[發(fā)明專利]一種與達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010144474.9
• 申請日: 2020-03-04
• 公開（公告）號: CN113355428B
• 公開（公告）日: 2022-07-08
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 唐中林;劉磊;易國強(qiáng);王斌虎
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達(dá)知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11426
• 代理人: 劉冬梅;范國鋒

本發(fā)明公開了一種與達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP位點(diǎn)，該SNP位點(diǎn)位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193處，具有C/T多態(tài)性，該位點(diǎn)處基因型為TT的豬，相較于基因型為TC和CC的豬，具有較低的達(dá)100kg體重日齡。本發(fā)明提供的與達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP位點(diǎn)，對解釋豬生長速率和肌肉發(fā)育等性狀的分子機(jī)制有著至關(guān)重要的作用。在豬生長性狀的早期選育過程中，可以通過鑒定該SNP位點(diǎn)的不同等位基因來篩選達(dá)100kg體重日齡低的豬種。本發(fā)明提供的鑒定或輔助鑒定豬達(dá)100kg體重日齡的方法，操作簡單快捷，鑒定準(zhǔn)確，可以用于豬生長性狀的早期選育，縮短了育種周期，提高了育種效率。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子遺傳學(xué)中的遺傳標(biāo)記檢測技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種與豬達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用方法。

背景技術(shù)

豬肉是現(xiàn)代人類主要的肉食產(chǎn)品之一，我國豬肉消費(fèi)量約占全球消費(fèi)的一半以上。豬生長性能高低的評價主要包括背膘厚度、眼肌面積和達(dá)100kg體重日齡等生長性狀指標(biāo)，其中，達(dá)100kg體重日齡是反映肌肉生長的重要指標(biāo)。

達(dá)100kg體重日齡是指豬體重達(dá)到100kg時的日齡，可以反映豬個體的生長速度。對于豬達(dá)100kg體重日齡，目前除了在性染色體上沒有找到相關(guān)位點(diǎn)外，其余的常染色體上都發(fā)現(xiàn)了與其相關(guān)的QTL區(qū)域。但是大部分報道的QTL置信區(qū)間比較大，很難通過QTL圖譜鑒定到影響達(dá)100kg體重日齡的候選基因。

全基因組關(guān)聯(lián)分析是鑒定表型和基因型之間遺傳聯(lián)系的主要手段，可以發(fā)現(xiàn)影響不同生產(chǎn)性狀的SNPs(單核苷酸多態(tài)性)。但是，目前缺少功能明確、效應(yīng)顯著且可直接用于育種的與豬達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記。

因此，發(fā)掘與豬達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用方法，對豬生產(chǎn)和育種具有重要意義。

發(fā)明內(nèi)容

為了克服上述問題，本發(fā)明人進(jìn)行了銳意研究，采用全基因關(guān)聯(lián)分析的方法，挖掘得到與豬達(dá)100kg體重日齡相關(guān)的SNP位點(diǎn)，該SNP位點(diǎn)位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193處，具有C/T多態(tài)性，該位點(diǎn)處基因型為TT的豬，相較于基因型為TC和CC的豬，具有較低的達(dá)100kg體重日齡，該SNP標(biāo)記對解釋豬生長速率和肌肉發(fā)育等性狀的分子機(jī)制有著至關(guān)重要的作用。在豬生長性狀的早期選育過程中，可以通過鑒定該SNP位點(diǎn)的不同等位基因來篩選達(dá)100kg體重日齡低的豬種，縮短了育種周期，加速了改良進(jìn)程，對豬生產(chǎn)和育種具有重要意義，從而完成了本發(fā)明。

具體來說，本發(fā)明的目的在于提供以下方面：

本發(fā)明提供了一種與豬達(dá)100kg體重日齡顯著相關(guān)的SNP標(biāo)記，其中，所述標(biāo)記位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193處。

其中，所述位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193處的SNP標(biāo)記具有C/T多態(tài)性。

其中，所述位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193處的SNP位點(diǎn)的基因型為TT的豬，相較于基因型為TC和CC的豬，具有較低的達(dá)100kg體重日齡。

本發(fā)明還提供了一種鑒定或者輔助鑒定豬達(dá)100kg體重日齡的方法，其中，所述方法包括檢測豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr17：47,632,193處的核苷酸類型，并確定待測豬基因型的步驟。

其中，所述確定待測豬的基因型的方法可以采用直接測序或先擴(kuò)增含所述SNP標(biāo)記的核苷酸片段再檢測的方式進(jìn)行。

本發(fā)明還提供了一種第一方面所述的SNP標(biāo)記在篩選達(dá)100kg體重日齡低的豬群體方面的應(yīng)用。

其中，所述應(yīng)用包括以下步驟：

步驟I，提取待測豬的基因組DNA；