[發明專利]分析實時擴增數據的方法

在審

• 申請號: 201980052907.3
• 申請日: 2019-06-07
• 公開（公告）號: CN112997255A
• 公開（公告）日: 2021-06-18
• 發明（設計）人: 潘泰利斯·喬治烏;艾哈邁德·莫尼瑞;耶蘇斯·羅德里格茲-曼薩諾
• 申請（專利權）人: 帝國理工學院創新有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;C12Q1/6851
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 黃愛嬌

1.一種用于定量包含靶核酸的樣本的方法，所述方法包括：

為多個靶標濃度中的每個獲得第一實時擴增數據集；

從第一數據集中提取多組N個特征，其中每個特征使所述第一數據集與所述靶標的濃度相關；并且

通過所述特征對在N維空間中定義的多個點擬合成線，每個點與所述多個靶標濃度中的一個相關，其中所述線定義了核酸靶標特有的多維標準曲線，所述多維標準曲線可用于定量靶標濃度。

2.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：

獲得與未知樣本相關的第二實時擴增數據；

從第二數據中提取相應的多組N個特征；和

通過相應的多組N個特征，計算N維空間中的線與N維空間中定義的點的距離度量。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法還包括由所述距離度量來計算擴增曲線之間的相似性度量，并且可選地還包括由所述相似性度量來鑒別離群點或對靶標進行分類。

4.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其特征在于，每個特征不同于其他特征中的每個特征，可選地，其中每個特征與所述靶標的濃度線性相關，并且可選地，其中所述特征的一個或多個特征包括C_t、C_y和-log₁₀(F₀)中的一個或多個。

5.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其特征在于，所述方法還包括將所述N維空間中的線映射到與靶標濃度相關的一維函數M₀，并且可選地，其中所述一維函數與靶標濃度線性相關，和/或可選地，其中所述一維函數定義了用于定量靶標濃度的標準曲線。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述映射使用降維技術來執行，并且可選地，其中所述降維技術包括以下中的至少一種：主成分分析；隨機樣本一致性；偏最小二乘回歸；和投影到單一特征上。

7.根據權利要求5或6所述的方法，其特征在于，所述映射包括對所述特征中的每個特征應用各自的標量特征權重，并且可選地，其中各自的特征權重由優化目標函數的優化算法確定，并且可選地，其中所述目標函數被布置以用于優化量化性能。

8.根據權利要求2至7中任一項所述的方法，其特征在于，計算所述距離度量包括將所述N維空間中的點投影到與所述N維空間中的線垂直的平面上，并且可選地，其中計算所述距離度量還包括基于投影點計算歐氏距離和/或馬氏距離。

9.根據權利要求8所述的方法，其特征在于，所述方法還包括基于所述距離度量來計算相似性度量，并且可選地，其中計算相似性度量包括將閾值應用于所述相似性度量。

10.根據權利要求9所述的方法，其特征在于，所述方法還包括基于所述相似性度量來確定所述N維空間中的點是在群點還是離群點。

11.根據權利要求10所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：如果所述N維空間中的點被確定為離群點，則從將在所述N維空間中定義的多個點擬合成線的步驟所基于的訓練數據中排除所述點，并且如果所述N維空間中的點未被確定為離群點，則另外基于所述N維空間中的點在所述N維空間中重新擬合成線。

12.根據權利要求2至7中任一項所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：基于所述多維標準曲線，并且可選地，進一步基于所述距離度量，以及可選地在從屬于權利要求4時，基于定義所述標準曲線的所述一維函數，確定靶標濃度。

13.根據權利要求10所述的方法，其特征在于，所述方法還包括在顯示器上顯示所述靶標濃度。