[發明專利]基于NGS的微小殘留病變自動化測序分析方法及裝置

有效

• 申請號: 202010168265.8
• 申請日: 2020-03-12
• 公開（公告）號: CN111261226B
• 公開（公告）日: 2020-10-27
• 發明（設計）人: 鄧望龍;吳增丁;馬圣;肖念清;任用
• 申請（專利權）人: 江蘇先聲醫學診斷有限公司;南京先聲醫學檢驗有限公司;江蘇先聲醫療器械有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16B30/10;G16B30/20;G16B50/00;G06K9/62
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種基于NGS的微小殘留病變自動化測序分析方法，其特征在于：所述方法包括：初診生信分析和復診生信分析，所述初診生信分析步驟包括：

1)序列質控，獲得序列集1，所述序列質控采用fastp v0.19.3，具體參數設置如下：

a)length_required＝30，低于該設置長度的reads被過濾掉；

b)poly_x_min_len＝8，去掉尾端homopolymer X序列；

c)n_base_limit＝15，去掉雙端reads大于15個N堿基的序列；

d)cut_window_size＝8，設置滑動窗口大小為8；

e)cut_mean_quality＝20，設置滑動窗口平均堿基質量為20；

2)序列拼接，獲得序列集2，序列拼接采用flash v1.2.11，具體參數設置如下：

a)min-overlap＝10，兩端reads最小overlap的堿基數；

b)max-overlap＝300，兩端reads最大overlap的堿基數；

c)max-mismatch-density＝0.25，兩端reads允許錯配的比例；

3)序列聚類，獲得序列集3，所述3)序列聚類采用cd-hit v4.7具體參數設置如下：

a)identity＝1，短序列與長序列的一致性閾值；

b)coverage-s＝0.9，短序列長度與長序列長度比值最小值；

c)coverage-aL＝0.9，匹配區間長度與長序列長度比值；

d)coverage-aS＝0.9，匹配區間長度與短序列長度比值；

進一步采用blast v2.7.1+在IGHV和IGHJ參考數據庫中進行比對，若比對成功，則提取出代表序列的CDR3區域；基于提取的代表序列CDR3區域對序列集3’進行二次聚類，將含有相同CDR3類聚到一起，得到聚類序列集3；

4)優勢克隆確定，所述4)優勢克隆確定步驟為統計每類中含有的序列數，計算每種CDR3的占比，將占比大于5％的CDR3作為優勢克隆；

所述復診生信分析步驟包括：

5)序列質控，采用fastp v0.19.3，具體參數設置如下：

a)length_required＝30，低于該設置長度的reads被過濾掉；

b)poly_x_min_len＝8，去掉尾端homopolymer X序列；

c)n_base_limit＝15，去掉雙端reads大于15個N堿基的序列；

d)cut_window_size＝8，設置滑動窗口大小為8；

e)cut_mean_quality＝20，設置滑動窗口平均堿基質量為20；

6)序列拼接，采用flash v1.2.11，具體參數設置如下：

a)min-overlap＝10，兩端reads最小overlap的堿基數；

b)max-overlap＝300，兩端reads最大overlap的堿基數；

c)max-mismatch-density＝0.25，兩端reads允許錯配的比例；

7)復診定量，具體為：

基于Blast進行對步驟6獲得的序列集進行序列比對，計算復診定量結果，公式如下所示：

其中，b為建庫過程中投入質粒的序列數，m為內參CDR3檢測到的質粒序列數，a為最開始投入建庫的DNA量，n為基于Blast進行對步驟6獲得的序列集進行序列比對所計算的數據中初診優勢CDR3數量。