[發明專利]工程化長散在元件(LINE)轉座子及其使用方法

在審

• 申請號: 201980069027.7
• 申請日: 2019-10-21
• 公開（公告）號: CN112912497A
• 公開（公告）日: 2021-06-04
• 發明（設計）人: 肖恩·克里斯滕森
• 申請（專利權）人: 德克薩斯州大學系統董事會
• 主分類號: C12N9/22
• 分類號: C12N9/22;C12N15/90
• 代理公司: 中科專利商標代理有限責任公司 11021
• 代理人: 柴云峰;張瑩

提供了工程化轉座子及其使用方法。轉座子通常包括RNA成分和蛋白質成分。RNA成分可包括例如DNA靶向序列，一個或多個蛋白質結合基序以及待整合到靶DNA中的目標核酸序列。蛋白質成分通常衍生自RLE LINE元件蛋白質，并且可以包括DNA結合結構域、RNA結合結構域、逆轉錄酶、接頭結構域和內切核酸酶。還提供了用于將核酸序列引入細胞基因組中的藥物組合物和使用方法。

相關申請的交叉引用

本申請要求于2018年10月19日提交的美國專利申請U.S.S.N.62/748,227的權益和優先權，通過引用將其全部內容納入本文。

關于聯邦政府贊助的研究的聲明

本發明是在國家科學基金會資助的基金0950983的政府支持下完成的。政府擁有本發明的某些權利。

序列表的引用

序列表以名稱為“UTSB_18_47_PCT_ST25.txt”的文本文件的形式提交，其大小為17,183字節，在此根據37 C.F.R.§1.52(e)(5)通過引用納入本文。

技術領域

大體來說，本發明涉及用于基因組修飾的組合物和方法。

背景技術

基因組編輯技術具有治療多種疾病和病癥的潛力，所述疾病和病癥包括但不限于癌癥，遺傳病癥和HIV/AIDS。體細胞的基因組編輯是治療開發的有前途的領域，復雜的酶編輯工具CRISPR-Cas9已被用于從人胚胎的種系中消除人β-球蛋白(HBB)基因(Otieno，(2015)，J Clin Res Bioeth 6：253.doi：10.4172/2155-9627.1000253)。但是，從歷史上看，基因編輯技術的臨床應用受到多種因素的限制，其中包括編輯事件的頻率低、脫靶事件高或其組合。

因此，本發明的目的是提供用于基因遞送和基因編輯的改進的組合物和方法。

發明簡述

提供了工程化轉座子及其使用方法。轉座子通常包括RNA成分和蛋白質成分。RNA成分可以包括例如DNA靶向序列、一個或多個蛋白質結合基序以及待整合在DNA靶位點上的目標核酸序列。通常將DNA靶向序列、蛋白質結合基序和目標序列可操作地連接，以使它們可以與衍生自限制樣內切核酸酶長散在(RLE LINE)元件蛋白質的蛋白質成分結合并被逆轉錄，從而獲得的cDNA可以在DNA靶位點整合到DNA中，例如在細胞基因組中的DNA。目標序列可以編碼例如基因或其片段或功能性核酸。

參與結合蛋白質、蛋白質結合基序(PMB)的RNA區段通常與蛋白質成分的RNA結合結構域(結構域-1)、逆轉錄酶、接頭結構域、內切核酸酶或其組合結合。

RNA成分可以包括來自或衍生自親本LINE或SINE骨架的元件，并且RNA成分的目標核酸序列通常與LINE或SINE異源。在典型的實施方案中，DNA靶向序列與親本LINE或SINE是異源的。RNA成分可以包括例如來自或衍生自親本LINE或SINE元件的3'PBM序列，CRISPR/Cas示蹤序列、CRISPR/Cas引導序列或其組合，來自或衍生自親本LINE或SINE元件的5'PBM序列，優選其中任何IRES序列都是無功能的，核酶如丁型肝炎病毒樣核酶，或其任何組合。