[發(fā)明專利]基于python的二代測序樣本混樣方法、應(yīng)用、設(shè)備、計算機可讀存儲介質(zhì)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011383260.3
• 申請日: 2020-12-01
• 公開（公告）號: CN112631562B
• 公開（公告）日: 2022-08-23
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 蔡志強;閔運豐;李暉;徐天生;吳學標;肖云平;史賢俊
• 申請（專利權(quán)）人: 上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司
• 主分類號: G06F8/30
• 分類號: G06F8/30;G06F40/18
• 代理公司: 上海德禾翰通律師事務(wù)所 31319
• 代理人: 夏思秋

1.一種基于python的二代測序樣本混樣方法，其特征在于，所述混樣方法包括如下步驟：

步驟1，文件讀取并解析：所述文件為含有二代測序樣本基本信息的標準格式excel表格，并自動解析多個表單，將表單數(shù)據(jù)分類成常規(guī)樣品數(shù)據(jù)和補測樣品數(shù)據(jù)；

步驟2，樣品排序到流通槽：所述樣品為待測序的核酸樣本，將其依次填充到流通槽；所述流通槽需保持完整；所述完整的條件為確保同一條流通槽的接頭名稱不重復；和/或，數(shù)據(jù)總量不低于最低下限和不高于最高上限；和/或，補測樣品數(shù)不超過上限；和/或，選擇剩余樣本數(shù)最少的排序組合方式；

步驟3，樣品添加接頭序列：所述接頭序列為根據(jù)樣本接頭名稱判斷類型，并通過區(qū)分單雙端接頭進行查詢獲得的唯一對應(yīng)序列；

步驟4，計算樣本混樣體積：所述混樣體積為每條合格的流通槽，根據(jù)其中每個樣品的數(shù)據(jù)量計算保持總體積趨近上限的最優(yōu)混樣體積；所述最優(yōu)混樣體積為大于下限總體積V_min且小于上限總體積V_max的最大正整數(shù)T；所述正整數(shù)T滿足公式：

其中，n表示一條流通槽中的樣本數(shù)，m_n表示該樣品的數(shù)據(jù)量，c_n表示該樣品的文庫濃度；

根據(jù)T值計算出各樣本混樣體積v_n，其公式為：

其中，n表示一條流通槽中的樣本數(shù)，m_n表示該樣品的數(shù)據(jù)量，c_n表示該樣品的文庫濃度；

步驟5，輸出混樣表格：所述混樣表格為拆分合格和非合格的流通槽數(shù)據(jù)，并進行自動輸出后導出的同一excel表格。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述二代測序樣本基本信息包含：編號、序號、樣本分析名、樣品名稱、接頭、數(shù)據(jù)量/G、合同號、任務(wù)單號、物種、項目類型、文庫濃度、混樣體積、建庫人和備注。

3.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，步驟2中，所述數(shù)據(jù)總量的上限為150G，下限為90G。

4.一種設(shè)備，其特征在于，包括：存儲器和處理器；

所述存儲器上存儲有計算機程序，當所述計算機程序被所述處理器執(zhí)行時，實現(xiàn)如權(quán)利要求1-3之任一項所述的方法。

5.一種計算機可讀存儲介質(zhì)，其上存儲有計算機程序，其特征在于，所述計算機程序被處理器執(zhí)行時，實現(xiàn)如權(quán)利要求1-3之任一項所述的方法。