[發明專利]一種線粒體變異位點數據庫及其建立方法和應用

在審

• 申請號: 202110037972.8
• 申請日: 2021-01-12
• 公開（公告）號: CN112908411A
• 公開（公告）日: 2021-06-04
• 發明（設計）人: 李桂彬;蒙裕歡;費凌娜;黃曉強;歐小華;嚴慧;繆夏萍;范喜杰;于世輝;梁耀銘
• 申請（專利權）人: 廣州市金域轉化醫學研究院有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B30/10;G16B50/00;G06F16/242;G06F16/25;G06F16/28
• 代理公司: 廣州新諾專利商標事務所有限公司 44100
• 代理人: 李海恬;沈芳

1.一種線粒體變異位點數據庫的建立方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)獲取線粒體DNA序列數據；

2)將上述線粒體DNA序列與線粒體參考基因組進行比對，得到比對結果，根據預設條件抓取線粒體變異位點信息；

3)對每個線粒體變異位點信息進行同異質性分析，將異質性比例為0.01-0.98的變異位點定義為異質性變異，否則定義為同質性變異；

4)整合變異位點信息，匯總得到線粒體變異位點數據庫。

2.根據權利要求1所述的建立方法，其特征在于，所述步驟1)中，采用DNA聚合酶和引物序列對線粒體DNA進行PCR擴增，得到線粒體DNA序列數據；

所述引物序列為：

F-16426：CCGCACAAGAGTGCTACTCTCCTC(SEQ ID No.1)，

R-16425：GATATTGATTTCACGGAGGATGGTG(SEQ ID No.2)。

3.根據權利要求1所述的建立方法，其特征在于，所述步驟2)中，所述線粒體參考基因組為NC_012920.1。

4.根據權利要求1所述的建立方法，其特征在于，所述步驟2)中，所述預設條件包括：如突變類型為插入或缺失突變，當插入或缺失的序列為≤5bp的重復單元，且重復次數≥5次，則舍棄該插入或缺失突變。

5.根據權利要求1或4所述的建立方法，其特征在于，所述步驟2)中，所述預設條件包括：變異的質量分數需≥20；變異的堿基質量分數需≥20；變異的最小頻率需≥0.01。

6.根據權利要求5所述的建立方法，其特征在于，所述預設條件還包括過濾條件：當某個體樣本內檢測到＞50個變異位點，則舍棄該樣本數據。

7.根據權利要求1所述的建立方法，其特征在于，所述步驟4)中，變異位點信息包括：

1)變異位點在線粒體基因組上的堿基位置；

2)變異位點在線粒體基因組上的處于哪個基因的區域內；

3)原本參考基因組該位置的堿基；

4)變異情況的替換堿基；

5)突變是異質性還是同質性；

6)突變的異質性分數；

7)突變所在的個體ID。

8.一種采用權利要求1-7任一項所述的方法建立得到的線粒體變異位點數據庫。

9.一種權利要求8所述的線粒體變異位點數據庫在制備線粒體變異位點檢測設備中的應用。

10.一種線粒體變異位點查詢裝置，其特征在于，包括：

輸入模塊，用于輸入獲取的線粒體DNA序列數據；

比對模塊，用于將線粒體DNA序列與線粒體參考基因組進行比對，得到比對結果，并采用預設條件抓取線粒體變異位點信息；

分析模塊，用于對每個線粒體變異位點信息進行同異質性分析，將異質性比例為0.01-0.98的變異位點定義為異質性變異，否則定義為同質性變異；

整合模塊，用于整合和匯總變異位點信息；

輸出模塊，用于輸出查詢結果。