[發明專利]用于奧利華斯病毒、帕臘南病毒和皮欽德病毒檢測的引物探針組合、試劑盒和方法

有效

• 申請號: 202110096381.8
• 申請日: 2021-01-25
• 公開（公告）號: CN112708701B
• 公開（公告）日: 2022-10-04
• 發明（設計）人: 李建東;杜珊珊;李阿茜;梁米芳;李德新;王世文;黃曉霞;李川;王芹;孫麗娜;蕪為
• 申請（專利權）人: 中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 商秀玲

本發明涉及病毒檢測技術領域，具體涉及用于奧利華斯病毒、帕臘南病毒和皮欽德病毒檢測的引物探針組合、試劑盒和方法。本發明提供用于奧利華斯病毒、帕臘南病毒和皮欽德病毒分別或同時實時熒光定量RT?PCR檢測的引物探針組合，其含有三對特異性引物和三條特異性探針，其中，所述特異性引物的序列如SEQ ID NO.1?6所示，所述特異性探針的序列如SEQ ID NO.7?10所示。本發明提供的引物探針組合和檢測方法具有高靈敏性和特異性、可重復性好、操作簡便、檢測時間短、所需樣本量少、低污染，節約成本等優點，可直接對未知樣本里提取的RNA進行檢測，可與傳統檢測方案互補，在病毒的快速檢測中具有較高的應用價值。

技術領域

本發明涉及病毒檢測技術領域，具體涉及用于奧利華斯病毒、帕臘南病毒和皮欽德病毒檢測的引物探針組合、試劑盒和方法。

背景技術

沙粒病毒由外膜和核衣殼組成，呈圓形，含有脂質(外)胞膜，直徑約為50-300nm(平均110-130nm)。外膜表面覆蓋有一種蛋白組成的、長度約10nm的纖突，內部可見不同數量的來自宿主細胞的核糖體，在電鏡下形如沙粒樣，沙粒病毒因此而得名。病毒基因組由雙向分節段的單股負義鏈RNA組成，較大的為L片段，長度約7400個核苷酸，編碼RNA依賴的RNA聚合酶L蛋白和具有轉錄復制調節功能的Z蛋白；較小的為S片段，長度約3400個核苷酸，編碼核蛋白NP和糖蛋白GP。L和S片段在病毒粒子中并非等量，而是以2：1的摩爾比存在。每個片段上的基因分別被含有發卡結構的非編碼區隔開，5’端無帽狀結構，3’端序列保守。由于S片段較L片段更為保守，因此常用S片段進行病毒進化研究和分類鑒定。

根據國際病毒學分類委員會(ICTV)2018年最新頒布病毒分類(https://talk.ictvonline.org/taxonomy/)，沙粒病毒科分為4個屬：Antennavirus、Hartmanivirus、Mammarenavirus和Reptarenavirus，包含43個種。哺乳動物沙粒病毒屬(Mammarenavirus)中35個種可分為舊世界沙粒病毒和新世界沙粒病毒，舊世界沙粒病毒中，代表病毒是淋巴細胞脈絡叢腦膜炎病毒簡稱LCMV病毒。新世界沙粒病毒主要包括有4個clade，clade A有Pirital，Pichinde，Flexal，Parana和Alloahuayo virus五種病毒；cladeB有Junin,Machupo,Guanarito,Amapari,Tacaribe,Sabia,Cupixi和Chapare viruses八種病毒；clade C有Oliveros和Latino兩種病毒；clade A/Rec包括有Whitewater Arroyo,Tamiami和Bear Canyo三種病毒；Lujo virus屬于新世界沙粒病毒，但不在四個clade中。其中，拉沙病毒(Lassa virus)引起拉沙熱，胡寧病毒(Junin virus)引起阿根廷出血熱，馬秋波病毒(Machupo virus)和查帕雷病毒(Chapare virus)引起玻利維亞出血熱，盧約病毒(Lujo virus)引起盧約出血熱，瓜納瑞托病毒(Guanarito virus)引起委內瑞拉出血熱，薩比亞病毒(Sabid virus)引起巴西出血熱，淋巴細胞脈絡叢腦膜炎病毒(LCMV)引起淋巴細胞脈絡叢腦膜炎。

奧利華斯病毒(Oliveros virus)于1996年在阿根廷雷鼠(Bolomys obscuris)中首次被發現，該病毒主要局限于阿根廷的嚙齒類動物中傳播；帕臘南病毒(Panara virus)于1970年在巴拉圭米鼠(Oryzomys spp)中首次被發現,病毒主要局限在巴拉圭嚙齒類動物中傳播；皮欽德病毒(Pichinde virus)于1971年在哥倫比亞白喉稻鼠(Oryzomysalbigularis)中首次被發現，病毒主要局限在哥倫比亞嚙齒類動物中傳播，已有實驗室工作者通過接觸實驗室氣溶膠感染而致病。