[發(fā)明專利]一種用于宏基因組學(xué)病原體檢測(cè)參考閾值建立的方法

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110895536.4
• 申請(qǐng)日: 2021-08-05
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113571128A
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-10-29
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 申奧;吳紅龍
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳華大因源醫(yī)藥科技有限公司;華大生物科技（武漢）有限公司;深圳華大基因股份有限公司
• 主分類號(hào): G16B20/00
• 分類號(hào): G16B20/00;G16B25/20;G16B30/10;G16B40/00;C12Q1/6869;C12Q1/04
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 張立娜

本發(fā)明公開(kāi)了一種用于宏基因組學(xué)病原體檢測(cè)參考閾值建立的方法。該方法包括：確定臨床樣本類型；確定其組成成分及人源細(xì)胞含量分布范圍；設(shè)置梯度陰性對(duì)照；對(duì)陰性對(duì)照樣本按照待測(cè)臨床樣本即將進(jìn)行的宏基因組檢測(cè)流程進(jìn)行多批次重復(fù)測(cè)試；統(tǒng)計(jì)不同人源細(xì)胞濃度的陰性對(duì)照樣本中不同病原體的檢測(cè)序列數(shù)，得到對(duì)應(yīng)病原體在不同人源細(xì)胞濃度的陰性對(duì)照樣本的檢測(cè)序列數(shù)波動(dòng)區(qū)間；以對(duì)應(yīng)病原體在陰性對(duì)照樣本中的檢測(cè)序列數(shù)波動(dòng)區(qū)間上限的120％為閾值。本發(fā)明能實(shí)現(xiàn)樣本檢測(cè)結(jié)果分層判別，提高宏基因組學(xué)病原檢測(cè)結(jié)果準(zhǔn)確性；可提高報(bào)告解讀效率；可有效減少宏基因組檢測(cè)結(jié)果的假陽(yáng)性；可實(shí)時(shí)評(píng)估檢測(cè)流程中的污染，指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)室流程改進(jìn)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種用于宏基因組學(xué)病原體檢測(cè)參考閾值建立的方法。

背景技術(shù)

隨著二代測(cè)序成本的降低和檢測(cè)時(shí)效性的縮短，宏基因組學(xué)檢測(cè)技術(shù)越來(lái)越多的應(yīng)用到臨床致病病原體的檢測(cè)中，因其具有無(wú)偏性，覆蓋病原廣等優(yōu)勢(shì)，可一次性對(duì)樣本中的全部病原進(jìn)行檢測(cè)，并且無(wú)需培養(yǎng)，可直接對(duì)臨床樣本進(jìn)行檢測(cè)，可有效鑒別混合感染及其他難培養(yǎng)的微生物，對(duì)臨床感染病原體的檢測(cè)具有重要意義。但宏基因組學(xué)方法在臨床推廣及使用過(guò)程中也遇到一定的瓶頸，包括對(duì)于人源細(xì)胞含量較高的樣本病原體檢測(cè)敏感性較低的問(wèn)題；對(duì)于宏基因組檢出的大量病原體如何解讀的問(wèn)題；對(duì)于呼吸道樣本檢出定植菌和致病菌的甄別等問(wèn)題，都是困擾臨床醫(yī)生使用本技術(shù)的主要問(wèn)題。

宏基因組學(xué)檢測(cè)原理是對(duì)樣本中的全部核酸進(jìn)行檢測(cè)，其檢測(cè)結(jié)果受諸多因素影響，包括檢測(cè)樣本中的人源細(xì)胞含量，病原核酸含量，病原體類型，病原基因組大小，測(cè)序數(shù)據(jù)量大小，檢測(cè)環(huán)境，檢測(cè)所使用的各種試劑、耗材，病原體數(shù)據(jù)庫(kù)，生信比對(duì)算法等因素影響。所有的影響因素均會(huì)呈現(xiàn)在最終的檢測(cè)結(jié)果中，因此如何在不同影響因素下建立合理的檢測(cè)閾值，并且對(duì)檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行有效的過(guò)濾，是宏基因組學(xué)結(jié)果呈現(xiàn)準(zhǔn)確性的重要環(huán)節(jié)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供了一種針對(duì)宏基因組檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行參考閾值建立的方法，可以輔助臨床對(duì)宏基因組檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾，減少結(jié)果中的干擾信息，為臨床提供更加準(zhǔn)確的檢測(cè)結(jié)果。

第一方面，本發(fā)明要求保護(hù)一種用于建立宏基因組學(xué)病原體檢測(cè)參考閾值的方法。

本發(fā)明所要求保護(hù)的用于建立宏基因組學(xué)病原體檢測(cè)參考閾值的方法，可包括如下步驟：

(1)確定待進(jìn)行宏基因組學(xué)病原體檢測(cè)的臨床樣本的類型。

(2)根據(jù)所述臨床樣本的類型確定其組成成分以及人源細(xì)胞含量數(shù)量級(jí)分布范圍10ⁿ至10^n+m個(gè)細(xì)胞/mL；其中，m和n均為正整數(shù)；所述組成成分不包括病原體。

(3)根據(jù)步驟(2)確定的所述臨床樣本的組成成分及人源細(xì)胞含量數(shù)量級(jí)分布范圍10ⁿ至10^n+m個(gè)細(xì)胞/mL，設(shè)置m個(gè)陰性對(duì)照樣本；所述陰性對(duì)照樣本的組成成分與所述臨床樣本盡可能保持一致，如能獲得陰性臨床樣本的，最好使用陰性臨床樣本作為陰性對(duì)照樣本。

當(dāng)m＝1時(shí)，所述陰性對(duì)照樣本的人源細(xì)胞含量為10ⁿ個(gè)細(xì)胞/mL；