[發(fā)明專利]可用于構(gòu)建DEL數(shù)據(jù)庫的標記生物大分子的制備方法

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• 申請日: 2021-03-30
• 公開（公告）號: CN113113080A
• 公開（公告）日: 2021-07-13
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 劉烽;李雯;劉子薰
• 申請（專利權(quán)）人: 蘇州昆堃生物醫(yī)藥科技有限公司
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00;G16B45/00;G16C10/00;G16C20/50;G16C20/62;G16C20/80
• 代理公司: 蘇州久元知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 32446
• 代理人: 潘宏偉

一種可用于構(gòu)建DEL數(shù)據(jù)庫的標記生物大分子的制備方法，取式A和式B所示化合物溶于溶液中，在催化劑作用下，在pH值為4?11的緩沖溶液中，生成式C，隨后再與D或者E在同一體系中反應(yīng)，直接生成式1或2所示化合物；其中，R1為生物大分子，R2，R3,R4為化學(xué)小分子。本發(fā)明基于iminosulfur oxydifluoride這一核心連接子的生物正交連接技術(shù)基礎(chǔ)上，difluoride的兩個氟本身就可以與DNA中不同的氨基、酚羥基選擇性的結(jié)合，同時官能團兼容性好，因此可以大大拓展DNA編碼化合物庫的反應(yīng)類型，甚至可以在同一個高價硫中心同時在三維空間方向上連接不同小分子。這一技術(shù)開發(fā)出的全新的DNA編碼化合物庫，提高了發(fā)現(xiàn)具有全新結(jié)構(gòu)的新藥先導(dǎo)化合物的可能。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及化學(xué)生物技術(shù)領(lǐng)域，尤其是一種可用于構(gòu)建DEL數(shù)據(jù)庫的標記生物大分子的制備方法。

背景技術(shù)

在漫長且投入巨大的新藥研發(fā)的過程中，最根本還在于先導(dǎo)化合物的發(fā)現(xiàn)以及優(yōu)化。而且在藥物發(fā)現(xiàn)過程中面對的主要挑戰(zhàn)是在成本可控范圍內(nèi)，如何快速并且高質(zhì)量地找到盡可能多的能夠與靶點蛋白相結(jié)合的活性化合物，是整個新藥開發(fā)行業(yè)的痛點及難點。傳統(tǒng)的篩選技術(shù)面臨篩選速度慢，篩選化合物空間覆蓋程度低，對一些靶點不能夠進行有效篩選等缺點。為了解決這個問題，新藥企業(yè)不斷完善并創(chuàng)新著篩選方法。例如在通過使用高通量篩選來高效地發(fā)現(xiàn)Hits。但是由于化合物的容量、多樣性及質(zhì)量的限制，只有極少數(shù)的公司能夠承受得起超過1百萬化合物的篩選。

DNA編碼化合物庫設(shè)計及篩選技術(shù)是當(dāng)前新藥發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域最前沿的技術(shù)之一，是組合化學(xué)和分子生物學(xué)的完美結(jié)晶，并在高通量測序技術(shù)的迅速發(fā)展下得到了巨大的推動。它利用龐大的化合物數(shù)量(幾十億庫化合物)有效解決了傳統(tǒng)篩選技術(shù)化合物結(jié)構(gòu)覆蓋低的問題，同時利用有一定活性的化合物作為骨架建庫，提高了化合物的多樣性，DEL技術(shù)使得先導(dǎo)化合物的篩選變得前所未有的快捷和高效。可以更加快速高效得到新藥苗頭化合物，從而得到具有劃時代意義的新藥。

對于DEL技術(shù)的開發(fā)，其中非常重要的一環(huán)就是能夠使得DNA能夠特異性的與小分子化合物在生理條件下進行高效高選擇性的連接。

過去幾十年間，研究者發(fā)展出了諸如施陶丁格連接反應(yīng)、環(huán)張力誘導(dǎo)的疊氮-炔基環(huán)加成反應(yīng)、配體-銅復(fù)合物催化的疊氮-炔基環(huán)加成反應(yīng)、逆電子需求的Diels-Alder反應(yīng)以及過渡金屬催化的偶聯(lián)反應(yīng)等一系列基于新化學(xué)鍵生成的生物正交連接反應(yīng)。

而目前由于合成技術(shù)限制，以及庫反應(yīng)類型限制，加上為了避免“近親繁殖”等不利因素，通常拼接片段在三維到四維就無法繼續(xù)進行。因此需要開發(fā)出更多適合的生物正交反應(yīng)用于DEL化合物庫的構(gòu)建。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決上述問題，本發(fā)明提供了一種可用于構(gòu)建DEL數(shù)據(jù)庫的標記生物大分子的制備方法，可以大大拓展DNA編碼化合物庫的反應(yīng)類型，甚至可以在同一個高價硫中心同時在三維空間方向上連接不同小分子。從而更適合用于構(gòu)建DEL數(shù)據(jù)庫.

式1或者2所示示化學(xué)分子鏈接修飾的生物大分子的制備方法，包括以下步驟:

取式A和式B所示化合物溶于溶液中，在催化劑作用下，在pH值為4-11的緩沖溶液中，生成式C，隨后再與D或者E在同一體系中反應(yīng)，直接生成式1或2所示化合物；其中，R1為生物大分子，R2，R3,R4為化學(xué)小分子。

進一步地,所述催化劑為氟氫化鉀或者氟氫化鈉。

進一步地,所述緩沖溶液為PBS buffer，其與乙腈1：1混合；

進一步地,所述生物大分子是指DNA、RNA、蛋白。更進一步，DNA是指單鏈或者雙鏈DNA；

進一步地,所述單鏈DNA是指含有20-300個堿基的單鏈多聚脫氧核苷酸、雙鏈DNA是指含有20-300個堿基對雙鏈脫氧核糖核酸。