[發明專利]一種研究雞lncRNA互作蛋白的方法

在審

• 申請號: 202010724879.X
• 申請日: 2020-07-24
• 公開（公告）號: CN111856033A
• 公開（公告）日: 2020-10-30
• 發明（設計）人: 李碧春;姜景譯;左其生;袁霞;丁穎
• 申請（專利權）人: 揚州大學
• 主分類號: G01N33/68
• 分類號: G01N33/68
• 代理公司: 揚州蘇中專利事務所(普通合伙) 32222
• 代理人: 沈志海

一種研究雞lncRNA互作蛋白的方法，屬于生物技術領域。通過設計并合成了LncPGCR的sense和antisense鏈來進行RNA?pull down，篩選出互作蛋白。進一步結合RIP實驗技術，對互作蛋白表達變化進行了探究，豐富了lncRNA與蛋白質互作的研究。本發明的方法簡單易行，思路清晰，操作可行性高，在普通研究室就能完成。實驗者兩個月就能完成。本發明將lncRNA與蛋白質互作的研究擴展到家禽領域，并準確定位到LncPGCR上，刷新了不同物種中lncRNA通過與蛋白質互作發揮功能的范疇。

技術領域

本發明涉及一種研究雞lncRNA互作蛋白的方法，屬于生物技術領域。

背景技術

目前越來越多的關于RNA結合蛋白(RBPs)靶標的知識正在將注意力轉移到非編碼RNA上，從參與翻譯機制及其調控的長的非編碼RNA(lncRNA)。lncRNA與RNA結合蛋白(RBP)的互相作用，豐富了lncRNA的調控網絡，隨著研究的深入，蛋白質與RNA相互作用在許多細胞過程中發揮著重要作用，必將超出我們現在建立的mRNA水平的作用形式，為我們詳細地了解生物學過程提供了基礎。

RNA通過與蛋白質的互作，參與調控細胞的結構與功能，進而參與生命活動。許多報道已經證明其在生物學過程中發揮著重要的作用，而當前對兩者互作主要的篩選技術是RNA-pull down分析。同時在正常蛋白質表達不易區分時，我們要利用蛋白質的生物學特性，例如蛋白質翻譯后修飾，而磷酸化修飾則是較為普遍的修飾方式。磷酸化修飾是一種普遍的生命活動調節方式，在很多生命活動過程中起重要調控作用。

發明內容

針對上述現有技術的不足，本發明旨在提供一種研究雞lncRNA互作蛋白的方法。

本發明的技術方案如下：

首先通過設計并合成了LncPGCR的sense和antisense鏈來進行RNA-pull down，篩選出互作蛋白。進一步結合RIP實驗技術，對互作蛋白表達變化進行了探究，豐富了lncRNA與蛋白質互作的研究。

本發明的有益效果如下：

本發明的方法簡單易行，思路清晰，操作可行性高，在普通研究室就能完成。實驗者兩個月就能完成。本發明將lncRNA與蛋白質互作的研究擴展到家禽領域，并準確定位到LncPGCR上，刷新了不同物種中lncRNA通過與蛋白質互作發揮功能的范疇。

具體實施方式

本發明中所需原材料(括號為廠商)：碘乙酸銨(IAM)、Trypsin酶、100％Ethanol,100％2-Propanol，Nuclease-free PBS均購自揚州必幫生物有限公司；RIP-Assay Kit購自(北京博爾邁生物技術有限公司)；DTT；Protein A+G Agarose購自上海碧云天生物技術有限公司；體外轉錄試劑盒購自Ambion公司、RNA pull-down試劑盒購自Thermo公司；PCR用試劑primer(RF)來自生工生物工程(上海)有限公司；

本發明具體步驟為：

1.獲取LncPGCR的RNA

將LncPGCR序列由武漢金開瑞生物工程有限公司基因部合成，再設計sense鏈和antisense鏈。體外擴增LncPGCR的sense和antisense鏈，以得到體外轉錄的DNA模板。用Ambion的體外轉錄試劑盒Maxiscript T7進行體外轉錄，獲取LncPGCR的RNA。

2.RNA pull-down吸附與LncPGCR的RNA相互作用的蛋白質

A、目的RNA的探針標記：

表1反應體系

Reaction system