[發明專利]在相對的轉錄物末端進行分子條形碼化

在審

• 申請號: 201980037342.1
• 申請日: 2019-05-01
• 公開（公告）號: CN112243461A
• 公開（公告）日: 2021-01-19
• 發明（設計）人: 艾琳·夏姆;克里斯蒂娜·范
• 申請（專利權）人: 貝克頓迪金森公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6834
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 劉曉杰;武晶晶

1.一種將寡核苷酸條形碼附接至樣品中的核酸靶的方法，所述方法包括：

使用多個寡核苷酸條形碼對樣品中的所述核酸靶的拷貝進行條形碼化，以產生多個經條形碼化的核酸分子，每個經條形碼化的核酸分子包含所述核酸靶的序列、分子標記和靶結合區，并且其中所述多個寡核苷酸條形碼中的至少10個包含不同的分子標記序列；

將包含所述靶結合區的互補體的寡核苷酸附接至所述多個經條形碼化的核酸分子，以產生多個經條形碼化的核酸分子，每個經條形碼化的核酸分子包含所述靶結合區和所述靶結合區的互補體；

使所述多個經條形碼化的核酸分子中的每一個內的所述靶結合區和所述靶結合區的互補體雜交以形成莖環；并且

延伸所述多個經條形碼化的核酸分子的3’末端以延伸所述莖環，以產生多個經延伸的經條形碼化的核酸分子，每個經延伸的經條形碼化的核酸分子包含所述分子標記和所述分子標記的互補體。

2.如權利要求1所述的方法，所述方法進一步包括：基于與所述多個經延伸的經條形碼化的核酸分子相關聯的具有不同序列的分子標記、其互補序列或其組合的數量，確定所述樣品中的所述核酸靶的數量。

3.一種用于確定樣品中靶的數量的方法，所述方法包括：

使用多個寡核苷酸條形碼對樣品中的核酸靶的拷貝進行條形碼化，以產生多個經條形碼化的核酸分子，每個經條形碼化的核酸分子包含所述核酸靶的序列、分子標記和靶結合區，并且其中所述多個寡核苷酸條形碼中的至少10個包含不同的分子標記序列；

將包含所述靶結合區的互補體的寡核苷酸附接至所述多個經條形碼化的核酸分子，以產生多個經條形碼化的核酸分子，每個經條形碼化的核酸分子包含所述靶結合區和所述靶結合區的互補體；

使所述多個經條形碼化的核酸分子中的每一個內的所述靶結合區和所述靶結合區的互補體雜交以形成莖環；

延伸所述多個經條形碼化的核酸分子的3’末端以延伸所述莖環，以產生多個經延伸的經條形碼化的核酸分子，每個經延伸的經條形碼化的核酸分子包含所述分子標記和所述分子標記的互補體；并且

基于與所述多個經延伸的經條形碼化的核酸分子相關聯的具有不同序列的分子標記的互補序列的數量，確定所述樣品中的所述核酸靶的數量。

4.如權利要求1-3中任一項所述的方法，其中對所述多個靶的拷貝進行條形碼化包括：

使所述核酸靶的拷貝與所述多個寡核苷酸條形碼接觸，其中所述多個寡核苷酸條形碼中的每一個包含能夠與所述核酸靶雜交的靶結合區；并且

延伸與所述寡核苷酸條形碼雜交的所述核酸靶的拷貝，以產生多個經條形碼化的核酸分子。

5.如權利要求1-3中任一項所述的方法，其中對所述多個靶的拷貝進行條形碼化包括：

使所述核酸靶的拷貝與所述多個寡核苷酸條形碼接觸，其中所述多個寡核苷酸條形碼中的每一個包含所述靶結合區，其中所述靶結合區與所述核酸靶雜交；并且

延伸與所述寡核苷酸條形碼雜交的所述核酸靶的拷貝，以產生多個經條形碼化的核酸分子。

6.如權利要求1-5中任一項所述的方法，

所述方法包括擴增所述多個經條形碼化的核酸分子以產生多個經擴增的經條形碼化的核酸分子，

其中附接包含所述靶結合區的所述互補體的所述寡核苷酸包括：將包含所述靶結合區的所述互補體的所述寡核苷酸附接至所述多個經擴增的經條形碼化的核酸分子，以產生多個經條形碼化的核酸分子，每個經條形碼化的核酸分子包含所述靶結合區和所述靶結合區的互補體。

7.如權利要求2-6中任一項所述的方法，

所述方法包括擴增所述多個經延伸的經條形碼化的核酸分子，以產生多個經單標記的核酸分子，每個經單標記的核酸分子包含所述分子標記的所述互補體；

其中確定所述樣品中的所述核酸靶的數量包括：基于與所述多個經單標記的核酸分子相關聯的具有不同序列的分子標記的互補序列的數量，確定所述樣品中的所述核酸靶的數量。