[發(fā)明專利]通過(guò)DNA編碼化合物庫(kù)篩選同時(shí)結(jié)合多個(gè)生物靶標(biāo)的化合物的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011426216.6
• 申請(qǐng)日: 2020-12-09
• 公開（公告）號(hào): CN112941634B
• 公開（公告）日: 2023-09-26
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李進(jìn);竇登峰;鞏曉明;萬(wàn)金橋;劉觀賽;高森;龔珍;蔡龍英;張雪琴;穆雪梅;張麗芳;劉川;康靜文
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 成都先導(dǎo)藥物開發(fā)股份有限公司
• 主分類號(hào): C40B30/04
• 分類號(hào): C40B30/04
• 代理公司: 暫無(wú)信息
• 代理人: 暫無(wú)信息

本發(fā)明公開了一種通過(guò)DNA編碼化合物庫(kù)篩選同時(shí)結(jié)合多個(gè)生物靶標(biāo)的化合物的方法。本發(fā)明還公開了一種通過(guò)DNA編碼化合物庫(kù)篩選同時(shí)結(jié)合E3泛素連接酶和靶標(biāo)蛋白的化合物的方法。本發(fā)明方法進(jìn)一步拓寬了DNA編碼化合物庫(kù)的應(yīng)用范圍，適用于各類生物靶標(biāo)的篩選。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于藥物篩選領(lǐng)域，具體涉及一種通過(guò)DNA編碼化合物庫(kù)篩選同時(shí)結(jié)合多個(gè)生物靶標(biāo)的化合物的方法。

背景技術(shù)

在新藥研發(fā)領(lǐng)域，針對(duì)生物靶標(biāo)的高通量篩選是快速獲得先導(dǎo)化合物的主要手段之一。然而，基于單個(gè)分子的傳統(tǒng)高通量篩選所需時(shí)間長(zhǎng)、設(shè)備投入巨大、庫(kù)化合物數(shù)量有限(數(shù)百萬(wàn))，且化合物庫(kù)的建成需要數(shù)十年的積累，限制了先導(dǎo)化合物的發(fā)現(xiàn)效率與可能性。近年來(lái)出現(xiàn)的DNA編碼化合物庫(kù)技術(shù)(WO2005058479、WO2018166532、CN103882532)，結(jié)合了組合化學(xué)和分子生物學(xué)技術(shù)，在分子水平上將每個(gè)化合物加上一個(gè)DNA標(biāo)簽，能在極短的時(shí)間內(nèi)合成高達(dá)億級(jí)的化合物庫(kù)，而且化合物能夠通過(guò)基因測(cè)序的方法進(jìn)行識(shí)別，大幅度地增加了化合物庫(kù)的大小和合成效率，成為下一代化合物庫(kù)篩選技術(shù)的趨勢(shì)。DNA編碼化合物庫(kù)技術(shù)正開始在制藥行業(yè)廣泛應(yīng)用，并產(chǎn)生了諸多積極的效果(Accounts?ofChemical?Research,2014,47,1247-1255)。

PROTAC(PROteolysis?TArgeting?Chimera，蛋白降解靶向嵌合體)是一種雙功能小分子，一端結(jié)合靶蛋白的配體，另一端結(jié)合E3泛素連接酶的配體，通過(guò)一段鏈條連接。在體內(nèi)可以將靶蛋白和E3酶拉近，使靶蛋白被打上泛素標(biāo)簽，然后通過(guò)泛素—蛋白酶體途徑降解。近期有針對(duì)E3泛素連接酶的分子膠(molecular?glue)的報(bào)道，即更小的分子即可實(shí)現(xiàn)同時(shí)結(jié)合E3泛素連接酶和靶標(biāo)蛋白，實(shí)現(xiàn)靶標(biāo)蛋白的降解。

基于新的藥物靶向技術(shù)發(fā)展，需要篩選能同時(shí)結(jié)合兩個(gè)或多個(gè)靶標(biāo)的化合物，如PROTAC蛋白降解靶向嵌合體或者分子膠。因此需要開發(fā)對(duì)應(yīng)的新型DNA編碼化合物庫(kù)化合物篩選技術(shù)，以提升DNA編碼化合物庫(kù)技術(shù)的應(yīng)用價(jià)值。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供了一種通過(guò)DNA編碼化合物庫(kù)篩選同時(shí)結(jié)合多個(gè)生物靶標(biāo)的化合物的方法，包括以下步驟：

a.將n種生物靶標(biāo)分別用n種不同的互補(bǔ)標(biāo)簽的一方進(jìn)行標(biāo)記；

b.將n種帶有標(biāo)簽的生物靶標(biāo)和DNA編碼化合物庫(kù)同時(shí)進(jìn)行孵育；

c.加入第1種互補(bǔ)標(biāo)簽的另一方，除去未結(jié)合的分子，從生物靶標(biāo)上解離得到DNA編碼化合物；

d.將解離得到DNA編碼化合物替換步驟b中的DNA編碼化合物庫(kù)，將步驟c中第1種互補(bǔ)標(biāo)簽的另一方替換為第2種互補(bǔ)標(biāo)簽的另一方，重復(fù)步驟b和步驟c，直至步驟c加入第n種互補(bǔ)標(biāo)簽的另一方；

其中，n為2、3、4或5。

進(jìn)一步地，所述生物靶標(biāo)為蛋白、RNA、DNA。

進(jìn)一步地，所述互補(bǔ)標(biāo)簽的一方為生物素標(biāo)簽、His標(biāo)簽、GST標(biāo)簽、MBP標(biāo)簽、FLAG標(biāo)簽、C-Myc標(biāo)簽、SUMO標(biāo)簽、SNAP標(biāo)簽、互補(bǔ)DNA的一方、互補(bǔ)RNA的一方。

進(jìn)一步地，所述互補(bǔ)標(biāo)簽的另一方為親和素、鏈霉素、鎳、谷胱甘肽、多糖樹脂、anti-FLAG、anti-C-Myc、SUMO蛋白酶、苯甲基鳥嘌呤(benzylguanine,BG)、互補(bǔ)DNA的另一方、互補(bǔ)RNA的另外一方。

進(jìn)一步地，步驟c和步驟d中加入第1～n種互補(bǔ)標(biāo)簽的另一方后，通過(guò)物理、化學(xué)或生物的方法除去未結(jié)合的分子。

本發(fā)明還提供了一種通過(guò)DNA編碼化合物庫(kù)篩選同時(shí)結(jié)合E3泛素連接酶和靶標(biāo)蛋白的化合物的方法，包括以下步驟：

a、將E3泛素連接酶用第1種互補(bǔ)標(biāo)簽的一方進(jìn)行標(biāo)記，將靶標(biāo)蛋白用第2種互補(bǔ)標(biāo)簽的一方進(jìn)行標(biāo)記，第1種互補(bǔ)標(biāo)簽和第2種互補(bǔ)標(biāo)簽不同；