[發(fā)明專利]一種用于C到U堿基編輯的融合蛋白及其制備方法和應(yīng)用在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 202010764514.X | 申請日： | 2020-07-31 |
| 公開（公告）號： | CN114058607A | 公開（公告）日： | 2022-02-18 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 池天;黃欣欣;呂君君;毛少帥;李永芹 | 申請（專利權(quán)）人： | 上海科技大學(xué) |
| 主分類號： | C12N9/78 | 分類號： | C12N9/78;C12N9/22;C07K19/00;C12N15/62;C12N15/65;C12N15/85;C12N15/90;G01N21/64 |
| 代理公司： | 上海弼興律師事務(wù)所 31283 | 代理人： | 王衛(wèi)彬;黃益澍 |
| 地址： | 201210 上*** | 國省代碼： | 上海;31 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 用于 堿基 編輯 融合 蛋白 及其 制備 方法 應(yīng)用 | ||
1.一種融合蛋白，其特征在于，其包括APOBEC 3A片段和失活的dCas13片段，所述失活的dCas13片段包括dCas13Rx片段和/或dPspCas13b片段。
2.如權(quán)利要求1所述的融合蛋白，其特征在于，所述APOBEC 3A片段的氨基酸序列如SEQID NO:85所示；或者所述APOBEC 3A片段包含突變Y132D和/或H29K，其氨基酸序列優(yōu)選如SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:90所示；
和/或，所述dPspCas13b片段的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示；
和/或，所述dCas13Rx片段的氨基酸序列如SEQ ID NO:91所示；
和/或，所述dPspCas13b片段位于所述APOBEC 3A片段的N端；
和/或，所述dCas13Rx片段位于所述APOBEC 3A片段的C端或插入所述APOBEC3A片段中間；例如將所述dCas13Rx片段的loop3位點、所述dCas13Rx片段的第178-192位、或所述dCas13Rx片段的第377-391位替換為所述APOBEC 3A片段；所述APOBEC 3A蛋白與所述dCas13Rx優(yōu)選通過接頭相連，所述接頭的序列優(yōu)選如SEQ ID NO:99所示；當(dāng)將所述dCas13Rx片段的loop3位點替換為所述APOBEC 3A片段時，所述dCas13Rx片段被分為第一dCas13Rx片段和第二dCas13Rx片段，所述第一dCas13Rx片段的氨基酸序列優(yōu)選如SEQ IDNO:3所示，所述第二dCas13Rx片段的氨基酸序列優(yōu)選如SEQ ID NO:4所示；
和/或，所述的融合蛋白還包括一個或多個NLS或其突變，例如包括兩個NLS或其突變；所述NLS例如為SV40 NLS和/或bpNLS；所述NLS或其突變的氨基酸序列優(yōu)選如SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6所示；所述NLS優(yōu)選位于所述融合蛋白的N端和/或C端、和/或插入所述融合蛋白的中間；
和/或，所述的融合蛋白還包括NES片段，例如HIV NES片段；
和/或，所述的融合蛋白用于堿基編輯，優(yōu)選用于C到U的堿基編輯；
較佳地：
所述融合蛋白自N端至C端依次包括NLS或其突變、dPspCas13b片段和APOBEC3A片段；
或者，所述融合蛋白自N端至C端依次包括NLS、dPspCas13b片段、APOBEC 3A片段、和NLS；
或者，所述融合蛋白自N端至C端依次包括NLS或其突變、dPspCas13b片段、HIV NES片段和APOBEC 3A片段；
或者，所述融合蛋白自N端至C端依次包括NLS、dPspCas13b片段、HIV NES片段、APOBEC3A片段和NLS；
或者，當(dāng)所述dCas13Rx片段插入所述APOBEC 3A片段中間時，所述dCas13Rx片段被分為第一dCas13Rx片段和第二dCas13Rx片段，所述融合蛋白自N端至C端依次包括NLS、第一dCas13Rx片段、NLS、APOBEC 3A片段、NLS、第二dCas13Rx片段、和NLS；
或者，當(dāng)所述dCas13Rx片段插入所述APOBEC 3A片段中間時，所述dCas13Rx片段被分為第一dCas13Rx片段和第二dCas13Rx片段，所述融合蛋白自N端至C端依次包括NLS、第一dCas13Rx片段、NLS、接頭、APOBEC 3A片段、接頭、NLS、第二dCas13Rx片段、和NLS；
或者，所述融合蛋白自N端至C端依次包括NLS、APOBEC 3A片段、接頭、dCas13Rx片段和NLS；
更佳地：
所述融合蛋白的氨基酸序列包括如SEQ ID NO:7-10、93-96任一項所示的氨基酸序列；編碼所述融合蛋白的核苷酸序列優(yōu)選如SEQ ID NO:17、20、25、28、31、34、48任一項所示。
3.一種分離的多核苷酸，其編碼如權(quán)利要求1或2所述的融合蛋白；
較佳地，其核苷酸序列如SEQ ID NO:17、20、25、28、31、34、48任一項所示。
4.一種構(gòu)建體，其含有如權(quán)利要求3所述的分離的多核苷酸。
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