[發明專利]一種牡丹皮的轉錄組SSR分子標記體系及其應用

有效

• 申請號: 201910838272.1
• 申請日: 2019-09-05
• 公開（公告）號: CN110511928B
• 公開（公告）日: 2023-03-21
• 發明（設計）人: 張迎春;曾忠良;葛梅
• 申請（專利權）人: 西南大學
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6895
• 代理公司: 北京同恒源知識產權代理有限公司 11275
• 代理人: 趙榮之

1.一種牡丹皮的轉錄組SSR分子標記引物對組合，其特征在于，包括以下10個引物對：

引物對P1，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1和 SEQ ID NO.2所示；

引物對P2，其核苷酸序列如SEQ ID NO.3和 SEQ ID NO.4所示；

引物對P3，其核苷酸序列如SEQ ID NO.5和 SEQ ID NO.6所示；

引物對P4，其核苷酸序列如SEQ ID NO.7和 SEQ ID NO.8所示；

引物對P5，其核苷酸序列如SEQ ID NO.9和 SEQ ID NO.10所示；

引物對P6，其核苷酸序列如SEQ ID NO.11和 SEQ ID NO.12所示；

引物對P7，其核苷酸序列如SEQ ID NO.13和 SEQ ID NO.14所示；

引物對P8，其核苷酸序列如SEQ ID NO.15和 SEQ ID NO.16所示；

引物對P9，其核苷酸序列如SEQ ID NO.17和 SEQ ID NO.18所示；

引物對P10，其核苷酸序列如SEQ ID NO.19和 SEQ ID NO.20所示；

所述牡丹皮的品種為單瓣紅、重瓣紅、鳳丹、趙粉、葛巾紫、丁香紫、大棕紫、萍實艷、海黃、姚黃、洛陽錦、黑牡丹、白牡丹。

2.權利要求1所述一種牡丹皮的轉錄組SSR分子標記引物對組合在牡丹皮的品種鑒定和品質評價中的應用；所述牡丹皮的品種為單瓣紅、重瓣紅、鳳丹、趙粉、葛巾紫、丁香紫、大棕紫、萍實艷、海黃、姚黃、洛陽錦、黑牡丹、白牡丹。

3.權利要求1所述一種牡丹皮的轉錄組SSR分子標記引物對組合的篩選方法，其特征在于，具體步驟如下：

（1）提取新鮮牡丹皮樣品RNA，構建牡丹皮轉錄組文庫并進行測序分析，獲得牡丹皮轉錄組序列，并用Trinity軟件對轉錄本進行拼接得到Unigene；

（2）Unigene功能注釋使用BLAST軟件將Unigene序列與NR、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、eggNOG4.5、KEGG數據庫比對，使用KOBAS2.0得到Unigene在KEGG中的KEGG Orthology結果，預測完Unigene的氨基酸序列之后使用HMMER軟件與Pfam數據庫比對，獲得Unigene的注釋信息，得到參與牡丹皮中丹皮酚、芍藥苷、沒食子酸的生物合成通路中的功能基因或片段，獨立建成功能基因數據庫；

（3）使用MISA軟件對功能基因數據庫中核苷酸長度大于1000 bp的Unigene進行SSR位點的篩選和分析，從得到的總SSR中再設置條件進行篩選，篩選標準：二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸最少重復次數分別為 9、6、5、4、4；

（4）采用Primer 5軟件設計SSR引物，引物設計參數為引物長度為 18～25bp；PCR 擴增產物長度為 100～400 bp；GC 含量為40%～60%；

（5）對步驟（4）所設計的引物在不同牡丹皮樣本中進行可擴增性和通用性鑒定，得到在不同品種牡丹皮中具有可擴增性和通用性的上述SSR分子標記引物對組合。