毒作為群體生物，在和宿主、環境的互作中，群體內個體會發生變異，導致檢測或治療方法的失效；對于實驗研究來說，這種不易被察覺的變異會導致不同實驗室或同一實驗室不同時期相同命名的毒株實際上并不相同，導致實驗結果的不可重現和不可比較。因此，開發快速、準確的、可監測變異的人偏肺病毒檢測分析方法對于人偏肺病毒的臨床治療、防疫檢測和科學研究和都具有重要意義。

經典的人偏肺病毒檢測方法，包括分離培養、PCR技術、全基因組和宏基因組測序等，在時長、操作復雜度、檢測通量、檢測變異的準確性和靈敏度、成本等方面存在一個或多個局限。融合超多重PCR擴增和高通量測序的靶向分子標記檢測技術，可以在低微生物含量的樣本中靶向的富集目標微生物，避免了全基因組和宏基因組測序帶來的大量數據浪費和背景噪音，具有樣本需要量少、診斷結果精確，節約數據量、檢測低頻變異的優勢。

現有的靶向檢測技術檢測的分子標記主要包括SNP和SSR標記。SSR標記是公認的多態性最高的標記，但在微生物中數量少；SNP標記數量巨大，分布密集，是二態性標記，單個SNP標記的多態性不足以捕獲微生物種群中潛在的等位基因多樣性。

因此，開發病原微生物人偏肺病毒的高多態性的新型分子標記及其檢測技術，成為亟待解決的技術問題。

發明內容

本發明目的是提供一種人偏肺病毒的MNP標記位點、引物組合物、試劑盒及其應用，可以對人偏肺病毒進行定性鑒定和變異檢測，具有多靶標、高通量、高靈敏和精細分型的效果。

為實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

在本發明的第一方面，提供了一種人偏肺病毒的MNP標記位點，所述MNP標記位點為在人偏肺病毒基因組上篩選的物種特異的、且在物種內部具有多個核苷酸多態性的基因組區域，包括KC562224.1基因組上的MNP-1、MNP-3～MNP-4、MNP-6、MNP-8～MNP-9、MNP-11的標記位點以及KC403972.1基因組上的MNP-2、MNP-5、MNP-7和MNP-10的標記位點。

上述技術方案中，MNP-1～MNP-11的標記位點具體如說明書表1所示，表1中標注的所述MNP標記的起始和終止位置是基于表1中MNP同一行對應的參考序列確定的。