[發(fā)明專利]一種整合多組學數(shù)據(jù)提取微衛(wèi)星不穩(wěn)定免疫治療新抗原的方法和應用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010427503.2
• 申請日: 2020-05-20
• 公開（公告）號: CN111599410B
• 公開（公告）日: 2023-06-13
• 發(fā)明（設計）人: 萬季;汪健;徐韻婉;潘有東;王弈;宋麒
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳市新合生物醫(yī)療科技有限公司
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B40/00
• 代理公司: 北京冠和權(quán)律師事務所 11399
• 代理人: 安琪

1.一種整合多組學數(shù)據(jù)提取微衛(wèi)星不穩(wěn)定免疫治療新抗原的方法，包括以下步驟：

S1，通過整合患者DNA和RNA的測序數(shù)據(jù)，檢測出患者的MSI；

S2，對檢測到的MSI所影響的開放閱讀框進行翻譯，得到MSI蛋白質(zhì)組；

S3，通過與人類正常蛋白組比較，獲取樣本特異蛋白質(zhì)組；

S4，獲取樣本新抗原；

所述S1，包括以下步驟：

S101，從tumor-normal配對的DNA測序數(shù)據(jù)中獲取候選的MSI；

S102，利用該患者的RNA測序數(shù)據(jù)對S101得到的MSI進行驗證，得到驗證之后的MSI；

所述S2，包括以下步驟：

S201，對經(jīng)RNA數(shù)據(jù)驗證之后的MSI序列進行閱讀框翻譯，獲取MSI蛋白質(zhì)序列，即MSI蛋白質(zhì)組；

S202，將MSI蛋白質(zhì)片段化處理；

所述S3中，在人類正常蛋白組中查找片段化處理之后得到的所有肽段，濾除在人類正常蛋白組中出現(xiàn)的肽段，得到全新的候選抗原肽；

所述S4，包括以下步驟：

S401，利用S1中DNA預處理之后得到的BAM文件，對該樣本的人類白細胞抗原進行基因分型；

S402，預測S3中得到的所有全新的候選抗原肽與樣本特異的HLA分子的親和力；

S403，基于肽段整合信息篩選樣本新抗原。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述S101包括以下步驟：

S1011，對Tumor和Normal的測序數(shù)據(jù)進行預處理，包括：濾除低質(zhì)量低的reads，比對，去除PCR重復步驟；

S1012，利用Tumor和Normal的預處理之后的bam作為輸入，使用MSI檢測工具檢測出患者的腫瘤MSI。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述S102包括以下步驟：

S1021，對RNA測序數(shù)據(jù)進行預處理，包括去除低質(zhì)量的reads，去除adapter，比對步驟；

S1022，結(jié)合上一步的RNA比對結(jié)果，對S101中的檢測結(jié)果進行一一驗證，得到驗證后的MSI突變。

4.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述S403，用不同的指標以相應的權(quán)重對候選新抗原進行排序篩選，得到最終的腫瘤特異MSI新抗原。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，具體的指標選自肽段與HLA親和力、RNA測序中包含MSI的轉(zhuǎn)錄本的表達量、以及正常轉(zhuǎn)錄本的表達量、DNA測序的Tumor和Normal兩個樣本中支持MSI的reads數(shù)目、肽段的物理化學性質(zhì)中的一種或多種。

6.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一所述的方法在整合多組學數(shù)據(jù)提取微衛(wèi)星不穩(wěn)定免疫治療新抗原中的應用。