[發明專利]一種與細毛羊羊毛性狀相關的SNP標記及其檢測引物組、試劑盒、檢測方法和應用

有效

• 申請號: 202110262812.3
• 申請日: 2021-03-11
• 公開（公告）號: CN112921102B
• 公開（公告）日: 2021-10-26
• 發明（設計）人: 蔣琳;馬月輝;梁奔夢;白添友;趙玉和田
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京方圓嘉禾知識產權代理有限公司 11385
• 代理人: 呂永齊

本發明提供了一種與細毛羊羊毛性狀相關的SNP標記及其檢測引物組、試劑盒、檢測方法和應用，屬于分子標記檢測技術領域；所述SNP分子標記位于綿羊第3號染色體第61927840bp位點；所述位點上存在T/C堿基突變，與細毛羊羊毛性狀具有顯著的相關性。本發明的SNP標記能夠用于綿羊分子標記輔助育種。本發明提供的分子標記不受綿羊的年齡、性別等限制，能夠用于細毛羊選育，甚至剛出生即可進行準確地篩選，能夠顯著促進細羊毛選育的育種進程。

技術領域

本發明涉及分子標記檢測技術領域，具體地說，涉及一種與細毛羊羊毛性狀相關的SNP標記及其檢測引物組、試劑盒、檢測方法和應用。

背景技術

EDAR基因是調控毛囊發育的關鍵基因之一，存在于皮膚組織中，在毛囊的外胚層中特異表達，EDAR基因在在早期初級毛囊的發生、成體毛囊周期性生長和被毛纖維直徑等方面都發揮重要的調控作用。該基因突變后會影響外胚層衍生物的發育和體內穩態，引起少汗性外胚層發育不良(HED)，其特征是早期皮膚外胚層附屬物發育嚴重缺陷,包括頭發、指甲、牙齒、外分泌腺等。在細毛羊、半細毛羊和蒙古羊群體中進行選擇信號篩選，發現EDAR基因座位的多態性變異對細毛羊毛囊發育的影響達到顯著水平。

羊毛是毛用羊的主要的經濟產物，且作為一種重要原材料用于紡織產業，而羊毛品質則是決定紡織品質量的最主要因素。粗毛羊和細毛羊的毛纖維細度和長度差異顯著。最明顯的差異表現在由初級毛囊發育形成的外層羊毛。毛囊的發育是一個復雜的生物過程，涉及到許多不同的蛋白質。近年來，分子遺傳技術的飛速發展，使DNA分子標記技術在細毛羊遺傳多樣性研究中起著重要作用，為更好地開發和利用優良品種的優良經濟特性及保護和合理的利用品種資源。因此有必要開發細毛羊特異的分子標記，應用于細毛羊的選育，并為毛用綿羊的分子育種提供一定的理論依據。

發明內容

本發明的目的在于提供一種與細毛羊羊毛性狀相關的SNP標記及其檢測引物組、試劑盒、檢測方法和應用。

為了實現上述發明目的，本發明提供以下技術方案：

本發明提供了一種與細毛羊羊毛性狀相關的SNP標記，所述SNP分子標記位于綿羊第3號染色體第61927840bp位點；所述位點上存在T/C堿基突變，與細毛羊羊毛性狀具有顯著的相關性；所述SNP分子標記基于綿羊基因組序列信息版本號Oar_v4.0，2015年11月。

本發明還提供了用于檢測上述方案所述SNP標記的引物組，包括正向引物和反向引物；所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述反向引物的核苷酸序列如SEQID No.2所示。

本發明還提供了一種用于檢測上述方案所述SNP標記的試劑盒，所述試劑盒包括上述方案所述的引物組。

優選的，所述試劑盒還包括dNTPs、Phanta Max Super-Fidelity DNA聚合酶和PCR反應緩沖液。

優選的，所述試劑盒還包括標準陽性模板。

本發明還提供了一種用于檢測上述方案所述SNP標記的方法，包括以下步驟：

1)提取待測綿羊的基因組DNA；

2)以待測綿羊的基因組DNA為模板，利用上述方案所述引物組進行PCR擴增反應，獲得PCR擴增產物；

3)檢測所述PCR擴增產物的第120bp處的基因型，得到所述SNP位點的基因型。

優選的，步驟2)中所述PCR擴增反應的體系以25μl計包括以下組分：待測綿羊的基因組DNA 1μl，正向引物和反向引物各1μl，dNTP mix 0.5μl，Phanta Max Super-FidelityDNA聚合酶0.5μl，2×PCR反應緩沖液12.5μl和余量的雙蒸水；