[發明專利]基于游離DNA甲基化或羥甲基化差異的主動脈夾層檢測方法及系統

在審

• 申請號: 201911040573.6
• 申請日: 2019-10-29
• 公開（公告）號: CN110684836A
• 公開（公告）日: 2020-01-14
• 發明（設計）人: 劉贇;劉佩茹;邱文青;杜多;張丹丹
• 申請（專利權）人: 復旦大學
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 31200 上海正旦專利代理有限公司
• 代理人: 陸飛;陸尤

1. 一種基于游離DNA甲基化或羥甲基化差異的主動脈夾層檢測方法，其特征在于，利用游離DNA甲基化或DNA羥甲基化差異作為檢測分子標記，具體步驟為：

（一）游離DNA甲基化或羥甲基化差異檢測

收集主動脈夾層患者、正常人和其他病人游離DNA的甲基化或羥甲基化數據；

（1）檢測主動脈夾層病人和正常人或其他病人血液游離DNA的整體甲基化或羥甲基化水平有統計學差異（t檢驗，p<0.1）；

（2）檢測主動脈夾層病人和正常人或其他病人血液游離DNA的特定位點或區域甲基化或羥甲基化水平有統計學差異（t檢驗，p<0.1）；

（3）檢測主動脈夾層病人和正常人或其他病人血液游離DNA甲基化或羥甲基化在基因組中的分布規律差異；

（二）根據DNA甲基化或羥甲基化差異檢測主動脈夾層的發生

（1）選擇步驟（一）中差異（1）-（3）中的一種為判斷分子標記，根據已有的主動脈夾層患者，正常人及其他病人游離DNA的甲基化或羥甲基化數據，建立分類模型，或者擬定正常值參考范圍；

（2）對于由DNA甲基化或DNA羥甲基化檢測技術得到的待檢測樣品DNA甲基化或羥甲基化數據，根據上述建立的分類模型或擬定的正常值范圍，判斷主動脈夾層是否發生。

2.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述特定位點選自HOX基因家族中HOXA5、HOXA6、HOXC6基因家族啟動子區。

3.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述DNA甲基化或DNA羥甲基化檢測技術選自全基因組甲基化測序、焦磷酸測序、DNA甲基化免疫共沉淀技術、DNA羥甲基化免疫共沉淀技術以及5-羥甲基胞嘧啶選擇性標記技術。

4.基于權利要求1所述檢測方法的主動脈夾層檢測系統，其特征在于，包括：游離DNA甲基化或羥甲基化差異檢測模塊，主動脈夾層判別模塊；其中：

所述游離DNA甲基化或羥甲基化差異檢測模塊，包括3個子模塊：

（1）主動脈夾層病人和正常人或其他病人血液游離DNA的整體甲基化或羥甲基化水平有統計學差異（t檢驗，p<0.1）檢測子模塊；

（2）主動脈夾層病人和正常人或其他病人血液游離DNA的特定位點或區域甲基化或羥甲基化水平有統計學差異（t檢驗，p<0.1）檢測子模塊；

（3）主動脈夾層病人和正常人或其他病人血液游離DNA甲基化或羥甲基化在基因組中的分布規律差異檢測子模塊；

所述主動脈夾層判別模塊，包括2個子模塊：（1）分類子模塊；（2）判斷子模塊；分類子模塊中，根據游離DNA甲基化或羥甲基化差異檢測模塊中3個子模塊的檢測結果建立分類模型，或者擬定正常值參考范圍；判斷子模塊中，根據得到的待檢測樣品DNA甲基化或羥甲基化數據，與分類子模塊中建立的分類模型或擬定的正常值范圍進行比較，判斷主動脈夾層是否發生。