[發明專利]在樣品清理中再利用珠粒

在審

• 申請號: 202110143612.6
• 申請日: 2021-02-02
• 公開（公告）號: CN113278606A
• 公開（公告）日: 2021-08-20
• 發明（設計）人: D·A·阿莫雷塞
• 申請（專利權）人: 帝肯基因組學公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12Q1/6806
• 代理公司: 北京律盟知識產權代理有限責任公司 11287
• 代理人: 蔣林清

本申請涉及在樣品清理中再利用珠粒。本發明提供了通過使用表面活性劑而在不損失結合能力的情況下再利用珠粒和其它固體載體來分別捕獲RNA和DNA的方法。

技術領域

本發明涉及捕獲核酸的方法。

背景技術

DNA和RNA鑒定和分析的方法已變得司空見慣。在分析之前，必須經常從制備核酸的復雜混合物中分離或捕獲核酸。例如，分離mRNA是基因表達和基因調節分析中的重要步驟，且可在早期疾病檢測和藥物開發中具有不可估量的價值。

用于DNA和RNA捕獲的常用方法使用磁性固體載體，例如磁珠。這些方法通過在珠粒表面使用一或多種配體將DNA或RNA結合到珠粒上?？色@得多種對特定顆粒具有親和力的配體。例如，經常使用涂布有對在mRNA分子一端處的腺苷(poly(A)+尾)均聚物具有親和力的配體的珠粒來捕獲mRNA。一種這樣的用于mRNA捕獲的珠粒涂布有脫氧胸苷(oligo dT)的均聚物。一旦將mRNA捕獲在磁珠上，便可收集珠粒，可去除未結合的物質，可釋放mRNA，可從RNA合成cDNA，且接著可分析cDNA。

不幸的是，一旦用于捕獲特定核酸，固體載體可能會隨著時間的流逝而開始顯著喪失其結合能力。因此，一旦mRNA被捕獲、釋放且合成了cDNA，接著便必須使用一組新的珠粒來捕獲cDNA。以這種方式使用兩組不同的珠粒會限制RNA和DNA分析的自動化，且極大地增加與早期疾病檢測和藥物開發相關的成本。這使數百萬罹患可治療疾病的人們無法獲得適當的治療。

發明內容

本發明提供在不顯著損失結合能力的情況下再利用珠粒和其它固體載體來捕獲RNA和DNA的方法。這允許將單組珠粒重復用于捕獲RNA和DNA，且允許簡化RNA和DNA分析的自動化。這極大地降低了與RNA和DNA分析、疾病早期檢測和藥物開發相關的成本，從而確?？蓪⒋祟惙治鲇糜谕苿又委熯x擇。

本發明通過使用表面活性劑實現了珠粒和固體載體的再利用。例如，可如下地使用單一固體載體來捕獲RNA和DNA：通過首先在涂布有oligo dT的固體載體上捕獲RNA，接著可釋放捕獲的RNA，且接著在表面活性劑存在下在固體載體上捕獲DNA，而不損失結合能力。表面活性劑可為十二烷基硫酸鈉(SDS)。有利地，使用的固體載體可為珠粒，例如磁珠。

本發明的特定優勢為其在mRNA測序中的用途。例如，一旦捕獲了mRNA，接著便可釋放捕獲的RNA，且從釋放的RNA合成cDNA。接著可利用相同的珠粒來捕獲從RNA合成的cDNA。接著可例如通過測序來分析捕獲的DNA。使用單組珠粒允許通過裝置自動執行核酸分析，而無需持續的用戶輸入。

附圖說明

圖1圖示了再利用珠粒以捕獲RNA和DNA的方法。

圖2圖示了再利用珠粒以捕獲RNA和合成的cDNA的方法。

具體實施方式

本發明提供了通過使用表面活性劑而在不損失結合能力的情況下再利用珠粒和其它固體載體來分別捕獲RNA和DNA的方法。對用于核酸選擇和/或清理應用的功能化珠粒和其對應緩沖液進行表面處理，以發揮特定作用。在多步酶促工藝中，通常的做法是改變緩沖液和反應組分，以專門滿足不同酶的需求。這通常是通過將核酸與固體載體結合且去除未結合的組分來完成的。磁珠是最常見的載體，其中一種這樣的珠粒涂布有脫氧胸苷(oligo dT)的均聚物。此珠粒用于捕獲在一端具有腺苷(poly A尾)均聚物的信使RNA分子(mRNA)?？蓪⒑怂峤Y合，收集珠粒，去除含有未結合物質的溶液，且將核酸再懸浮于新鮮溶液中。

在本發明中，通過使用表面活性劑，這些珠粒最初用于捕獲且富集RNA(例如mRNA)，且接著在不同溶液中重整以用于通用DNA結合。可將表面活性劑提供至含有RNA和/或DNA的樣品中的固體載體。