[發(fā)明專利]一種蛋白互作阻斷多肽的輔助篩選方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010950586.3
• 申請日: 2020-09-11
• 公開（公告）號: CN112034184B
• 公開（公告）日: 2021-12-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 紀(jì)曉峰;盛軍;鄭媛;郝建華
• 申請（專利權(quán)）人: 中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所
• 主分類號: G16B15/30
• 分類號: G16B15/30;G01N33/68
• 代理公司: 青島海昊知識產(chǎn)權(quán)事務(wù)所有限公司 37201
• 代理人: 曾慶國

本發(fā)明提供一種蛋白互作阻斷多肽的輔助篩選方法，是以中國對蝦蛋白PcRab7和白斑綜合癥病毒囊膜蛋白VP28相互作用阻斷多肽為目標(biāo)的篩選方法。本發(fā)明方法是構(gòu)建中國對蝦Rab7蛋白和白斑綜合征病毒W(wǎng)SSV囊膜蛋白VP28的復(fù)合體結(jié)構(gòu)PcRab7?VP28；確定復(fù)合體結(jié)構(gòu)PcRab7?VP28的相互作用界面；然后以WSSV囊膜蛋白VP28為受體靶標(biāo)蛋白，根據(jù)其活性區(qū)域設(shè)定活性口袋；將待篩選的多肽片段，在設(shè)定的活性口袋位置與受體靶蛋白VP28依次對接，并計(jì)算多肽與VP28的結(jié)合自由能；根據(jù)自由能高低篩選出阻斷多肽。本發(fā)明所建立的蛋白互作阻斷多肽的篩選方法基于相互作用的阻斷多肽篩選，能彌補(bǔ)傳統(tǒng)的僅僅依賴實(shí)驗(yàn)篩選的高成本短板，能做到多范圍、多長度的多肽篩選。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于蛋白多肽互作技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種蛋白互作阻斷多肽的輔助篩選方法。

背景技術(shù)

對蝦白斑綜合征是由白斑綜合癥病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)引發(fā)的一種綜合性病征，是對蝦暴發(fā)性流行病的主要病害之一，死亡率極高，嚴(yán)重危害對蝦養(yǎng)殖業(yè)，是國際獸醫(yī)局(OIE)規(guī)定需要報(bào)告的重要水生動(dòng)物傳染病。

WSSV的基因組大小在300kb左右，預(yù)測編碼約180種蛋白，其中有50個(gè)以上病毒編碼的蛋白質(zhì)被鑒定為結(jié)構(gòu)蛋白。在這些結(jié)構(gòu)蛋白中，囊膜蛋白是病毒感染與致病力的重要決定因子，被認(rèn)為是與宿主直接接觸的第一個(gè)分子，因此在細(xì)胞靶向和宿主防御中起關(guān)鍵作用。雖然WSSV病毒進(jìn)入對蝦體內(nèi)的精確機(jī)制至今仍未知，但是相關(guān)研究推測病毒進(jìn)入宿主細(xì)胞是通過病毒包膜蛋白與宿主細(xì)胞受體的相互作用而發(fā)生的。例如包膜蛋白通過與β–整合素蛋白，PmRab7等相互作用進(jìn)入對蝦體內(nèi)，引起感染。既然病毒進(jìn)入宿主細(xì)胞是通過病毒包膜蛋白與宿主細(xì)胞受體的相互作用而發(fā)生的，相互作用阻斷劑的篩選，對于今后抗白斑綜合癥病毒藥物的研發(fā)具有重要意義。

藥物的篩選一直都是新藥研發(fā)的主要途徑之一。通過體內(nèi)和體外的實(shí)驗(yàn)篩選能夠獲得較為準(zhǔn)確的阻斷劑。以VP28為靶標(biāo)，通過噬菌體表面展示的方法獲得的多肽片段2E6(VAVNNSY)能夠有效地抑制病毒感染。雖然噬菌體表面展示的方法能夠通過淘洗的方法獲得活性多肽片段，但是，由于該方法在構(gòu)建多肽庫中存在片段長度單一，實(shí)驗(yàn)成本高的問題，導(dǎo)致其沒有辦法窮盡所有片段長度。使得實(shí)驗(yàn)方法在篩選規(guī)模和范圍上存在一定的局限性。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供一種蛋白互作阻斷多肽的輔助篩選方法，尤其涉及以中國對蝦蛋白PcRab7和白斑綜合癥病毒囊膜蛋白VP28相互作用阻斷多肽為目標(biāo)的篩選方法，從而彌補(bǔ)現(xiàn)有技術(shù)的不足。

本發(fā)明提供一種中國對蝦蛋白PcRab7和白斑綜合癥病毒囊膜蛋白VP28相互作用阻斷多肽的篩選方法，包括如下的步驟：

1)構(gòu)建中國對蝦Rab7蛋白和白斑綜合征病毒W(wǎng)SSV囊膜蛋白VP28的復(fù)合體結(jié)構(gòu)PcRab7-VP28；

2)確定復(fù)合體結(jié)構(gòu)PcRab7-VP28的相互作用界面；

3)以WSSV囊膜蛋白VP28為受體靶標(biāo)蛋白，根據(jù)其活性區(qū)域設(shè)定活性口袋；

4)將待篩選的多肽片段，在設(shè)定的活性口袋位置與受體靶蛋白VP28依次對接，并計(jì)算多肽與VP28的結(jié)合自由能，根據(jù)自由能高低篩選出阻斷多肽。

所述步驟1)中PcRab7-VP28復(fù)合體結(jié)構(gòu)的構(gòu)建方法如下：

A、通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件I-TASSER構(gòu)建完成PcRab7三級結(jié)構(gòu)；

B、通過ZDock2程序生成多個(gè)PcRab7-VP28復(fù)合體結(jié)構(gòu)，并根據(jù)結(jié)合能量進(jìn)行排序；

C、依據(jù)對接結(jié)果，選取Auto Dock打分最高的配體構(gòu)象，確定PcRab7-VP28的復(fù)合體結(jié)構(gòu)。

所述的步驟2)中確定復(fù)合體結(jié)構(gòu)PcRab7-VP28的相互作用界面，包括如下的步驟：