[發(fā)明專利]一種大麥CBF4基因的Indel分子標(biāo)記及其應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202111190279.0
• 申請日: 2021-10-13
• 公開（公告）號: CN113718054A
• 公開（公告）日: 2021-11-30
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 秦丹丹;董靜;許甫超;徐晴;劉瑞;彭嚴(yán)春
• 申請（專利權(quán)）人: 湖北省農(nóng)業(yè)科學(xué)院糧食作物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 武漢智嘉聯(lián)合知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 42231
• 代理人: 姜婷

1.一種大麥CBF4基因的Indel分子標(biāo)記，其特征在于，所述Indel分子標(biāo)記的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1-2所示。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的大麥CBF4基因的Indel分子標(biāo)記，其特征在于，所述Indel分子標(biāo)記是根據(jù)CBF4基因啟動(dòng)子上游的一個(gè)插入缺失變異設(shè)計(jì)的。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的大麥CBF4基因的Indel分子標(biāo)記，其特征在于，所述插入缺失變異為CBF4基因啟動(dòng)子上游700-610bp處的一個(gè)73bp的插入缺失變異。

4.如權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的Indel分子標(biāo)記在擴(kuò)增、檢測和/或鑒定大麥CBF4基因中的應(yīng)用。

5.一種大麥CBF4基因的檢測方法，其特征在于，所述方法包括：提取待測DNA，采用如權(quán)利要求1所述的Indel分子標(biāo)記進(jìn)行PCR擴(kuò)增，檢測擴(kuò)增產(chǎn)物的條帶大小，其中與參考品種Morex序列一致的CBF4基因型擴(kuò)增出216bp條帶，有缺失的等位基因類型擴(kuò)增條帶為143bp條帶，雜合型的擴(kuò)增條帶為216bp和143bp條帶。

6.如權(quán)利要求1中所述的CBF4基因或如權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的Indel分子標(biāo)記在預(yù)測或鑒定大麥直立或匍匐性狀中的應(yīng)用。

7.一種大麥直立或匍匐性狀的檢測方法，其特征在于，所述方法包括：

步驟1、提取待測大麥材料的基因組DNA；

步驟2、以步驟1提取得到的基因組DNA為模板，采用如權(quán)利要求1所述的Indel分子標(biāo)記進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測；

步驟3、觀察電泳檢測結(jié)果，其中當(dāng)僅擴(kuò)增出一條216bp的條帶時(shí)，說明待測大麥材料為非匍匐性狀；其中當(dāng)僅擴(kuò)增出一條143bp的條帶或擴(kuò)增出216bp和143bp兩條條帶時(shí)，說明待測大麥材料為匍匐性狀。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的檢測方法，其特征在于，步驟2中所述PCR擴(kuò)增的反應(yīng)程序包括：

95℃變性5分鐘；

循環(huán)1：包含94℃變性30秒；65℃-58℃退火15秒，其中每個(gè)循環(huán)降低0.5℃；72度延伸15秒；共14個(gè)循環(huán)；

循環(huán)2：包含94℃變性30秒；58℃退火15秒；72℃延伸15秒；共14個(gè)循環(huán)；

72℃延伸3分鐘；

25度保存。

9.一種用于檢測大麥直立或匍匐性狀的檢測試劑盒，其特征在于，所述檢測試劑盒中包括如權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的Indel分子標(biāo)記。

10.如權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的Indel分子標(biāo)記在大麥直立或匍匐性狀的分子標(biāo)記輔助育種或大麥種質(zhì)資源鑒定中的應(yīng)用。