[發(fā)明專利]鹽脅迫條件下小麥生物量和產(chǎn)量相關(guān)KASP標記的開發(fā)及應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010787254.8
• 申請日: 2020-08-07
• 公開（公告）號: CN111979345B
• 公開（公告）日: 2022-09-13
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 鄭琪;胡盼;羅巧玲;李宏偉;楊國堂;李濱;李振聲
• 申請（專利權(quán)）人: 中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;A01H1/04
• 代理公司: 北京紀凱知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 關(guān)暢

本發(fā)明公開了鹽脅迫條件下小麥生物量和產(chǎn)量相關(guān)KASP標記的開發(fā)及應(yīng)用。本發(fā)明首先公開了檢測SNP標記AX?108839508的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在鑒定或輔助鑒定小麥生物量和/或產(chǎn)量中的應(yīng)用；所述SNP標記AX?108839508為位于小麥5A染色體上的第692158124位核苷酸，其為A或G。本發(fā)明進一步公開了鑒定或輔助鑒定在鹽脅迫條件下小麥生物量和/或產(chǎn)量的方法。本發(fā)明開發(fā)的與SNP標記AX?108839508相關(guān)聯(lián)的KASP標記與在鹽脅迫條件下產(chǎn)量和生物量性狀顯著相關(guān)，為選育高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)品質(zhì)優(yōu)良的耐鹽小麥品種奠定理論基礎(chǔ)且提供分子輔助選擇手段。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及鹽脅迫條件下小麥生物量和產(chǎn)量相關(guān)KASP標記的開發(fā)及應(yīng)用。

背景技術(shù)

土壤鹽漬化是影響糧食產(chǎn)量的一個重要限制因素。如何利用鹽堿地等中低產(chǎn)田，有效提高糧食總產(chǎn)量是人們亟待解決的重大問題。小麥是世界上最重要的糧食作物之一，同時也是鹽漬化土壤的主要栽培作物之一。土壤鹽漬化嚴重影響小麥產(chǎn)量，培育并種植耐鹽小麥品種是有效利用鹽漬化土壤資源，增加小麥產(chǎn)量的一條重要途徑。

分子標記輔助選擇是在作物改良過程中應(yīng)用分子標記來進行選擇的一種輔助手段。借助于與目標基因緊密連鎖的某個分子標記，通過對分子標記基因型的檢測，就能獲知目標基因的基因型。小麥產(chǎn)量及產(chǎn)量相關(guān)性狀受多基因控制，且易受環(huán)境因素的影響。利用與小麥產(chǎn)量及產(chǎn)量相關(guān)性狀緊密連鎖的分子標記對個體進行目標區(qū)域以及全基因組篩選，可加速育種進程，減小育種工作量，達到提高育種效率的目的。

單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)是指在基因組水平上單個核苷酸的變異形成的DNA序列多態(tài)性。SNP可以穩(wěn)定遺傳，并且分布廣泛，多態(tài)性豐富，易于實現(xiàn)自動化分析。目前SNP檢測的方法主要有兩種：簡化基因組測序和SNP芯片。但是當通過連鎖分析或關(guān)聯(lián)分析獲得與目標性狀連鎖的SNP標記后，檢測其他材料是否含有該優(yōu)良位點時，簡化基因組測序或高密度SNP芯片技術(shù)成本顯然太高，且沒有必要。競爭性等位基因特異性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR,KASP)技術(shù)可以基于引物末端堿基的特異匹配實現(xiàn)SNP分型以及插入和缺失的檢測(Insertions and Deletions,InDels)。KASP技術(shù)是英國LGC(Laboratory of the Government Chemist政府化學家實驗室)有限公司開發(fā)的，目前已經(jīng)成為國際上SNP分析的主流方法之一。它只需合成兩個通用熒光探針和兩個通用淬滅探針，再合成多個針對具體位點的SNP PCR引物，就可以檢測多個位點。熒光探針和淬滅探針價格昂貴，所以與Taqman探針相比，KASP方法可以通過通用熒光探針來替代針對位點的熒光探針，大大節(jié)約成本。微流控芯片檢測系統(tǒng)是北京博奧晶典生物技術(shù)有限公司自主開發(fā)的SNP檢測平臺，操作簡單、反應(yīng)快速、性價比高。它只需一步加樣，四步簡單的拿放工作，即可在2.5個小時內(nèi)完成96個反應(yīng)的分型檢測，實現(xiàn)低成本、簡單快速的SNP/InDel分型。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題為開發(fā)與小麥生物量和產(chǎn)量，特別是鹽脅迫條件下小麥生物量和產(chǎn)量相關(guān)的KASP標記，以選育出高產(chǎn)的耐鹽小麥品種。

為解決上述問題，本發(fā)明提供了檢測SNP標記AX-108839508的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在鑒定或輔助鑒定小麥生物量和/或產(chǎn)量中的應(yīng)用；

所述SNP標記AX-108839508為位于小麥5A染色體上的第692158124位核苷酸，其為A或G。

上述應(yīng)用中，所述鑒定或輔助鑒定小麥生物量和/或產(chǎn)量中的應(yīng)用為鑒定或輔助鑒定鹽脅迫條件下小麥生物量和/或產(chǎn)量中的應(yīng)用。

上述檢測SNP標記AX-108839508的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在小麥育種中的應(yīng)用尤其是耐鹽小麥育種中的應(yīng)用也在本發(fā)明的保護范圍之內(nèi)。

上述應(yīng)用中，所述小麥育種為培育高生物量和/或產(chǎn)量的耐鹽小麥品種。