[發明專利]從腫瘤樣品中檢測突變負荷的方法在審
| 申請號： | 201980056780.2 | 申請日： | 2019-08-26 |
| 公開（公告）號： | CN112639984A | 公開（公告）日： | 2021-04-09 |
| 發明（設計）人： | R·查達瑞;F·海蘭德 | 申請（專利權）人： | 生命科技股份有限公司 |
| 主分類號： | G16B20/20 | 分類號： | G16B20/20 |
| 代理公司： | 上海專利商標事務所有限公司 31100 | 代理人： | 陶家蓉;楊昀 |
| 地址： | 美國加利*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 腫瘤 樣品 檢測 突變 負荷 方法 | ||
1.一種用于檢測腫瘤樣品基因組中的突變負荷的方法，其包含：
檢測多個核酸序列讀段中的變體以產生多個檢測到的變體，其中所述核酸序列讀段對應于所述腫瘤樣品基因組中的多個靶向位置，其中所述檢測到的變體包括體細胞變體和生殖系變體；
用來自一個或多個群體數據庫的注釋信息注釋所述多個檢測到的變體中的一個或多個檢測到的變體，其中所述群體數據庫包括與群體中變體相關的信息，其中所述注釋信息包括與給定變體相關的次要等位基因頻率(MAF)；
過濾所述多個檢測到的變體，其中所述過濾包括基于所述MAF保留所述檢測到的變體以產生被識別的體細胞變體；
通過將所述被識別的體細胞變體的數量除以所述靶向位置的覆蓋區域中的堿基的數量來計算初始腫瘤突變負擔(TMB)水平；以及
將校準應用于所述初始TMB水平以產生所述腫瘤樣品基因組的所述突變負荷的最終TMB水平。
2.根據權利要求1所述的方法，其中所述過濾進一步包含選擇位于外顯子區域中的非同義單核苷酸變體(SNV)。
3.根據權利要求1所述的方法，其中所述過濾進一步包含選擇位于外顯子區域中的非同義和同義SNV。
4.根據權利要求1所述的方法，其中所述過濾進一步包含選擇非同義SNV、插入變體和缺失變體(插入和/或缺失)。
5.根據權利要求1所述的方法，其中所述應用校準包括當所述初始TMB水平大于或等于閾值水平時，將所述初始TMB水平乘以斜率參數以形成所述最終TMB水平。
6.根據權利要求5所述的方法，其中所述應用校準包括當所述初始TMB水平小于所述閾值水平時，將所述最終TMB設定為等于所述初始TMB水平。
7.根據權利要求5所述的方法，其中所述應用校準包括：
在將所述初始TMB水平乘以所述斜率參數以形成乘積之前，從所述初始TMB水平中減去所述閾值水平；以及
將所述閾值水平與所述乘積相加以形成所述最終TMB水平。
8.一種用于檢測腫瘤樣品基因組中的突變負荷的系統，其包含處理器和與所述處理器通信連接的數據存儲器，所述處理器被配置成進行以下步驟，所述步驟包括：
檢測多個核酸序列讀段中的變體以產生多個檢測到的變體，其中所述核酸序列讀段對應于所述腫瘤樣品基因組中的多個靶向位置，其中所述檢測到的變體包括體細胞變體和生殖系變體；
用來自存儲在所述數據存儲器中的一個或多個群體數據庫的注釋信息注釋所述多個檢測到的變體中的一個或多個檢測到的變體，其中所述群體數據庫包括與群體中變體相關的信息，其中所述注釋信息包括與給定變體相關的次要等位基因頻率(MAF)；
過濾所述多個檢測到的變體，其中所述過濾包括基于所述MAF保留所述檢測到的變體以產生被識別的體細胞變體；
通過將所述被識別的體細胞變體的數量除以所述靶向位置的覆蓋區域中的堿基的數量來計算初始腫瘤突變負擔(TMB)水平；以及
將校準應用于所述初始TMB水平以產生所述腫瘤樣品基因組的所述突變負荷的最終TMB水平。
9.根據權利要求8所述的系統，其中所述過濾進一步包含選擇位于外顯子區域中的非同義單核苷酸變體(SNV)。
10.根據權利要求8所述的系統，其中所述過濾進一步包含選擇位于外顯子區域中的非同義和同義SNV。
11.根據權利要求8所述的系統，其中所述過濾進一步包含選擇非同義SNV、插入變體和缺失變體(插入和/或缺失)。
12.根據權利要求8所述的系統，其中所述應用校準包括當所述初始TMB水平大于或等于閾值水平時，將所述初始TMB水平乘以斜率參數以形成所述最終TMB水平。
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