[發明專利]高危型HPV型別和宮頸癌前病變階段關系的計算方法及裝置

有效

• 申請號: 201911420979.7
• 申請日: 2019-12-31
• 公開（公告）號: CN111180071B
• 公開（公告）日: 2022-02-08
• 發明（設計）人: 章樂;吳雯婷;劉宏圖
• 申請（專利權）人: 四川大學
• 主分類號: G16H50/30
• 分類號: G16H50/30;G06K9/62;G16B20/50;G16H50/70
• 代理公司: 北京市廣友專利事務所有限責任公司 11237
• 代理人: 張仲波

本發明提供了一種高危型HPV型別和宮頸癌前病變階段間關系的計算方法和裝置，該方法包括：對通過薄層細胞學檢查(TCT)和HPV基因分型檢測得到的M種宮頸癌前病變階段下的N種高危型HPV感染數據進行分類整理，獲得不同感染方式下的HPV感染預處理數據；基于HPV預處理數據作聚類分析，并基于聚類分析結果獲取不同高危型HPV的相似性；基于所述的單重感染和多重感染方式下的HPV預處理數據按泊松分布建模，進行回歸分析，獲取HPV單重感染和多重感染對宮頸癌前病變的影響比重。該方法結合聚類技術、統計分析方法，對生物數據進行挖掘，發現不同高危型HPV與不同宮頸癌前病變階段間的關系。

技術領域

本發明涉及一種結合生物醫學數據，利用計算機數據挖掘技術和統計分析技術對不同高危型HPV型別和宮頸癌前病變階段關系進行挖掘研究的方法，尤其是涉及一種高危型HPV型別和宮頸癌前病變階段關系的計算方法及裝置。

背景技術

宮頸癌作為威脅全球女性健康的第四大常見腫瘤，已被研究證實主要由人乳頭瘤病毒(HPV)引起。據報告估計，與HPV感染相關的癌癥病例占全球新發癌癥總數的4.5％，其中宮頸癌在這些HPV感染相關癌癥中的占比又高達83％，對女性健康(尤其在發展中國家)造成了極大的威脅。流行病學相關研究表明N種HPV類型(16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59和68型)根據其引發宮頸癌變的可能性而被歸為高危型HPV(HR-HPV)。由于宮頸癌變是一個多因素、多步驟的緩慢的漸進過程，大約持續感染HR-HPV的癌變發生時間約為20年，因此宮頸癌是唯一可以通過HPV分型篩查早期預防和治療的惡性腫瘤，對改善患者預后具有重要作用。目前，我國已成為宮頸癌高發國家之一，HPV感染在女性中較為普遍，因此在我國開展高危型HPV感染的研究具有十分重要的意義。

從國內外研究來看，在宮頸的HPV數據收集層面上，液基細胞學檢查(LCT)和(TCT)是細胞水平上常見的兩種宮頸鱗狀上皮內病變的宮頸篩查方法，但它們并不擅長檢測特定的HR-HPV基因型感染；而HPV基因分型方法不僅比LCT和TCT方法更容易檢測到特定的HPV基因型，而且能夠區分單一感染和多重感染，但該方法的高靈敏度可能會導致過度診斷。因此，為了兼顧靈敏度和準確性，在收集數據階段將HR-HPV基因分型篩查與細胞學診斷相結合，能有效減少錯誤診斷，避免過度治療。例如,在用LCT/TCT和HR-HPV基因分型方法收集樣本數據后，Catteau等人計算了比利時女性在不同癌前病變階段分組下總的N種HR-HPV感染流行率；而Ying等人則以總的癌前病變階段中不同HR-HPV型別流行率來刻畫北京地區主要的感染型別分布情況。然而,由于在同一種癌前病變階段中有些HR-HPV型別的流行率會明顯高于其他的HR-HPV型別；而且對同一種HR-HPV而言，該亞型在不同的癌前病變階段分組中的流行率也并不一致，因此用總的癌前病變階段數據來描述HR-HPV型別與癌前病變階段間的感染關系存在爭議。

另一方面，在HPV多重感染層面上，尚不清楚多重感染(兩種或兩種以上HPV型別感染)是否比單重感染(只感染一種HPV型別)對宮頸癌變影響的風險性更大。很多學者對此進行了研究，例如，Chaturvedi等人研究了25種HPV基因型的共同感染模式，并計算每個基因型與24個其他基因型組合感染的優勢比(OR)，其結果表明多重感染的患病風險與個體類型估計風險的總和相接近，幾乎沒有HPV基因型協同相互作用的證據；然而，Ying等人和Dickson等人的研究結果卻均認為多重感染的女性的癌變風險明顯高于單重感染的女性。可能由于這些不同的多重感染研究收集到的HPV類型、患者年齡等相關影響因素存在差異，從而導致了多重感染引起宮頸病變風險的不一致結論。此外，以往的大多數研究主要使用隊列分析方法而沒有考慮使用回歸模型來研究不同的HPV型別在不同癌前病變階段下的單重感染和多重感染的影響比重。

發明內容

鑒于上述提出的研究不足，本發明實施范例提供一種研究不同高危型人乳頭瘤病毒(HPV)和不同宮頸癌前病變階段間關系的方法，所述方法包括：