[發(fā)明專利]基于全基因組測序篩選的與廣西麻雞體尺和屠宰性狀相關的CNV分子標記組合及應用

有效

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• 申請日: 2021-07-06
• 公開（公告）號: CN113322333B
• 公開（公告）日: 2022-07-05
• 發(fā)明（設計）人: 楊秀榮;鄒樂勤;鄧繼賢
• 申請（專利權）人: 廣西大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南寧市吉昌知識產權代理事務所(普通合伙) 45125
• 代理人: 李秋琦

1.基于全基因組測序篩選的與廣西麻雞體尺和屠宰性狀相關的CNV分子標記組合，其特征在于：

與廣西麻雞體尺相關的CNV分子標記組合，由30個CNV分子標記組成，所述CNV分子標記的編號分別為：CNV-284、CNV-693、CNV-142、CNV-657、CNV-304、CNV-660、CNV-668、CNV-263、CNV-534、CNV-220、CNV-217、CNV-274、CNV-201、CNV-435、CNV-696、CNV-85、CNV-203、CNV-178、CNV-473、CNV-581、CNV-149、CNV-393、CNV-286、CNV-377、CNV-82、CNV-594、CNV-227、CNV-574、CNV-573、CNV-74，它們的信息如表2 所示；

與廣西麻雞屠宰性狀相關的CNV分子標記組合，由26個分子標記組成，所述CNV分子標記的編號分別為：CNV-682、CNV-394、CNV-660、CNV-393、CNV-668、CNV-693、CNV-203、CNV-220、CNV-574、CNV-681、CNV-304、CNV-387、CNV-82、CNV-178、CNV-408、CNV-697、CNV-281、CNV-565、CNV-27、CNV-327、CNV-491、CNV-509、CNV-274、CNV-183、CNV-261、CNV-601，它們的信息如表3 所示。

2.權利要求1所述的CNV分子標記組合在廣西麻雞脛圍、脛長、體斜長、龍骨長、髖寬、胸深、胸寬、胴體重、全凈膛重、半凈膛重、胸肌重、腿肌重、胸肌率、腿肌率性狀輔助育種中的應用。

3.權利要求1所述的CNV分子標記組合在制備檢測試劑盒中的應用。

4.利用分子生物學技術檢測廣西麻雞CNV分子標記的方法，其特征在于，包括以下步驟：根據權利要求1所述的CNV分子標記組合信息，在雞的基因組數據上找到CNV分子標記對應的片段，在CNV分子標記片段中設計實時熒光定量PCR引物，分別進行實時熒光定量PCR擴增反應，根據實時熒光定量PCR擴增結果，計算出待測廣西麻雞CNV分子標記片段拷貝數。

5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于：雞的基因組數據為雞第五版參考基因組數據，通過在線網站Ensemble查詢到CNV分子標記對應的序列片段；Ensemble的網址為：ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-92/fasta/gallus_gallus/dna/。

6.根據權利要求4所述的方法，其特征在于：根據實時熒光定量PCR擴增結果，利用2^-ΔΔCt相對定量法計算待測廣西麻雞CNV分子標記片段拷貝數，計算公式如下：

ΔΔCt＝ΔCt-test-ΔCt-reference

NR＝2^-ΔΔCt

其中，test表示待測樣本；reference表示參考樣本，所述參考樣本的目的區(qū)域沒有拷貝數變異；ΔCt-test表示待測樣本的ΔCt；ΔCt-reference表示參考樣本的ΔCt；

當NR＞1.5時，表示重復；當NR＜0.5時，表示缺失；當0.5＜NR＜1.5時，表示正常。

7.權利要求4-6任一所述的方法在廣西麻雞脛圍、脛長、體斜長、龍骨長、髖寬、胸深、胸寬、胴體重、全凈膛重、半凈膛重、胸肌重、腿肌重、胸肌率、腿肌率性狀輔助育種中的應用。