[發明專利]識別血液中基因異常的方法及系統

在審

• 申請號: 201980071102.3
• 申請日: 2019-09-03
• 公開（公告）號: CN113056563A
• 公開（公告）日: 2021-06-29
• 發明（設計）人: 諾姆·舒姆隆;湯姆·拉比諾維茨
• 申請（專利權）人: 拉莫特特拉維夫大學有限公司
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827;C12Q1/6883
• 代理公司: 上海翼勝專利商標事務所(普通合伙) 31218
• 代理人: 翟羽

1.一種胎兒基因分型的方法，其特征在于：所述胎兒基因分型的方法包括以下步驟：

接收與一胎兒成對配對的母源性基因組DNA數據、母源性細胞游離DNA數據以及父源性基因組DNA數據；

分析所述數據，以識別出一第一套的多個位點以及一第二套的多個位點，在所述第一套的多個位點，所述父母的多個不同的等位基因是純合子的，在所述第二套的多個位點，所述父母中的至少一者具有一突變；

對于所述第一套的每個位點，決定所述母源性細胞游離DNA數據的一相應部分是從所述胎兒中獲得的一概率；及

根據所述多個概率將所述第二套的每個位點分類為胎兒或母體，以對所述胎兒進行基因分型。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述分析的步驟包括：在覆蓋所述第一套的多個位點的多個讀段中，識別一第一組的多個讀段及一第二組的多個讀段，所述第一組的多個讀段僅包括表示多個父源性等位基因的多個讀段，但不包括其他讀段，所述第二組的多個讀段包括所有其他的讀段，并且其中所述決定所述概率的步驟是基于所述第一組中的多個讀段與所述第二組中的多個讀段之間的多個差異。

3.根據權利要求1及2任一項所述的方法，其特征在于：所述決定所述概率的步驟是基于至少一個序列比對圖譜參數。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于：所述序列比對圖譜參數是選自于由觀察的模板長度、與長度相關的胎兒分數、緊密異質間隙比對報告字串、配對段的CIGAR字符串、核苷酸序列、配對段的核苷酸序列、指示是否為一成對的讀段的讀段比對標記、指示是否一讀段映射正確成對的讀段比對標記、指示是否為一未映射的讀段的讀段比對標記、指示是否為一未映射的配對段的讀段比對標記、指示是否為所述反向鏈上的一讀段的讀段比對標記、指示是否為在所述反向鏈的一配對段的讀段比對標記、指示是否為第一個成對的一讀段的讀段比對標記、指示是否為第二個成對的一讀段的讀段比對標記、指示是否為非一主要比對的一讀段的讀段比對標記、指示是否為一平臺及/或一供應商質量檢查不及格的一讀段的讀段比對標記、指示是否為一PCR或光學重復的一讀段的讀段比對標記、指示是否為一補充比對的一讀段、配對段的標記、映射質量、配對段的映射質量、染色體的多個基因組坐標、染色體上絕對起始位置的多個基因組坐標、染色體上絕對末端位置的多個基因組坐標、按染色體長度標準化的起始位置的多個基因組坐標、按染色體長度標準化的末端位置的多個基因組坐標、配對段的多個基因組坐標、G及C核苷酸的數目除以讀段長度、多個G及C核苷酸的數目除以配對段的讀段序列中的讀段長度、在所述讀段的一核苷酸序列中的A及/或C及/或G及/或T核苷酸的比率、在所述配對段的所述核苷酸序列中的A及/或C及/或G及/或T核苷酸的比率、有關所述讀段或所述讀段的配對段起源的一變異的信息、包括表A.1中出現的至少一特征、所述核苷酸序列中的Kmer的組成、所述配偶的核苷酸序列中的多個Kmer的組成、核苷酸質量序列、配對段的核苷酸質量序列、核苷酸質量序列的平均值及/或標準差及/或中位數、核苷酸質量序列的平均值及/或標準差及/或中位數、所述核苷酸質量序列中的Kmer組成、所述配對段的核苷酸質量序列中的Kmer組成、多個甲基化核苷酸的數目除以讀取長度以及多個特定位置的甲基化所組成的群組。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述決定所述概率的步驟至少是基于一觀察的模板長度。

6.根據權利要求2至4任一項所述的方法，其特征在于：所述決定所述概率的步驟至少是基于一觀察的模板長度。

7.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述決定所述概率的步驟至少是基于與一長度有關的胎兒分數。

8.根據權利要求2至6任一項所述的方法，其特征在于：所述決定所述概率的步驟至少是基于與一長度有關的胎兒分數。

9.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述決定所述概率的步驟至少是基于一緊密異質間隙比對報告字符串。