[發明專利]一種SSR標記確定水稻混合間栽品種間遺傳分化的方法

有效

• 申請號: 202010144714.5
• 申請日: 2020-03-04
• 公開（公告）號: CN111719011B
• 公開（公告）日: 2023-04-25
• 發明（設計）人: 韓光煜;王哲;張文龍;王云月;李勇成;羅瓊;楊楠;蘇正亮
• 申請（專利權）人: 云南農業大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;C12Q1/6858
• 代理公司: 昆明金科智誠知識產權代理事務所(普通合伙) 53216
• 代理人: 胡亞蘭

本發明涉及一種SSR標記確定水稻混合間栽品種間遺傳分化的方法，屬于分子標記技術領域；包括：待測水稻提取總DNA，使用48對SSR特異引物擴增，毛細管電泳方法分離PCR產物并讀取其分子量，利用數據化處理SSR分子指紋，根據遺傳分化公式來計算遺傳分化指數(genetic?divergence?index，GDI)；隨著遺傳分化指數GDI增大，多樣性混合間栽種植中，品種搭配組合整體對稻瘟病防治效果越好。本發明使用微量的DNA樣品就可快速準確鑒定品種之間的遺傳分化水平，預測多樣性混合間栽組配品種對稻瘟病的控制效果，在多樣性混合間栽種植中品種的搭配選擇的研究中具有重要的意義。

技術領域

本發明涉及分子標記技術領域，更具體的涉及一種SSR標記確定水稻混合間栽品種間遺傳分化的方法。

背景技術

稻瘟病是威脅水稻生產的主要病害之一，是制約水稻高產和穩產的重要因素。隨著水稻機械化及高產品種的大面積推廣，使得水稻品種大面積長期單一種植，導致稻瘟病菌不斷產生變異以及優勢小種的快速出現和增殖，造成水稻稻瘟病的發生日趨嚴重，流行周期越來越短，最終致使推廣水稻品種的稻瘟病抗性迅速下降，農藥和化肥的大量使用，造成農田生態系統的脆弱和退化，更為嚴重的會造成生物多樣性喪失和生態環境惡化等一系列問題，因此，利用水稻多樣性混合間栽技術控制稻瘟病發生成為關鍵。水稻品種多樣性混合間栽提供了一種生態的稻瘟病控制方法，不但是控制稻瘟病的有效手段，而且減少了農藥的施用，達到促進了水稻可持續生產的目的。但在實際生產中，需要先對大量的水稻品種組合進行篩選。傳統的品種組合篩選方法是選擇稻瘟病生理小種抗性、遺傳背景、株高等差異大的品種進行品種搭配，再通過田間試驗確定組合的田間防治效果。因此，傳統方法往往效率不高，前期進行大量田間試驗工作，費時費力。

發明內容

為解決上述問題，本發明提供了一種簡單，穩定確定水稻混合間栽品種組合的方法，通過計算水稻品種之間的遺傳分化指數，預測相關品種組合在田間稻瘟病防治效果，減少篩選組合時所需大量時間。

為達到上述目的，本發明的技術方案提出的一種SSR標記確定水稻混合間栽品種間遺傳分化特異性引物對是平均分布于水稻12條染色體上的48個SSR位點，共48對，具體如表1所示：

表1?SSR引物序列表

以上序列依次記為：SEQ?ID?NO.1-SEQ?ID?NO.48

一種SSR標記確定水稻混合間栽品種間遺傳分化的方法，具體步驟包括：

(1)提取水稻基因組DNA；

(2)檢測步驟(1)提取的水稻基因組DNA濃度：采用溴化乙錠熒光染色法檢測基因組DNA濃度；

(3)采用如權利要求1所述的48對特異引物，對提取的水稻基因組DNA樣品進行PCR擴增；

(4)利用毛細管電泳方法分離PCR產物，讀取其分子量；

(5)遺傳分化指數的計算：利用數據化的處理SSR分子指紋來計算遺傳分化指數，混種間栽品水稻品種對的種遺傳分化指數的計算公式如下：

其中A_i1和A_i2代表A樣品等位基因在第i個SSR位點上的多態性賦值(0～n)，B_i1和B_i2代表B樣品等位基因在第i個SSR位點上的多態性賦值(0～n)，Max_i為第i個SSR位點上包含所有等位基因多態性條帶賦值的最大值(n)，N代表SSR引物對的總數(目前為48)；

(6)直線回歸分析：利用統計學上的線性相關分析方法，GDI與其稻瘟病防治的相關參數的效應值進行相關性分析。

進一步的，所述步驟(1)具體為：