[發明專利]一種基于Super-GBS技術開發的油莎豆SSR標記引物組及其應用

有效

• 申請號: 202110583680.4
• 申請日: 2021-05-27
• 公開（公告）號: CN113151399B
• 公開（公告）日: 2022-08-26
• 發明（設計）人: 楊向東;任偉;牛陸;張原宇;楊靜;楊春明;邢國杰
• 申請（專利權）人: 吉林省農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6809
• 分類號: C12Q1/6809;C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京睿智保誠專利代理事務所(普通合伙) 11732
• 代理人: 王燦

本發明涉及分子生物學技術領域，尤其涉及一種基于Super?GBS技術開發的油莎豆SSR標記引物組及其應用。本發明包括如下步驟：(1)對油莎豆進行Super?GBS測序，利用Stack軟件對測序數據進行聚類組裝，構建油莎豆無參基因組序列；(2)利用MISA軟件對步驟(1)得到的基因組序列進行SSR標記開發，得到覆蓋油莎豆基因組的SSR標記；(3)基于步驟(2)得到的SSR標記設計引物，獲得SSR標記引物組。本發明設計得到的引物組可以實現對油莎豆種質資源或品種的準確鑒定和篩選，具有快速、簡便、低成本等特點。

技術領域

本發明涉及分子生物學技術領域，尤其涉及一種基于Super-GBS技術開發的油莎豆SSR標記引物組及其應用。

背景技術

油莎豆是目前已知的唯一在地下塊莖中積累大量油脂的作物，由于廣泛引種繁育，油莎豆原有遺傳基礎已無法進行溯源，種質資源匱乏且混亂；再加上油莎豆主要通過地下塊莖繁殖，分蘗力較強，在采收時極易造成機械混雜。目前對油莎豆種質資源的鑒別主要是通過塊莖形狀、大小和顏色等表型進行區分，準確度和可信度較差；同時外觀性狀易受到環境因素的影響，也會導致鑒別錯誤。油莎豆形態特征的相似性和溯源不清，給準確鑒別和合理利用油莎豆資源，特別是油莎豆品種選育和品種權保護等造成極大的困難。

微衛星標記SSR(Simple Sequence Repeats)，是以1～6個核苷酸為單位，呈串聯重復的DNA序列。與其他分子標記相比，SSR標記具有共顯性、多態性高、重復性好、操作簡單等特點，已廣泛應用于生物多樣性研究、種質資源或品種分類、遺傳圖譜構建、分子標記輔助選擇育種、比較基因組學等領域的研究，被國際新品種保護聯盟作為首選的DNA指紋標記技術之一。但由于目前油莎豆全基因組序列尚未公布，已有的研究主要是利用隨機設計的RAPD或SRAP引物進行檢測，擴增片段特異性和穩定性較差，且不同分子標記間數據整合存在困難，因而并沒有獲得廣泛的應用。在此基礎上，急需開發一套多態性豐富、覆蓋度高的SSR標記，為油莎豆種質資源鑒定、品種選育與保護、純度檢測等提供科學依據。

發明內容

本發明的目的在于提供一套多態性豐富、覆蓋度高的SSR標記，具體為一種基于Super-GBS技術開發的油莎豆SSR標記引物組及其應用。

為了實現上述發明目的，本發明提供以下技術方案：

本發明提供了一種基于Super-GBS技術開發油莎豆SSR標記引物組的方法，包括如下步驟：

(1)對油莎豆進行Super-GBS測序，利用Stack軟件對測序數據進行聚類組裝，構建油莎豆無參基因組序列；

(2)利用MISA軟件對步驟(1)得到的基因組序列進行SSR標記開發，得到覆蓋油莎豆基因組的SSR標記；

(3)基于步驟(2)得到的SSR標記設計引物，獲得SSR標記引物組。

作為優選，步驟(3)所述設計引物的參數為：Product size range：100～600bp；Numbers to return：3；Max 3'stability：2kcal/mol；Max mispriming：8；PrimerTm:50～65℃；Maximum Tm difference：5℃。

本發明還提供了所述的方法構建得到的油莎豆SSR標記引物組，如SEQ ID No.1～24所示。

本發明還提供了所述的引物組在油莎豆種質資源遺傳多樣性分析中的應用。

作為優選，油莎豆種質資源遺傳多樣性分析的方法包括如下步驟：

(1)利用引物組擴增油莎豆基因組DNA，得到擴增產物；

(2)將擴增產物進行熒光電泳檢測，獲得SSR位點多態性擴增條帶；

(3)根據SSR位點多態性擴增條帶對油莎豆進行遺傳多樣性分析即得。