[發明專利]用于評價患者子宮內膜容受性的方法和用于實施其方法的試劑盒

在審

• 申請號: 202011135482.3
• 申請日: 2020-10-21
• 公開（公告）號: CN112143785A
• 公開（公告）日: 2020-12-29
• 發明（設計）人: 卡洛斯·安東尼奧·西蒙·瓦列斯;莫尼卡·克萊門特·西斯卡
• 申請（專利權）人: 艾基諾米公司
• 主分類號: C12Q1/6876
• 分類號: C12Q1/6876;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 李海霞

本發明申請提供了用于評價患者子宮內膜容受性的方法和用于實施其方法的試劑盒。本發明使得能夠通過使用對來自子宮內膜的活組織檢查材料的RNA或DNA測序(例如，通過NGS(下一代測序))，利用與子宮內膜容受性狀態有關的248種基因或其特定的子組合(表1中所示)的表達，來確定人子宮內膜容受性功能狀態。根據分析，特定的計算預測因子將樣品根據它們的表達譜在相應的子宮內膜階段(增殖期、容受期前、早期容受期、容受期、晚期容受期或容受期后)中進行分類。應注意，通過計算預測因子對上述特定基因集的表達譜的后續分析，能夠分配這些容受性狀態。

技術領域

本說明書涉及通過使用與子宮內膜容受性狀態有關的248種基因或其特定的子組合的表達用于確定人子宮內膜容受性功能狀態的改進方法。

背景技術

子宮內膜因子在生殖過程中起重要作用，因為必需為容受性子宮內膜才能允許胚胎移植。除了在它達到容受性表型從而允許胚胎附著的短暫、自限期之外，人子宮內膜在月經周期期間是非容受性的。該時期被稱為植入窗(WOI，著床窗)并且通常在黃體酮暴露5天后開啟(開始)。對這種表型的理解將提供更好且更廣泛的生殖過程認知；為此，已廣泛研究了人子宮內膜以尋找能夠預測這種容受性狀態的生物標志物。

經典地，組織學標準已用于記錄子宮內膜的日期。然而，對于預測子宮內膜容受性，形態學標準具有很大的限制，如在隨機研究中所證實的。在單分子和生物化學水平上，子宮內膜容受性的研究也未成功。人類基因組計劃的完成引起了被描述為“組學革命(omics revolution)”的分子生物學中新領域的快速發展。組學是指高通量技術和海量數據分析的應用，從而使得能夠研究組或個體之間的分子譜圖和變化。在“組學科學”中，我們發現在特定條件下，分析特定組織中基因表達模式的轉錄組學有助于診斷生理功能和病理學狀況。

在過去十年中，已廣泛研究了人子宮內膜的轉錄組學。已覆蓋了從月經周期期間的轉錄組表達到不同處理或婦科學狀況下所鑒別的變化的一些領域。然而，主要興趣在于可以診斷容受性功能和改善生殖治療有效性的特定轉錄組標簽的鑒別。基于此，iGenomix開發了被稱為ERA的定制測試，它能夠鑒別容受性的基因組標簽。盡管通常認為對于所有婦女，在月經周期的相同“標準”日開啟WOI，但是有可能的是在一些婦女中發生了WOI的移位(displacement)。在這些情況下，這種分子工具能夠為每位特定患者找到個性化的WOI。這種策略使得能夠在發現子宮內膜為容受性的當天進行個性化胚胎移植(pET)。這種ERA測試得到了專利保護并且在PCT/ES2009/000386中進行了充分描述。

然而，當前ERA NGS測試同時分析對于它們的子宮內膜容受性譜所選的不同數目的基因的表達。這些基因的表達分析利用了下一代測序并結合以具體診斷概率提供子宮內膜容受性診斷的生物信息學工具(計算預測因子(計算預測器，computationalpredictor))。這產生了在本說明書中充分描述的新型且改善的ERA。

發明內容

根據本發明一個方面，提供了一種用于預測人受試者對于植入前胚胎的移植的子宮內膜容受性的方法，其包括：(a)在月經周期內的第一時間點提供獲自人受試者的第一生物樣品；(b)確定所述第一生物樣品中一組基因的基因表達譜，其中確定所述一組基因的基因表達譜包括確定表1中所列的任何第一生物標志物或基因連同表1中所列的任何第二生物標志物或基因的表達；和(c)將所述人受試者鑒別為具有：(i)當所確定的基因表達譜對應于容受性子宮內膜容受性參考組的所述一組基因的基因表達譜時，容受性子宮內膜狀態(R)，(ii)當所確定的基因表達譜對應于非容受性子宮內膜容受性參考組的所述一組基因的基因表達譜時，非容受性子宮內膜狀態，(iii)當所確定的基因表達譜對應于早期容受性子宮內膜容受性參考組的所述一組基因的基因表達譜時，早期容受性(Pret)子宮內膜狀態，或(iv)當所確定的基因表達譜對應于晚期容受性子宮內膜容受性參考組的所述一組基因的基因表達譜時，晚期容受性(et)子宮內膜狀態。