[發(fā)明專利]一種鮮食大豆香味性狀相關(guān)的Indel/SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111024122.0
• 申請(qǐng)日: 2021-09-02
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113801953A
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-12-17
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 袁鳳杰;錢琳琳;金杭霞;郁曉敏;楊清華;竹龍鳴;傅旭軍
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895
• 代理公司: 浙江千克知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 33246
• 代理人: 黎雙華

本發(fā)明提供了一種Indel/SNP分子標(biāo)記在鮮食大豆香味性狀檢測(cè)中的應(yīng)用，所述分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，第40bp處發(fā)生11個(gè)堿基的缺失，以及36bp處AGA突變?yōu)镚AG，52bp處GT突變?yōu)門C，56bp處CCG突變?yōu)锳AT，62bp處TC突變?yōu)镃T。本發(fā)明還提供了用于檢測(cè)該Indel/SNP位點(diǎn)的引物序列及基于高分辨率溶解曲線(HRM)的鑒定方法，根據(jù)目標(biāo)DNA序列片段溶解曲線峰的不同，可區(qū)分位點(diǎn)的基因型，進(jìn)而判斷樣本香味相關(guān)功能基因GmBADH2的純合與雜合。利用本發(fā)明所提供的Indel/SNP標(biāo)記和檢測(cè)方法，在鮮食大豆幼苗階段就可以判斷個(gè)體基因型，做到香味性狀的早選擇早淘汰，這對(duì)于提高鮮食大豆香味品質(zhì)的選種效率、節(jié)約育種成本，具有重要的實(shí)用價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種用于檢測(cè)與鮮食大豆香味性狀相關(guān)的GmBADH2基因純合與雜合的Indel/SNP分子標(biāo)記，屬農(nóng)業(yè)生物技術(shù)領(lǐng)域。

背景技術(shù)

鮮食大豆(又稱菜用大豆、毛豆)，系鼓粒期間籽粒飽滿，莢色翠綠時(shí)采青食用大豆專用型品種，它具有糯脆香甜的口感，豆莢茸毛稀疏，結(jié)莢均勻，成熟期一致，便于一次性采青，可炒食、涼拌，加工制罐或速凍加工出口。鮮食大豆?fàn)I養(yǎng)豐富，據(jù)研究表明，鮮食大豆富含植物蛋白質(zhì)、不飽和脂肪酸、植物粗纖維及人體必需的各種礦物質(zhì)和維生素A、維生素C、維生素E，且所含的氨基酸種類齊全、含量豐富，營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高，食用口感好，是當(dāng)今被公認(rèn)的無(wú)公害或少污染的安全保健食品。其中，香味大豆含有類似于芳香水稻的香味，由于消費(fèi)者的偏好，它在食品風(fēng)味品質(zhì)中起著至關(guān)重要的作用，其市場(chǎng)價(jià)格高于普通鮮食大豆品種。因此，選育含有芳香氣味的鮮食大豆品種，成為鮮食大豆風(fēng)味品質(zhì)育種的重要目標(biāo)。

已有研究表明，鮮食大豆中的香味與2-乙酰-1-吡咯啉(2AP)的含量相關(guān)。2AP是一種易揮發(fā)的天然香味化合物，在許多物種中都被檢測(cè)到。但由于其含量極低、極易揮發(fā)、不穩(wěn)定，使得其含量鑒定成本高、準(zhǔn)確度低、難度大。已有研究表明，植物包括大豆中2AP的含量性狀由單基因控制，其代謝途徑與糖酵解和氨基酸合成途徑相關(guān)；植物中調(diào)控2AP合成代謝的關(guān)鍵基因?yàn)?BADH2，其功能的喪失可導(dǎo)致2AP含量的增加；該基因的等位突變?cè)谒尽⒏吡弧⒋蠖怪芯邪l(fā)現(xiàn)；任何導(dǎo)致BADH2基因功能喪失的突變均可以改變植物體內(nèi)2AP的含量。Indel(insertion-deletion插入/缺失)是指基因組同一位點(diǎn)的序列發(fā)生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，SNP(single nucleotide polymorphism)是指在基因組上單個(gè)核苷酸的置換、顛換、缺失和插入。 Indel/SNP標(biāo)記具有遺傳穩(wěn)定性好、多態(tài)性高、分型系統(tǒng)簡(jiǎn)單等優(yōu)點(diǎn)；。因此開(kāi)發(fā)BADH2基因中的Indel/SNP標(biāo)記的篩選，可以方便準(zhǔn)確地鑒定候選個(gè)體的基因型，從而有效加快育種進(jìn)程，降低育種成本。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供了一種與鮮食大豆香味性狀相關(guān)的GmBADH2基因純合與雜合的Indel/SNP分子標(biāo)記及其檢測(cè)方法。

本發(fā)明對(duì)大豆基因組5號(hào)染色體的GmBADH2基因(Glyma05g01770)區(qū)段進(jìn)行核苷酸多態(tài)性檢測(cè)，得到一個(gè)與鮮食大豆香味性狀相關(guān)的Indel/SNP分子標(biāo)記，該分子標(biāo)記位于GmBADH2基因的第一個(gè)外顯子區(qū)，第40bp處發(fā)生1 1個(gè)堿基的缺失，以及36bp處AGA突變?yōu)镚AG，52bp處GT突變?yōu)門C，56b p處CCG突變?yōu)锳AT，62bp處TC突變?yōu)镃T。

本發(fā)明首先提供了Indel/SNP分子標(biāo)記在鮮食大豆香味性狀檢測(cè)中的應(yīng)用，其特征在于，所述Indel分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，第4 0bp處發(fā)生11個(gè)堿基的缺失，以及36bp處AGA突變?yōu)镚AG，52bp處GT突變?yōu)門C，56bp處CCG突變?yōu)锳AT，62bp處TC突變?yōu)镃T。

另外，本發(fā)明提供了一種引物對(duì)在鮮食大豆香味性狀檢測(cè)中的應(yīng)用，其特征在于，所述引物對(duì)的DNA序列為：

EX1-HRM-F 5’-TCTCTCCTTTGACGACAAGATGAGC-3’