[發明專利]一種亞磷酰胺單體組合物及其制備方法和應用

在審

• 申請號: 202110097494.X
• 申請日: 2021-01-25
• 公開（公告）號: CN112898363A
• 公開（公告）日: 2021-06-04
• 發明（設計）人: 韓承昊;曹春艷;宋雷雷;朱知浩;卜梅杰;紀磊
• 申請（專利權）人: 蘇州金唯智生物科技有限公司
• 主分類號: C07H21/04
• 分類號: C07H21/04;C07H1/00
• 代理公司: 北京品源專利代理有限公司 11332
• 代理人: 鞏克棟

本發明提供了一種亞磷酰胺單體組合物及其制備方法和應用，所述亞磷酰胺單體組合物包括dA溶液、dC溶液、dG溶液和dT溶液；所述dA溶液的濃度為0.01～0.05g/mL；所述dC溶液的濃度為0.01～0.03g/mL；所述dG溶液的濃度為0.01～0.03g/mL；所述dT溶液的濃度為0.01～0.03g/mL；所述dA溶液、dC溶液、dG溶液和dT溶液的體積比為(5～6):(4～5.1):(4～5.1):(4～5)。本發明的亞磷酰胺單體組合物配比合理，制備的寡核苷酸中簡并位點的分布合理，每一個簡并位點的簡并度在20％～30％范圍內。

技術領域

本發明屬于核酸的合成技術領域，涉及一種亞磷酰胺單體組合物及其制備方法和應用，尤其涉及一種亞磷酰胺單體組合物及其制備方法和在合成含有簡并位點的寡核苷酸中的應用。

背景技術

短鏈DNA又稱為寡核苷酸(Oligo)，通常采用高效、自動化的固相合成技術進行合成。固相合成以控制孔徑玻璃球(CPG)為固相載體，以A、T、C和G四種亞磷酰胺為單體，按照3’-5’方向，經過脫保護、縮合、氧化和蓋帽四個反應的循環，將目標序列逐漸連接在固相載體上(Andrew Ellington et al.,Introduction to the Synthesis and Purificationof Oligonucleotides,Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry,2001,A.3C.1-A.3C.22.)。Oligo按照設計的序列在合成儀上進行合成，針對具體的實驗需求，一些雜交探針或PCR引物設計有簡并位點，如果簡并度過低會使得Oligo的特異性過高，對某些特定序列的結合度超過其他序列，從而影響實驗結果。

在合成儀上合成含有簡并位點的Oligo，通常采用機器混合(in-line)和手動混合(off-line)兩種方式加入亞磷酰胺單體(Andrew D.Ellington et al.,Design,Synthesis,and Amplification of DNA Pools for In Vitro Selection,CurrentProtocols in Nucleic Acid Chemistry,2001,9.2.1-9.2.23.)。對于簡并位點較少或精度要求不高的Oligo，通常采用機器混合單體的方式進行合成，優點是操作簡便，缺點也很明顯：由于單體進入合成柱的順序不同，先進入的單體優先與合成柱反應，造成Oligo的簡并度較低，而這一問題在合成多簡并位點的序列時會被不斷放大。因此，對于簡并位點較多或精度要求高的Oligo，通常采用手動混合單體的方式進行合成，根據四種單體的反應活性對添加比例進行調配，提高Oligo的簡并度，有利于避免單體進入合成柱的順序對簡并度的影響。