[發明專利]與大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種鑒定相關的SNP標記及其應用

有效

• 申請號: 202010065650.X
• 申請日: 2020-01-20
• 公開（公告）號: CN111073983B
• 公開（公告）日: 2020-11-24
• 發明（設計）人: 李勝杰;杜金星;姜鵬;白俊杰;韓林強;梁健輝
• 申請（專利權）人: 中國水產科學研究院珠江水產研究所;廣東梁氏水產種業有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/12
• 代理公司: 廣州嘉權專利商標事務所有限公司 44205
• 代理人: 許飛

本發明公開了一種與大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種鑒定相關的SNP標記及其應用，本發明SNP標記由位于大口黑鱸NCCRP?1基因的基因組序列SEQ ID NO:1的第202位的SNP位點，以及第76位和第132?133位堿基處的插入缺失突變位點組成，這三個位點完全連鎖。利用本發明的SNP位點，具有目的性強、準確度高的優點，且操作簡單、檢測快速，便于廣泛推廣使用，快速對大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種進行鑒定，為原種保留、種質提高提供可靠依據。

技術領域

本發明屬于分子生物技術領域，具體涉及一種與大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種鑒定相關的SNP標記及其應用。

背景技術

大口黑鱸(Micropterus Salmoides L.)，俗名加州鱸，原產于北美洲的淡水湖泊和河流，具有無肌間刺、肉質鮮美、生長迅速、養殖周期短等優點，是重要的淡水養殖魚類之一。在其原產地，大口黑鱸主要由兩個亞種組成，包括分布在美國佛羅里達半島的大口黑鱸佛羅里達亞種(Micropterus Floridanus)和分布遍及美國中部及東部地區、墨西哥東北部地區以及加拿大東南部地區的大口黑鱸北方亞種(Micropterus Salmoides)。20世紀70年代末，我國第一次引進大口黑鱸，隨著時間的發展，現全國大部分地區均有養殖。2010年，中國水產科學研究院珠江水產研究所重新又從美國引進了大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種，兩個亞種均具備良好的生產性能。但這兩個亞種的外部形態非常相似，很難從外形上進行區分鑒別，加之兩個亞種之間存在自然雜交繁殖，產生雜交子代，增加了大口黑鱸種質的區分鑒別難度。如何準確的對大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種進行鑒定，是開展大口黑鱸種質資源研究和保障養殖生產的關鍵。

現有技術中，難從外部形態學上不能有效準確地區分鑒別不同大口黑鱸群體的分類地位和種質來源，因此目前大口黑鱸兩個亞種的鑒定多通過分子生物學的手段進行。早期關于大口黑鱸亞種鑒定的研究多集中在RFLP、RAPD、同工酶特異位點以及微衛星分子標記上，白俊杰等通過微衛星分子標記對我國大口養殖的黑鱸的分類地位進行了鑒定，結果認為我國養殖的大口黑鱸應為北方亞種。

近些年，SNP分子標記日益成為遺傳育種研究中首選的遺傳標記，將SNP分子標記與大口黑鱸亞種鑒定相結合，可快速準確的對大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種進行鑒定，為大口黑鱸原種保留，種間雜交，種質提純復壯提供相關的可靠依據。

發明內容

根據現有問題，本發明目的在于提供一種與大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種鑒定相關的SNP標記及其應用，該分子標記可以作為大口黑鱸亞種鑒定的可靠標記，便于進行大口黑鱸亞種鑒定，為大口黑鱸原種保留，種間雜交，種質提純復壯提供可靠依據。

本發明所采取的技術方案是：

本發明的第一方面，提供了大口黑鱸NCCRP-1基因組序列如SE1ID NO:1，

第76位突變為A或者堿基缺失，

第132-133位突變為AA或者堿基缺失，

第202位K為堿基G或T。

本發明的第二方面，提供了大口黑鱸物種鑒定相關的SNP位點或插入缺失突變位點，所述SNP位點位于NCCRP-1基因的基因組序列SEQ ID NO:1所示的第202位，所述插入缺失突變位點位于SEQ ID NO:1所示的第76位和第132-133位。

本發明的第三方面，提供了上述所述SNP位點或插入缺失突變位點在鑒定大口黑鱸種類中的應用。

根據本發明的實施例，所述大口黑鱸種類為大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種。

本發明的第四方面，提供了一種鑒定大口黑鱸北方亞種和佛羅里達亞種的方法，包括以下步驟：