[發(fā)明專利]一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110734163.2
• 申請日: 2021-06-30
• 公開（公告）號: CN113450878A
• 公開（公告）日: 2021-09-28
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 崔震海;劉濤;賀偉;阮燕曄;張敖;董小妹;曹慧穎
• 申請（專利權(quán)）人: 沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號: G16B40/00
• 分類號: G16B40/00;C12Q1/6895
• 代理公司: 濟(jì)南市新圖新夏天專利代理事務(wù)所(普通合伙) 37330
• 代理人: 陳體芝

1.一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：包括以下步驟：

S1：設(shè)置LD精減梯度篩選記：

根據(jù)連鎖不平衡利用plink軟件對GBS數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選（利用系統(tǒng)命令符操作plink），最后可以得到四個(gè)梯度精減的分子標(biāo)記集；

S2：數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換：

通過S1步驟利用plink篩選結(jié)束后會(huì)生成prune.in文件和prune.out文件；

S3：初步判斷群體結(jié)構(gòu)：

以篩選后基因型文件為輸入文件，然后對群體結(jié)構(gòu)分析，最后根據(jù)Delta K作為判定群體最佳亞群個(gè)數(shù)（K值）依據(jù)；

S4：主成分分析驗(yàn)證群體結(jié)構(gòu)：

以篩選后基因型文件為輸入文件，然后分別進(jìn)行主成分分析與畫圖，與S3結(jié)果對比，進(jìn)一步確認(rèn)群體分為幾個(gè)亞群；

S5：聚類分析確認(rèn)群體結(jié)構(gòu)：

以篩選后基因型文件為輸入文件，然后計(jì)算群體間遺傳距離，再進(jìn)行聚類分析，分群后與上面兩種方法對比，也與已知的經(jīng)典雜種優(yōu)勢群的自交系劃分對比，確認(rèn)哪種精減梯度最優(yōu)；

S6：LD衰減確認(rèn)最優(yōu)精減梯度：

對群體進(jìn)行LD衰減分析以及畫圖，結(jié)果顯示，本群體在LD=0.1時(shí)快速衰減，與群體結(jié)構(gòu)分析、聚類分析、主成分分析在LD=0.1時(shí)結(jié)果最佳一致。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：S1步驟中包括plink軟件與SNP基因型文件，并使用plink -file SNP -indep-pairwise3000 300 0.2 --out LD 命令運(yùn)行。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：SNP文件應(yīng)包含.map與.ped兩個(gè)文件。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：3000 300 0.2分別代表滑動(dòng)窗口大小為3000bp、步長300bp，在本方法中，LD的相關(guān)系數(shù)選擇0.05、0.1、0.2、0.3四個(gè)精減梯度。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：S2步驟中的prune.in文件包含通過篩選條件的位點(diǎn)名稱，然后利用R代碼根據(jù)位點(diǎn)名稱提取原文件信息，并將結(jié)果整理成.vcf文件格式，最后這個(gè)格式用于后續(xù)的雜種優(yōu)勢軟件分析。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：S3步驟中對群體結(jié)構(gòu)分析利用STRUCTURE軟件進(jìn)行分析。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：S4步驟中的主成分分析利用的是TASSEL軟件，畫圖利用的是R studio軟件。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于LD精減GBS標(biāo)記劃分玉米群體結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：S5步驟中對群體間遺傳距離計(jì)算的算法采用的是Rogers算法，聚類分析采用的是MEGA-X軟件UPGMA算法。