[發(fā)明專利]一種牡丹皮的轉(zhuǎn)錄組SSR分子標記體系及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201910838272.1
• 申請日: 2019-09-05
• 公開（公告）號: CN110511928B
• 公開（公告）日: 2023-03-21
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張迎春;曾忠良;葛梅
• 申請（專利權(quán)）人: 西南大學
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6895
• 代理公司: 北京同恒源知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11275
• 代理人: 趙榮之

本發(fā)明涉及一種牡丹皮的轉(zhuǎn)錄組SSR分子標記體系及其應(yīng)用，通過篩選牡丹皮中10對SSR分子標記引物，該引物體系多態(tài)性高、通用性好，能夠在多個牡丹樣品中體現(xiàn)多態(tài)性，并能對不同品種來源的牡丹皮品種及品質(zhì)進行有效鑒別。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物領(lǐng)域，涉及一種牡丹皮的轉(zhuǎn)錄組SSR分子標記體系及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

中藥牡丹皮為毛茛科植物牡丹Paeonia suffruticosa Andr.的干燥根皮，主要分布于我國的重慶、安徽、陜西、河南、山東等地。牡丹皮為常用的大宗藥材，臨床應(yīng)用廣泛，具有清熱涼血、活血化瘀的功效，也是中藥臨床大品種制劑如六味地黃丸的原材料之一。重慶墊江為川丹皮的傳統(tǒng)道地產(chǎn)區(qū)；安徽鳳丹(P.ostii T.Hong et J.X.zhang)雖未收入藥典，但因藥材品質(zhì)好，也是作為藥材市場上牡丹皮的主要來源之一。

現(xiàn)有的研究發(fā)現(xiàn)，牡丹有近1000個觀賞培育品種，由于觀賞品種與藥用品種在品種選育與栽培模式上有較大差異，一般藥用品種為單瓣單色花，牡丹皮質(zhì)量為佳；觀賞品種多為重瓣鮮艷的花，若根皮入藥質(zhì)量不如藥用品種。但隨著市場對牡丹皮的需求增加，經(jīng)常有觀賞牡丹來源的牡丹皮充斥于藥材市場，會導(dǎo)致不同品種牡丹來源的牡丹皮存在明顯的質(zhì)量差異，進而影響到臨床療效。由于不同品種牡丹皮在外觀形態(tài)上極為相似，難以通過外部形態(tài)特征進行區(qū)分。因此，亟需建立可靠的鑒定方法來區(qū)分不同來源的牡丹皮品種，對藥用牡丹與觀賞牡丹來源的牡丹皮進行鑒定，以保證牡丹皮藥材質(zhì)量的穩(wěn)定性。

牡丹皮的品質(zhì)主要體現(xiàn)在有效成分的含量，而有效成分的積累依賴于植物體內(nèi)生物合成通路中的功能性基因，通過解析功能性基因的特征屬性，可為藥材品質(zhì)形成及評價提供重要參考。而對功能基因的特征標記，可作為藥材品質(zhì)評價及優(yōu)良品種培育的指標。

分子標記已成為揭示物種的遺傳多樣性和品種鑒定最重要的工具之一。目前常用的分子標記類型包括限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)、隨機擴增多態(tài)性DNA(RAPD)、酶切擴增多態(tài)性序列(CAPS)、單核甘酸多態(tài)性(SNP)、簡單重復(fù)序列(SSR)等。其中，SSR(simplesequence repeat)又稱為微衛(wèi)星序列，是由1～6個核苷酸為重復(fù)基元重復(fù)多次組成的DNA序列，它們的長度大約為100～200個堿基對，廣泛存在于真核生物基因組中。SSR序列具有分布廣泛、共顯性遺傳、多態(tài)性位點多、信息含量豐富、物種間轉(zhuǎn)移性好、易于檢測和可重復(fù)性好的特點，已被廣泛應(yīng)用于品種鑒定，種質(zhì)資源保存和利用、遺傳多樣性分析、分子標記輔助選育等研究領(lǐng)域。基于轉(zhuǎn)錄組中的SSR分子標記既可避免基因組SSR(genomic-SSR)周期長、成本高，以及EST-SSR的數(shù)據(jù)量少的問題，又具有g(shù)enic-SSR的優(yōu)點；同時，這種技術(shù)也充分利用了轉(zhuǎn)錄組測序的結(jié)果。從已經(jīng)開展的研究發(fā)現(xiàn)基于轉(zhuǎn)錄組SSR開發(fā)的分子標記多態(tài)性和擴增效果較好，說明轉(zhuǎn)錄組SSR適宜用來進行分子標記的開發(fā)。牡丹作為重要的觀賞植物，具有“多地、多種、多元”起源的特點，有著極其豐富的遺傳多樣性。在作物育種中，深入了解分子多樣性，是研究作物遺傳多樣性、鑒定品種和選擇雜交親本的基礎(chǔ)，但牡丹在這方面的研究偏少，主要集中在對牡丹品種鑒定、起源等研究，研究則偏重于牡丹花的觀賞性，而忽略了該植物的藥用價值。部分地區(qū)的牡丹品種通過分子標記研究發(fā)現(xiàn)其具有豐富的遺傳多樣性。采用RAPD技術(shù)對四川彭州地區(qū)的牡丹品種進行分析，發(fā)現(xiàn)多數(shù)來源地相同的品種表現(xiàn)為較為密切的親緣關(guān)系；在構(gòu)建中原牡丹核心種質(zhì)資源庫研究中，根據(jù)品種來源、分類體系等基本數(shù)據(jù)和形態(tài)、分子標記特征數(shù)據(jù)，建立了中原牡丹品種的表型數(shù)據(jù)庫和品種的分子數(shù)據(jù)庫。并通過構(gòu)建中原牡丹品種的初級核心種質(zhì)資源，進行ISSR和AFLP標記證明構(gòu)建的核心種質(zhì)具有豐富的遺傳多樣性。CDDP標記也被嘗試用于牡丹的遺傳多樣性分析，品種特異性分析和一致性檢驗，以篩選區(qū)分牡丹種質(zhì)資源的核心引物和探討牡丹分子身份證的構(gòu)建方法。于海萍等以鳳丹為實驗材料，利用磁珠富集法開發(fā)SSR標記，探討了鳳丹在芍藥組植物中的交叉擴增能力，發(fā)現(xiàn)紫斑牡丹是西北牡丹品種群的主要原種之一，且二者與四川牡丹有較近的親緣關(guān)系；鳳丹參與了中原牡丹品種群的起源；系個體與中原牡丹品種群個體也有一定的親緣關(guān)系。

發(fā)明內(nèi)容