[發明專利]用于確定對蛋白質的功能的影響的方法和系統

有效

• 申請號: 202010586852.9
• 申請日: 2014-08-19
• 公開（公告）號: CN111710434B
• 公開（公告）日: 2021-10-26
• 發明（設計）人: 金周漢;白水蓮;李秀娟
• 申請（專利權）人: 塞弗歐米公司
• 主分類號: G16H70/40
• 分類號: G16H70/40;G16B20/20
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

1.一種基于受試者的個人基因組序列信息確定對蛋白質的功能的影響的計算機實施的方法，其包括以下步驟：

通過評估系統，通過使用個人基因組序列信息確定編碼所述蛋白質的基因的基因序列變異信息；

通過所述評估系統，利用數學式2計算與所述蛋白質相關的個人蛋白質損傷分數，其中數學式2為：

其中S_g為基因g編碼的蛋白質的蛋白質損傷分數，n為所述基因g的序列變異中靶序列變異的數，v_i為第i個基因序列變異的基因序列變異分數，w_i為賦予所述第i個基因序列變異的基因序列變異分數v_i的加權值；以及

通過所述評估系統，基于個人蛋白質損傷分數確定對蛋白質的功能的影響。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述基因序列變異信息包括利用選自以下的一種或多種算法計算的基因序列變異分數：點突變預測(SIFT,Sorting Intolerant FromTolerant)、多態性表型(PolyPhen,Polymorphism Phenotyping)、多態性表型-2(PolyPhen-2)、蛋白質多態性分析(MAPP,Multivariate Analysis of ProteinPolymorphism)、比率(Logre,Log R Pfam E-value)、基因突變技術(Mutation Assessor)、基因突變檢測(MutationTaster)、基因突變檢測2(MutationTaster2)、蛋白質的別構效應(PROVEAN,Protein Variation Effect Analyzer)、壓電式超聲換能器(PMut)、Condel、基因組進化速率評測(GERP,Genomic Evolutionary Rate Profiling)、基因組進化速率評測++(GERP++)、組合優化(CEO,Combinatorial Entropy Optimization)、單核苷酸多態性效應(SNPeffect)、測量(fathmm)及全基因組中快速鑒別致病突變(CADD,CombinedAnnotation-Dependent Depletion)。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其中基因序列變異信息包括兩個或更多個基因序列變異分數，并且蛋白質損傷分數被計算為所述兩個或更多個基因序列變異分數的平均值。

4.根據權利要求3所述的方法，其中所述平均值通過選自以下的一種或多種來計算：幾何平均、算術平均、調和平均、算數幾何平均、算數調和平均、幾何調和平均、畢達哥拉斯平均、海倫平均、反調和平均、均方根偏差、重心平均、四分平均、二次平均、切尾平均、縮尾平均、加權平均、加權幾何平均、加權算術平均、加權調和平均、函數的平均、冪平均、廣義f-平均、百分位數、最大值、最小值、眾數、中位數、中央范圍、集中趨勢的度量、單純乘積或加權乘積。

5.根據權利要求1所述的方法，其中所述基因序列變異信息通過與參照組的基因組序列的比較分析來確定。

6.根據權利要求1所述的方法，其中通過分配考慮蛋白質的類別，蛋白質的藥效學或藥動學或個體的人群而確定的權重值來計算個人蛋白質損傷分數。

7.根據權利要求1所述的方法，還包括以下步驟：通過所述評估系統，基于對所述蛋白質的功能的影響，預測藥物對所述受試者的作用，其中所述蛋白質與所述藥物的藥效學或藥動學有關。

8.根據權利要求7所述的方法，其中所述蛋白質是靶、酶、載體或轉運體蛋白質。

9.根據權利要求7所述的方法，其中所述藥物是蛋白質的抑制劑。

10.根據權利要求7所述的方法，其中所述藥物是利伐沙班，并且所述蛋白質是因子10。

11.根據權利要求7所述的方法，其中藥物對所述受試者的作用包括：對個體的治療效果或副作用。