[發明專利]一種快速獲取罕見病致病位點的方法和系統

有效

• 申請號: 202011544241.4
• 申請日: 2020-12-24
• 公開（公告）號: CN112489727B
• 公開（公告）日: 2023-06-23
• 發明（設計）人: 陳詹妮;陳榮山;黃書鑫;熊慧;曾緣歡;張豐豐;王琳;廖曉佳;郭莉莎;姚迅
• 申請（專利權）人: 廈門基源醫療科技有限公司
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B20/30
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種快速獲取罕見病致病位點的方法，所述方法包括以下步驟

步驟1：提取一代序列并比對到人類參考基因組上，構建比對配對坐標矩陣；其特征在于，從原始測序文件中按照信號閾值提取初級峰序列和次級峰序列兩種序列,?提取雙序列才能檢測雜合變異；將兩種序列同時比對到人類參考基因組上，記錄連續正整數坐標上一一配對的參考序列和基因組序列，并按照比對的染色體位置將初級峰和次級峰矩陣分成同一組，按照比對得分從高到低對分組結果進行排序，構建比對配對坐標矩陣；

步驟2：遍歷每組比對配對坐標矩陣，根據差異比對配對的坐標映射關系檢測變異；其特征在于，原始序列坐標出現單核苷酸改變時，其參考基因組坐標與原始序列坐標一對一映射；原始序列坐標出現插入變異時，其一個參考基因組坐標映射多個原始序列坐標；原始序列坐標出現缺失變異時，其多個參考基因組坐標映射一個原始序列坐標；

步驟3：根據變異所在的序列進行基因分型；其特征在于，初級峰序列或者次級峰序列坐標出現單一峰檢出變異時，輸出為雜合變異；初級峰序列和次級峰序列坐標同時檢出同一個變異時，輸出為純合變異；初級峰序列和次級峰序列坐標出現變異位點相同，但是變異堿基不同時，輸出為多等位基因變異；對變異進行左端對齊，最后合并變異結果；

步驟4：變異檢測結果用人類罕見病相關數據庫和文獻進行注釋，過濾低測序質量區域和非目標基因比對結果后根據注釋結果進行打分，從高到低輸出大于0的變異結果；人群頻率小于0.01或不存在于人群數據庫的突變記為1分；編碼區或外顯子剪接區的非同義突變記為1分；內含子上蛋白質功能預測分數不少于0.6的突變記為1分；被人類疾病位點數據庫或評級數據庫注釋為致病或可能致病的位點記為5分；

步驟5：用樣本性別升級X性染色體上的純合致病變異排名；若樣本為男性，則校正X染色體上純合變異基因型為半合子；優先報告致病/可能致病的半合子和純合子的結果。