[發明專利]蛋白藥物活性的分子保護及其處方設計方法

在審

• 申請號: 202011415745.6
• 申請日: 2020-12-04
• 公開（公告）號: CN112466414A
• 公開（公告）日: 2021-03-09
• 發明（設計）人: 魏冬青;李代禧;王恒;王艷菁
• 申請（專利權）人: 海門智醫醫藥科技有限公司;上海交通大學;上海理工大學
• 主分類號: G16C20/50
• 分類號: G16C20/50;G16C20/90
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.蛋白藥物活性的分子保護及其處方設計方法。

2.根據權利要求1所述的蛋白藥物活性的分子保護及其處方設計方法，其特征在于，提供一種活性保護劑綜合數據庫，包括活性保護劑的具體分子結構、精確的電荷分布數據、分子內力學參數和物理化學性質。

3.根據權利要求1所述的蛋白藥物活性的分子保護及其處方設計方法，其特征在于，提供活性保護劑在蛋白藥物表面的選擇性吸附篩選和確定方法，包括如下步驟：

S1：構建活性保護劑在蛋白藥物表面的選擇性吸附保護層；

S2：計算選擇性吸附保護層和蛋白藥物的分子間相互作用：二者之間的相互作用包括靜電作用、范德華作用和氫鍵作用；

S3：計算各活性保護劑在蛋白藥物分子表面的選擇性吸附作用強度：通過分別計算蛋白藥物分子表面與數據庫中各活性保護劑的相互作用，獲得二者選擇性吸附作用的具體數值。

4.根據權利要求3所述的活性保護劑在蛋白藥物表面的選擇性吸附篩選和確定方法，其特征在于，步驟S3中，相互作用勢能計算方法如下：

E_dock(i)＝[E_complex(i)-(E_protein+N_dock(i)*E_guest(i))]/N_dock(i)，其中，E_complex(i)是第i種活性保護劑和蛋白藥物復合物的勢能，E_protein是蛋白藥物的勢能，E_guest(i)是第i種活性保護劑保護層的勢能，N_dock(i)是第i種活性保護劑在蛋白藥物分子表面的吸附分子數，E_dock(i)是第i種活性保護劑和蛋白藥物的平均相互作用勢能。

5.根據權利要求1所述的蛋白藥物活性的分子保護及其處方設計方法，其特征在于，提供蛋白藥物活性的分子保護處方設計方法，包括如下步驟：

S1：溶劑化校正：獲得活性保護劑在蛋白藥物分子表面的最佳吸附構象，由最佳吸附構象通過原子面積積分準確計算得到活性保護劑與蛋白藥物結合后的裸露分子表面。

S2：活性保護劑的篩選：溶劑化矯正后的蛋白藥物與數據庫中各活性保護劑的相互作用能(E_dock-sol(i))為真空條件下的活性保護劑與蛋白藥物分子表面相互作用能(E_dock(i))減去活性保護劑與蛋白藥物結合后的裸露分子表面所產生的溶劑化作用能(E_guest-sol(i))。

6.根據權利要求5所述的蛋白藥物活性的分子保護處方設計方法，其特征在于，步驟S1中，活性保護劑與蛋白藥物結合后的裸露分子表面的計算方法如下：

S_{guest-naked(i)}＝(S_complex(i)–S_{protein-naked(i)})/N_dock(i)，其中，S_{guest-naked(i)}表示第i個活性保護劑與蛋白藥物結合后的裸露分子表面積，S_{protein-naked(i)}表示蛋白藥物與第i個活性保護劑結合后的裸露分子表面積，S_complex(i)表示蛋白藥物和保護劑組成的復合物的分子表面積，N_dock(i)為表示第i個活性保護劑在蛋白藥物分子表面的分子數。