[發(fā)明專利]用于解析核酸混合物和混合細(xì)胞群體的方法和試劑及相關(guān)應(yīng)用在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201980037564.3 | 申請日： | 2019-05-16 |
| 公開（公告）號： | CN112218956A | 公開（公告）日： | 2021-01-12 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | J·J·索爾克;C·C·瓦倫丁三世;P·達(dá)那赫;羅方吟 | 申請（專利權(quán)）人： | 特溫斯特蘭德生物科學(xué)有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6806 | 分類號： | C12Q1/6806;C12Q1/6869;G16B30/10;G16B20/20;G16B20/50 |
| 代理公司： | 深圳市百瑞專利商標(biāo)事務(wù)所(普通合伙) 44240 | 代理人： | 金輝 |
| 地址： | 美國華*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 用于 解析 核酸 混合物 混合 細(xì)胞 群體 方法 試劑 相關(guān) 應(yīng)用 | ||
1.一種用于檢測和/或定量來自混合物的核酸的供體來源的方法，包括：
提供包括來自一個或多個供體來源的靶雙鏈DNA分子的混合物，其中所述靶雙鏈DNA分子含有一個或多個遺傳多態(tài)性；
為所述混合物中的多個靶雙鏈DNA分子中的每一個生成錯誤校正的序列讀數(shù)，包括：
將銜接子分子連接至所述多個靶雙鏈DNA片段以生成多個銜接子-DNA分子；
生成所述銜接子-DNA分子的原始第一鏈的一組拷貝和所述銜接子-DNA分子的原始第二鏈的一組拷貝；
對所述原始第一鏈和第二鏈的一個或多個拷貝進(jìn)行測序以提供第一鏈序列和第二鏈序列；以及
比較所述第一條鏈序列和所述第二條鏈序列以識別所述第一條鏈序列和所述第二條鏈序列之間的一個或多個對應(yīng)；以及
通過將所述錯誤校正的序列讀數(shù)去卷積成個體基因型來識別存在于所述核酸的混合物中的核酸的供體來源。
2.一種用于檢測和/或定量來自混合物的核酸的供體來源的方法，包括：
從原始測序數(shù)據(jù)產(chǎn)生雙重測序數(shù)據(jù)，其中所述原始測序數(shù)據(jù)從包括來自一個或多個供體來源的靶雙鏈DNA分子的混合物生成，并且其中所述靶雙鏈DNA分子含有一種或多種遺傳多態(tài)性；以及
通過將所述錯誤校正的序列讀數(shù)去卷積成個體基因型來識別存在于所述核酸的混合物中的核酸的供體來源。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或權(quán)利要求2所述的方法，其中一種或多種所述供體來源具有已知的基因型。
4.根據(jù)權(quán)利要求1或權(quán)利要求2所述的方法，其中一種或多種所述供體來源具有未知的基因型。
5.根據(jù)權(quán)利要求1或權(quán)利要求2所述的方法，所述混合物包括一種或多種未知的個體基因型，并且其中將所述錯誤校正的序列讀數(shù)去卷積成個體基因型包括：
識別存在于映射到參考序列中的一個或多個遺傳基因座的個體靶雙鏈DNA分子內(nèi)的微單倍型等位基因組合；
針對存在于所述一個或多個遺傳基因座內(nèi)的每個遺傳基因座處的所有可能的基因型評估所有可能的混合比例；以及
確定充分地適合所識別的微單倍型等位基因組合的所有可能的個體基因型的列表和所評估的所有可能的混合比例。
6.根據(jù)權(quán)利要求1或權(quán)利要求2所述的方法，其中所述混合物包括一種或多種已知的個體基因型，并且其中將所述錯誤校正的序列讀數(shù)去卷積成個體基因型包括：
識別存在于所述混合物中的個體靶雙鏈DNA分子內(nèi)的微單倍型等位基因組合；
對從每個已知的個體基因型捐獻(xiàn)的每個等位基因的總計數(shù)求和；以及
確定存在于所述混合物中的每個已知基因型的混合比例。
7.根據(jù)權(quán)利要求1-6中任一項所述的方法，還包括將一種或多種個體基因型與包括多種已知基因型的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，以識別所述一種或多種供體來源。
8.根據(jù)權(quán)利要求1-7中任一項所述的方法，所述混合物包括多于一種供體來源，并且其中所述方法進(jìn)一步包括通過計算每個遺傳多態(tài)性的比例或在所述錯誤校正的序列讀數(shù)中存在的遺傳多態(tài)性的基本上獨特的組合的比例來確定來自所述混合物中存在的所述多于一種供體來源的每個供體來源的比例。
9.根據(jù)權(quán)利要求1-3和6-8中任一項所述的方法，其中所述靶雙鏈DNA分子從一個或多個臍帶血樣品中提取。
10.根據(jù)權(quán)利要求1-8中任一項所述的方法，其中所述靶雙鏈DNA分子從法醫(yī)樣品中提取。
11.根據(jù)權(quán)利要求1-3和6-8中任一項所述的方法，其中所述靶雙鏈DNA分子從具有干細(xì)胞或器官移植的患者中提取。
12.根據(jù)權(quán)利要求1-8中任一項所述的方法，其中所述靶雙鏈DNA分子從患者中提取，并且其中識別所述混合物中存在的所述一種或多種供體來源包含測量所述患者中微嵌合體的水平。
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