[發(fā)明專利]一種用于評估豬背膘厚的SNP標(biāo)記及其檢測方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010906550.5
• 申請日: 2020-09-01
• 公開（公告）號: CN114107516A
• 公開（公告）日: 2022-03-01
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 唐中林;姚一龍;易國強(qiáng);楊亞嵐
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達(dá)知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11426
• 代理人: 潘煒;范國鋒

1.一種與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記，其特征在于，所述SNP標(biāo)記位于ENSSSCG00000004081基因上，

其對應(yīng)于國際豬參考基因組10.2版本參考序列1號染色體第139,495,55處的TC突變。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的SNP標(biāo)記，其特征在于，所述SNP標(biāo)記位于核苷酸片段一的第151個核苷酸處，該處的堿基類型的差異導(dǎo)致豬背膘厚度不同，所述核苷酸片段一的序列如SEQ ID NO：1所示。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的SNP標(biāo)記，其特征在于，所述與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記位點(diǎn)的等位基因?yàn)門和C，包括CC和TC兩種基因型；

優(yōu)選地，SNP位點(diǎn)的基因型為CC的豬背膘厚低于SNP位點(diǎn)基因型為TC的豬背膘厚。

4.一種基于權(quán)利要求1至3之一所述SNP標(biāo)記開發(fā)分子標(biāo)記的方法，其特征在于，以含有所述SNP標(biāo)記的核苷酸序列為基礎(chǔ)序列，設(shè)計引物對，以豬基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，使所述的SNP標(biāo)記轉(zhuǎn)化為分子標(biāo)記。

5.一種用于檢測權(quán)利要求1至3之一所述SNP標(biāo)記的引物對，其特征在于，所述引物對的上游引物為P6，其包括如SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列；所述引物對的下游引物為P7，其包括如SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列。

6.一種權(quán)利要求1至3之一所述SNP標(biāo)記的檢測方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：

步驟1，根據(jù)SNP標(biāo)記的核苷酸序列設(shè)計引物；

步驟2，以被檢測豬的基因組DNA作為模板進(jìn)行擴(kuò)增；

步驟3，判斷擴(kuò)增產(chǎn)物中是否存在該SNP標(biāo)記。

7.一種權(quán)利要求1至3之一所述SNP標(biāo)記在預(yù)測豬背膘厚中的應(yīng)用，其特征在于，所述應(yīng)用包括檢測待測豬的國際豬參考基因組10.2版本參考序列1號染色體第139,495,55處SNP標(biāo)記的基因型的步驟。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的應(yīng)用，其特征在于，所述應(yīng)用包括以下步驟：

步驟I，提取待測豬的基因組DNA；

步驟II，以基因組DNA為模板，進(jìn)行PCR擴(kuò)增；

步驟III，確定待測豬所述SNP標(biāo)記的基因型；

步驟IV，根據(jù)基因型確定待測豬的背膘厚度。

9.一種低背膘厚種豬選育系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)包括：

候選豬獲取設(shè)備，用于提供多頭候選豬；

性狀預(yù)測設(shè)備，其與候選豬獲取設(shè)備相連，用于預(yù)測豬背膘厚；

培育設(shè)備，其與性狀預(yù)測設(shè)備相連，用于基于性狀預(yù)測設(shè)備的預(yù)測結(jié)果，選擇并培育具有低背膘厚的候選豬。

10.權(quán)利要求1至3之一所述的SNP標(biāo)記、權(quán)利要求5所述的引物對、權(quán)利要求9所述的低背膘厚種豬選育系統(tǒng)在豬育種中的應(yīng)用，所述豬育種為分子標(biāo)記輔助育種。