[發明專利]一種用于檢測胃腸道間質瘤相關基因突變的試劑盒

在審

• 申請號: 201911331906.0
• 申請日: 2019-12-21
• 公開（公告）號: CN110938696A
• 公開（公告）日: 2020-03-31
• 發明（設計）人: 熊慧;曾海;柳誠剛;肖樊;尹璐;高峰英
• 申請（專利權）人: 武漢百泰基因工程有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 武漢紅觀專利代理事務所(普通合伙) 42247
• 代理人: 張文俊

1.一種用于檢測胃腸道間質瘤相關基因突變的引物探針組合物，其特征在于：所述胃腸道間質瘤相關基因為C-kit基因和PDGFRA基因，所述引物探針組合物包括引物1-12、熒光探針1-6和鎖核酸探針1-6，所述引物1-8、熒光探針1-4和鎖核酸探針1-4用于檢測C-kit基因突變，所述引物9-12用于檢測PDGFRA基因突變，所述引物1-12的堿基序列分別如序列表中SEQ ID NO.1、2、5、6、9、10、13、14、17、18、21、22所示，所述熒光探針1-6的堿基序列分別如序列表中SEQ ID NO.3、7、11、15、19、23所示，所述鎖核酸探針1-6的堿基序列分別如序列表中SEQ ID NO.4、8、12、16、20、24所示，各鎖核酸探針的3’端均連接有PO4基團。

2.一種用于檢測胃腸道間質瘤相關基因突變的試劑盒，其特征在于：包括權利要求1所述的引物探針組合物。

3.如權利要求2所述的用于檢測胃腸道間質瘤相關基因突變的試劑盒，其特征在于：應用于熒光定量PCR反應中，反應體系中所述引物探針組合物中各引物濃度為0.3μmol/L，各熒光探針濃度為0.2μmol/L。

4.如權利要求2所述的用于檢測胃腸道間質瘤相關基因突變的試劑盒，其特征在于：還包括PCR反應液和測序反應液，所述PCR反應液包括含Mg²⁺的PCR擴增緩沖液、dNTPs和TaqDNA聚合酶，所述測序反應液包括2.5×BigDye和5×BigDye測序緩沖液。

5.如權利要求2所述的用于檢測胃腸道間質瘤相關基因突變的試劑盒，其特征在于：還包括PCR產物純化試劑，所述PCR產物純化試劑包括3mol/L醋酸鈉溶液、無水乙醇和甲酰胺。

6.如權利要求2所述的用于檢測胃腸道間質瘤相關基因突變的試劑盒，其特征在于：還包括陰性質控品和陽性質控品，所述陰性質控品為含C-kit和PDGFRA野生型基因片段的重組質粒，所述陽性質控品為含C-kit和PDGFRA突變型基因片段的重組質粒。

7.一種非診斷目的檢測胃腸道間質瘤相關基因突變的方法，采用權利要求2-6任一所述的試劑盒，其特征在于，包括以下步驟：

S1、提取樣本基因組DNA；

S2、以所述樣本基因組DNA為模板，采用所述試劑盒進行熒光定量PCR擴增反應，得到PCR擴增產物；

S3、對所述PCR擴增產物進行純化，得到純化的PCR擴增產物；

S4、以所述純化的PCR擴增產物為模板，進行測序PCR擴增，得到測序PCR擴增產物；

S5、對所述測序PCR擴增產物進行純化，得到純化的測序PCR擴增產物；

S6、將所述純化的測序PCR擴增產物進行測序分析，并分別與C-kit和PDGFRA野生型基因序列進行比對，判定所述樣本基因組DNA中C-kit和PDGFRA基因是否發生突變。