[發明專利]一種染色體非整倍體異常的檢測方法及檢測試劑盒

在審

• 申請號: 201911301212.2
• 申請日: 2019-12-17
• 公開（公告）號: CN111088325A
• 公開（公告）日: 2020-05-01
• 發明（設計）人: 李慶閣;陳昕雯;黃秋英;王亞芳
• 申請（專利權）人: 廈門大學
• 主分類號: C12Q1/6851
• 分類號: C12Q1/6851
• 代理公司: 廈門市首創君合專利事務所有限公司 35204
• 代理人: 張松亭;游學明

1.一種染色體非整倍體異常的檢測方法，包括以下步驟：

1)根據待測染色體在全基因組范圍內篩選重復但不完全相同的重復序列，其參數要求為同源性大于等于90％，堿基長度大于等于1kb，該重復序列可隨機分布在其它非待測染色體上，即參考染色體；所述待測染色體序列與參考染色體序列位于不同染色體上；且所述待測染色體序列與參考染色體序列為同源關系，序列具有保守性；

2)將待測染色體序列與參考染色體序列進行比對，標記序列中的差異堿基位置，設計一對同源的擴增引物，無需覆蓋差異堿基；設計一條特異的熒光標記探針，即Gap探針，所述Gap探針與待測染色體序列完全匹配，與參考染色體序列不完全匹配，含2-3個差異堿基；引物探針的設計區域均無SNP發生干擾；

3)使用同源引物進行PCR，在一個反應管內同時擴增待測染色體序列與參考染色體序列，得到兩種PCR擴增產物；

4)基于微滴式數字PCR平臺拷貝數定量檢測方法，讀取不同通道的熒光信號并計算拷貝數，進行RCD的數據模型分析；或基于實時熒光PCR平臺熔解曲線檢測方法，Gap探針隨著溫度改變而發生熒光強度的變化，進行熔解峰峰高Rm比值關聯的Z-Score數據模型分析。

2.根據權利要求1所述的一種染色體非整倍體異常的檢測方法，其特征在于：所述重復序列包括兩段重復但不完全相同的序列，同源性參數同時滿足大于90％，小于100％。

3.根據權利要求1所述的一種染色體非整倍體異常的檢測方法，其特征在于：所述同源的擴增引物為一對擴增引物，或是多對擴增引物多片段擴增；一對同源的擴增引物與模板完全匹配，同時擴增待測染色體序列和參考染色體序列。

4.根據權利要求1所述的一種染色體非整倍體異常的檢測方法，其特征在于：所述多色探針熔解曲線分析采用熒光標記探針；所述的多色探針5’端合成的熒光基團包括FAM、HEX、ROX、CY5，3’端合成的淬滅基團包括BHQ1、BHQ2。

5.根據權利要求1所述的一種染色體非整倍體異常的檢測方法，其特征在于：所述數字PCR拷貝數定量分析數據處理方式包括RCD數據分析、歸一化處理、Z-Score數學模型分析；所述多色探針曲線分析數據處理方式包括峰高比值處理、歸一化處理、Z-Score數學模型分析。