[發明專利]一種用于評估豬背膘厚的SNP標記及其檢測方法

在審

• 申請號: 202010906550.5
• 申請日: 2020-09-01
• 公開（公告）號: CN114107516A
• 公開（公告）日: 2022-03-01
• 發明（設計）人: 唐中林;姚一龍;易國強;楊亞嵐
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院農業基因組研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達知識產權代理事務所(普通合伙) 11426
• 代理人: 潘煒;范國鋒

本發明公開了一種與豬背膘厚顯著相關的SNP標記及其檢測方法和應用、基于SNP標記開發分子標記的方法、用于檢測SNP標記的引物對、低背膘厚種豬選育系統及其應用，所述SNP標記位于ENSSSCG00000004081基因上，其對應于國際豬參考基因組10.2版本參考序列1號染色體第139,495,55處的TC突變。本發明公開的SNP標記，豐富了SNP密度，能夠準確、高效地選育出低背膘厚的優良豬品種，為豬背膘厚相關的育種提供了新的分子標記資源和應用。

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，具體涉及用于評估豬背膘厚的SNP標記及其檢測方法和用途。

背景技術

畜牧業是我國國民經濟的基礎產業，也是農業經濟的支柱產業。其中，生豬養殖業是畜牧業中的重中之重，關系到國計民生。生長育肥階段是生豬養殖過程中的關鍵一環，該環節成功與否主要由豬生長性能的優劣決定。豬生長性狀主要包括達100kg體重日齡、活體背膘厚和眼肌面積等。生長性狀一般為中高等遺傳力的數量性狀，使用傳統育種方式的遺傳進展相對緩慢。

隨著一些分子遺傳標記的發現，遺傳評估可以將這些標記的信息納入到育種體系，進而縮短世代間隔，提高遺傳進展，該過程即為分子標記輔助選擇。分子標記的類型由最初的生化標記、微衛星標記發展為如今的單核苷酸多態性標記(single nucleotidepolymorphisms，SNPs)。高通量SNP檢測技術的發展，為我們快速、準確地尋找數量性狀基因座(Quantitative Trait Loci，QTL)提供了必要的信息，使基因組選擇成為可能。QTL數據庫(https://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/index)是一個儲存已發表的畜禽QTL信息的數據庫，目前包含豬、牛、羊和雞等主要的農業動物。在豬的QTL數據庫中，目前已收錄了來自281篇文獻的6,347條QTL記錄，包括了593個不同的性狀類型。該數據庫將這些性狀分成了五大類，分別是外部性狀、疾病、肉質、生長和繁殖性狀。但是QTL數據庫也存在一些問題，例如QTL區間較寬，SNP密度不高等不足。

隨著國民生活品質的提高，人們對豬肉品質的要求愈來愈高，更加青睞對瘦肉的消費。其中，豬瘦肉率與背膘厚性狀存在負相關，背膘厚性狀易于活體度量，而瘦肉率不易度量，并且背膘厚性狀具有較高的遺傳力，因此其是用于瘦肉豬遺傳改良的重要指標。豬基因組計劃的完成，使得單核苷酸多態性分子標記以及商業化高密度芯片技術快速發展，截至目前，已經發現了很多控制豬背膘厚性狀的基因，如MC4R、Ob、HSL等，部分基因標記也已經應用到豬育種實踐。但是，由于背膘厚是由多基因共同控制的，目前仍缺少功能明確、效應顯著且可直接用于育種的與豬背膘厚相關的SNP標記。

因此，迫切需要提供用于評估豬背膘厚的SNP標記，以豐富QTL數據庫中的SNP密度，全面深入揭示豬生長性能的分子機制，從而提高豬育種進程和豬產業化利潤。

發明內容

為了克服上述問題，本發明人進行了銳意研究，提出了與豬背膘厚顯著相關的SNP標記及其檢測方法和應用、基于SNP標記開發分子標記的方法、用于檢測SNP標記的引物對、低背膘厚種豬選育系統及其應用，由此，提供了用于評估豬背膘厚的SNP標記，豐富了SNP密度，能夠準確、高效地選育出低背膘厚的優良豬品種，為豬背膘厚相關的育種提供了新的分子標記資源和應用，從而完成了本發明。

具體來說，本發明的目的在于提供以下方面：

本發明提供一種與豬背膘厚相關的SNP標記，其中，所述SNP標記位于ENSSSCG00000004081基因上，

其對應于國際豬參考基因組10.2版本參考序列1號染色體第139,495,55處的TC突變。

其中，所述SNP標記位于核苷酸片段一的第151個核苷酸處，該處的堿基類型的差異導致豬背膘厚度不同，所述核苷酸片段一的序列如SEQ ID NO：1所示。

其中，所述與豬背膘厚相關的SNP標記位點的等位基因為T和C，包括CC和TC兩種基因型；