[發(fā)明專利]基于全基因組測(cè)序篩選的與霞煙雞體重、體尺相關(guān)的SNP分子標(biāo)記組合及應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110053481.2
• 申請(qǐng)日: 2021-01-15
• 公開（公告）號(hào): CN112626237B
• 公開（公告）日: 2022-07-05
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 楊秀榮;楊祝良;鄧?yán)^賢
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 廣西大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南寧市吉昌知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 45125
• 代理人: 滕藝瓊

本發(fā)明提供了基于全基因組測(cè)序篩選的與霞煙雞體重、體尺相關(guān)的SNP分子標(biāo)記組合，由67個(gè)SNP標(biāo)記組成，它們的信息如表4所示，這些SNP分子標(biāo)記組合可用于霞煙雞的分子標(biāo)記輔助育種，在早期可以直接在基因組水平上選育個(gè)體，不依賴表型信息，可顯著提高選擇效率，加快育種進(jìn)程，節(jié)省中間飼養(yǎng)費(fèi)用，提高了育種效率，降低了育種成本，具有廣泛的應(yīng)用前景。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，涉及基于全基因組測(cè)序篩選的與霞煙雞體重、體尺相關(guān)的SNP 分子標(biāo)記組合及應(yīng)用。

背景技術(shù)

廣西具有豐富的地方雞種質(zhì)資源，霞煙雞原名下煙雞，又名肥種雞，屬肉用型雞種，是我國(guó)十大黃羽肉雞之一。產(chǎn)區(qū)主要位于廣西壯族自治區(qū)容縣境內(nèi)，根據(jù)史料記載，霞煙雞形成于晚清期間。霞煙雞脛黃色或白色，皮膚黃色或白色，肉為白色，羽毛整齊。羽毛淡黃色或深黃色，體軀結(jié)實(shí)，體型緊湊，體軀以胸寬腹圓著稱。單冠直立，冠齒5～7個(gè)，公雞冠粗大肥厚，母雞冠小而紅潤(rùn)，耳葉紅色，耐粗飼，易飼養(yǎng)，適應(yīng)性廣，宜于山地林間放養(yǎng)，抗病能力強(qiáng)；肉質(zhì)肥嫩，骨細(xì)而軟，味道香甜。

體重和體尺性狀是動(dòng)物遺傳選育中重要的表型性狀，與重要經(jīng)濟(jì)性狀有著密切的關(guān)系，也是衡量雞體健康狀況的標(biāo)志。活體重是肉雞上市的重要指標(biāo)，同時(shí)，體尺性狀(脛圍、脛長(zhǎng)、體斜長(zhǎng)等)作為能夠準(zhǔn)確反應(yīng)肉雞體型外觀的量化指標(biāo)，在遺傳選育過(guò)程中也具有重要作用。

利用傳統(tǒng)的選育方法，國(guó)內(nèi)外已經(jīng)成功地培育了大量的畜禽品種。但是，傳統(tǒng)育種主要憑借育種經(jīng)驗(yàn)依據(jù)表型對(duì)后代進(jìn)行選擇，無(wú)法對(duì)目標(biāo)基因的基因型進(jìn)行直接選擇，因此，選育耗時(shí)長(zhǎng)，表型的測(cè)量復(fù)雜，選擇效率和準(zhǔn)確性較低。目前，將分子生物學(xué)技術(shù)應(yīng)用于育種中，可在分子水平上進(jìn)行育種，通過(guò)分子標(biāo)記輔助育種或遺傳修飾育種(轉(zhuǎn)基因育種)，可以大大提高育種的選擇效率，縮短選育時(shí)間。通過(guò)有效利用分子標(biāo)記輔助育種，可以加快霞煙雞雞在體重、體尺相關(guān)性狀上的選育進(jìn)程，提高生產(chǎn)應(yīng)用的價(jià)值。

在早期關(guān)于復(fù)雜表型的研究中，主要利用QTL定位(QTL mapping)來(lái)尋找表型變異和基因組變異之間的關(guān)聯(lián)。自20世紀(jì)90年代，QTL的連鎖分析法廣泛應(yīng)用于雞生長(zhǎng)、胴體、肉質(zhì)等性狀的研究中。雖然該方法是一種經(jīng)典的基因定位方法，但其更適用于單基因疾病或單基因控制性狀的遺傳研究，所以其對(duì)于復(fù)雜疾病和遺傳力低的性狀，檢測(cè)效果有限，獲得的QTL置信區(qū)間較大，可能包括數(shù)以百計(jì)的基因，不利于后續(xù)功能基因的精準(zhǔn)定位，同時(shí)，在不同群體中的可重復(fù)性較差。

相比QTL連鎖分析的方法，全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide associationstudies,GWAS)具有從整個(gè)基因組水平檢測(cè)SNP和整體分析關(guān)聯(lián)性的特點(diǎn)，不再是單一的考慮個(gè)別SNP的關(guān)聯(lián)性，具有結(jié)果更加可靠等優(yōu)點(diǎn)。GWAS最早由Risch等人提出，其概念是應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬(wàn)計(jì)的單核苷酸多態(tài)性 (SNP)為分子遺傳標(biāo)記，進(jìn)行全基因組水平上的對(duì)照分析或相關(guān)性分析，通過(guò)比較發(fā)現(xiàn)影響復(fù)雜性狀的基因變異的一種新策略，目前已經(jīng)成為畜禽目的性狀精細(xì)定位強(qiáng)有效的方法之一。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供基于全基因組測(cè)序篩選的與霞煙雞體重、體尺相關(guān)的 SNP分子標(biāo)記組合。

本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供上述SNP標(biāo)記組合的應(yīng)用。