[發明專利]一種基于lincRNA表達譜組合特征的腎乳頭狀細胞癌早期預測方法

在審

• 申請號: 202010775535.1
• 申請日: 2020-08-04
• 公開（公告）號: CN111944902A
• 公開（公告）日: 2020-11-17
• 發明（設計）人: 李文興;劉大海;劉蕾娜;焦文喬
• 申請（專利權）人: 佛山科學技術學院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;G16B30/00;G16B25/10;G16B20/00;G16B40/20;G16H50/30
• 代理公司: 北京權智天下知識產權代理事務所(普通合伙) 11638
• 代理人: 王新愛

本發明公開了一種特征lincRNA表達譜組合及腎乳頭狀細胞癌早期預測方法，lincRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1?SEQ ID NO.18所示。該方法包括以下步驟：獲取腎乳頭狀細胞癌早期患者穩定差異表達的特征lincRNA；選取特征lincRNA表達數據，對每個樣本進行數據標準化；使用支持向量機對標準化后的數據構建早期預測模型；根據患者特征lincRNA的表達水平進行早期預測。本發明具有很高的精確度和準確率(ROC曲線下面積AUC＝0.988)。只需要獲取上述18種lincRNA的相對表達量，就能計算出腎乳頭狀細胞癌早期患病概率，可作為腎乳頭狀細胞癌早期預測和治療的參考依據。

技術領域

本發明屬于生物技術和醫學技術領域，具體地說，涉及一種基于lincRNA表達譜組合特征的腎乳頭狀細胞癌早期預測方法。

背景技術

腎乳頭狀細胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma)約占腎細胞癌的15％。其發病年齡一般為50-70歲，男女患病比率為2-3.9:1。腎乳頭狀細胞癌預后較好，5年生存率能達到80％以上。全球疾病負擔(Global Burden of Disease,GBD)數據顯示，2017年全球患有腎癌的人數超過210萬，其中中國患病人數約為27萬。2017年全球患有腎癌的死亡人數約為14萬，占總死亡人數的0.25％。中國2017年死亡患者數約為1.7萬，占總死亡人數的0.16％。統計結果顯示，從1990年到2017年全球腎癌患病率和死亡率持續增長。近十年來中國腎癌患病人數，患病率和死亡率相對穩定。

支持向量機(Support Vector Machine,SVM)是一類按監督學習方式對數據進行二元分類的廣義線性分類器，其決策邊界是對學習樣本求解的最大邊距超平面。SVM模型是將實例表示為空間中的點，這樣映射就使得單獨類別的實例被盡可能寬的明顯的間隔分開。然后，將新的實例映射到同一空間，并基于它們落在間隔的哪一側來預測所屬類別。當訓練數據是線性可分時，SVM通過硬間隔最大化學習進行分類。當訓練數據線性不可分時，SVM通過使用核技巧以及軟間隔最大化學習進行分類。SVM對于特征含義相似的中等大小的數據集很強大，也適用于小型數據集。通常情況下，對樣本量小于1萬的數據集SVM都有很好的預測效果。SVM在疾病診斷、腫瘤分類、腫瘤基因識別等有著廣泛的應用。

腫瘤早期診斷一直是醫學界的難題。現有的早期診斷方法多是觀測某一個或一類標志物的表達水平，難以達到理想的診斷效果。由于這些標志物在腫瘤患者和正常人群中的表達分布有部分重疊，難以界定標志物的臨界值將腫瘤患者和正常人群較好地分開。因此，利用多個標志物表達特征組合可能是腫瘤早期診斷的一種有效方法。長鏈基因間非編碼RNA(long intergenic non-coding RNA,lincRNA)是一類位于基因間非編碼序列的長度大于200個核苷酸的非編碼單鏈RNA分子。lincRNA不具有編碼潛力并且在不同物種之間不保守。研究表明lincRNA參與多個基因的表達調控，在人體內表達相對穩定且容易檢測。由于單個lincRNA分子在腫瘤和正常人群中表達分布有重疊，難以界定早期診斷的臨界值。

因此，有必要建立一種更穩定的多個差異lincRNA表達特征組合的預測模型將有助于腎乳頭狀細胞癌的早期預測。

發明內容

有鑒于此，本發明提供了一種基于lincRNA表達譜組合特征的腎乳頭狀細胞癌早期預測方法，能夠準確地進行腎乳頭狀細胞癌I/II期預測。

為了解決上述技術問題，本發明公開了一種特征lincRNA表達譜組合，包括AC026401.3、AC040977.1、AC091563.1、AC104825.1、AF127577.4、ATP2B1-AS1、CRNDE、DNAJC3-DT、LINC00476、LINC01503、LINC02381、LINC02604、LINC02615、MIR210HG、MIR22HG、MIR4435-2HG、SEPT7-AS1和U91328.1，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.18所示。