[發(fā)明專(zhuān)利]一種香菇CV105菌株的InDel標(biāo)記指紋圖譜及其構(gòu)建方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011568639.1
• 申請(qǐng)日: 2020-12-25
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN112626252B
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-02-03
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 沈秀芬;章?tīng)t軍;于海龍;譚琦;尚曉冬;翟丹丹;劉建雨;姜寧;董浩然
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6895
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12Q1/04;C12N15/11;C12R1/645
• 代理公司: 上海容慧專(zhuān)利代理事務(wù)所(普通合伙) 31287
• 代理人: 張竹梅

本發(fā)明涉及一種香菇CV105菌種的InDel標(biāo)記指紋圖譜及其構(gòu)建方法，該指紋圖譜由7對(duì)基于香菇全基因組測(cè)序后開(kāi)發(fā)的InDel標(biāo)記組成。本發(fā)明的香菇CV105菌種的InDel標(biāo)記指紋圖譜可用于香菇CV105菌種的特異性鑒定，具有檢測(cè)時(shí)間短、準(zhǔn)確性高、可重復(fù)性好的優(yōu)點(diǎn)，在收集的44個(gè)香菇菌種中具有香菇CV105菌種的專(zhuān)一性。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于香菇菌種的檢測(cè)領(lǐng)域，具體涉及一種香菇CV105菌種的InDel標(biāo)記指紋圖譜及其構(gòu)建方法。

背景技術(shù)

香菇(Lentinula edodes(Berk.)Pegler)因具有較高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和藥用價(jià)值，而備受消費(fèi)者歡迎。中國(guó)是世界上最早進(jìn)行香菇人工栽培的國(guó)家，栽培歷史已有800多年，目前香菇是國(guó)內(nèi)栽培最廣、產(chǎn)量最高的菇種。據(jù)中國(guó)食用菌協(xié)會(huì)統(tǒng)計(jì)，2018年中國(guó)食用菌總產(chǎn)量為3842.04萬(wàn)噸，其中香菇總產(chǎn)量為1043.12萬(wàn)噸，占國(guó)內(nèi)食用菌總產(chǎn)量的27.15％，占世界香菇總產(chǎn)量的90％以上。近年來(lái)香菇產(chǎn)業(yè)成為國(guó)內(nèi)精準(zhǔn)扶貧的重要抓手，據(jù)統(tǒng)計(jì)全國(guó)超過(guò)50％以上的國(guó)家級(jí)貧困縣選擇香菇作為重要產(chǎn)業(yè)，我國(guó)香菇栽培規(guī)模進(jìn)一步擴(kuò)大，但隨著我國(guó)香菇產(chǎn)業(yè)的快速發(fā)展，香菇生產(chǎn)用種“同種異名，異種同名”的問(wèn)題日益突出，這不僅損害了香菇育種者的知識(shí)產(chǎn)權(quán)更為生產(chǎn)者造成了極大地風(fēng)險(xiǎn)，為香菇產(chǎn)業(yè)進(jìn)一步發(fā)展造成了隱患。為保障育種者的權(quán)益和降低生產(chǎn)者的風(fēng)險(xiǎn)，促進(jìn)我國(guó)香菇產(chǎn)業(yè)健康、穩(wěn)定和可持續(xù)發(fā)展，建立一種簡(jiǎn)便、快速、可靠的香菇菌種特異性鑒定技術(shù)迫在眉睫。

隨著生物信息學(xué)的快速發(fā)展，DNA測(cè)序技術(shù)的不斷成熟，測(cè)序的通量在不斷增加而成本在降低。DNA分子標(biāo)記技術(shù)能夠從基因水平上檢測(cè)香菇菌種的遺傳特異性，香菇全基因組測(cè)序的完成為InDel標(biāo)記的開(kāi)發(fā)提供了便利。InDel分子標(biāo)記是一種基于高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用，降低了InDel標(biāo)記開(kāi)發(fā)的成本，適用于香菇全基因組測(cè)序分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)。且InDel標(biāo)記具有數(shù)量豐富、準(zhǔn)確性高、穩(wěn)定性好、快捷簡(jiǎn)便等優(yōu)點(diǎn)，不僅用于分子標(biāo)記輔助育種，而且也可用于香菇菌株鑒定。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明所要解決的技術(shù)問(wèn)題是提供一種香菇CV105菌種的InDel標(biāo)記指紋圖譜及其構(gòu)建方法與應(yīng)用，該指紋圖譜與常規(guī)形態(tài)學(xué)檢測(cè)、拮抗試驗(yàn)、出菇試驗(yàn)相比，具有檢測(cè)時(shí)間短，準(zhǔn)確性高，重復(fù)性好的優(yōu)點(diǎn)。

本發(fā)明的一種香菇CV105菌種的InDel標(biāo)記指紋圖譜，該指紋圖譜由7對(duì)InDel標(biāo)記組成，是基于香菇基因組插入/缺失片段開(kāi)發(fā)的InDel標(biāo)記引物，擴(kuò)增帶型好，重復(fù)性高，標(biāo)記詳細(xì)信息如表1。

表1 InDel標(biāo)記引物信息列表

本發(fā)明還提供了一種香菇CV105菌種的InDel標(biāo)記指紋圖譜的應(yīng)用，是利用香菇基因組插入/缺失片段開(kāi)發(fā)的7對(duì)InDel標(biāo)記引物，對(duì)香菇菌種進(jìn)行InDel標(biāo)記擴(kuò)增，將得到的帶型與CV105菌種的帶型對(duì)照，與該帶型一致即為香菇CV105菌種；

其中香菇CV105菌種的帶型編號(hào)組合為：1021212。

通過(guò)對(duì)收集的44個(gè)香菇品種的InDel標(biāo)記引物帶型擴(kuò)增，本發(fā)明確定了7對(duì)InDel標(biāo)記引物在44個(gè)香菇品種中擴(kuò)增出的等位片段的數(shù)量并編號(hào)(表2)，通過(guò)不同InDel等位位點(diǎn)的編號(hào)組合可有效識(shí)別CV105菌種(圖2-8)。通過(guò)DNA分子量對(duì)照D2000bpDNA ladder可確定各InDel標(biāo)記引物擴(kuò)增的等位位點(diǎn)的相對(duì)分子量，存在CV105菌種特異InDel等位片段組合的菌種，即是香菇CV105菌種，該菌種的編號(hào)組合為：1021212。

表2 InDel引物擴(kuò)增的等位片段信息匯總表

本發(fā)明還提供了上述香菇CV105菌種的InDel標(biāo)記指紋圖譜的構(gòu)建方法，該方法包括如下步驟：