[發明專利]一種無對照體細胞突變檢測方法及裝置

有效

• 申請號: 201910395409.0
• 申請日: 2019-05-14
• 公開（公告）號: CN109903811B
• 公開（公告）日: 2019-08-09
• 發明（設計）人: 李超;王威;張兵
• 申請（專利權）人: 慧算醫療科技（上海）有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B40/00
• 代理公司: 上海光華專利事務所(普通合伙) 31219
• 代理人: 朱凌嬌;許亦琳

本發明提供一種無對照體細胞突變檢測方法，所述方法無需正常組織對照，包括以下步驟：獲取待測樣本的突變基因位點的檢測數據；基于聚類算法對突變基因位點進行相似聚類；注釋各亞克隆內各突變基因位點；建立亞克隆預測模型；將各亞克隆內各突變基因位點注釋信息輸入到所述亞克隆預測模型中，預測各亞克隆屬于第一克隆，第二克隆和第三克隆中的哪一類。在腫瘤治療時，如果沒有找到驅動突變而盲目治療，靶向治療效果較差，采用本發明可篩選出第一克隆即驅動克隆，進一步的即篩選出驅動突變，有助于根據驅動突變更加有針對性地選擇合適的治療藥物和治療方案，提高腫瘤的治療效果。

技術領域

本發明涉及一種基因檢測領域，特別是涉及一種無對照體細胞突變檢測方法及裝置。

背景技術

癌癥基因組的臨床與基礎研究的分析的關鍵步驟是鑒定腫瘤中的體細胞突變。通常采用的方式是通過將腫瘤基因組與源自自體的正常組織的參考基因組序列進行比較來完成。但是，很多情況下，無法取得匹配的正常組織用于比較。例如，回顧性研究中取得的組織標本很多情況下無法獲取正常組織對照。同時，臨床應用中雖然多數情況下可以同時對對照和腫瘤樣本進行測序，但是此種方案會增加相應的實驗與分析成本。因此，通過對只有腫瘤組織獲取的高通量測序數據進行分析，借助合理的生物統計學模型得到準確的體細胞突變結果一方面將會對臨床與基礎研究起到促進作用，另一方面將減低實驗和分析成本。

對于此種問題，存在類似的技術解決方案，主要基于的原理為體細胞的突變豐度VAF和胚系突變VAF在大多數情況下存在差異。故采用突變豐度VAF對體細胞突變和胚系突變進行分類。但是此方案在腫瘤純度較高的情況下容易產生假陰性和或假陽性的問題，同時會受到基因擴增等因素的干擾，導致準確性無法進一步提高。

發明內容

鑒于以上所述現有技術的缺點，本發明的目的在于提供一種無對照體細胞突變檢測方法及裝置，用于解決現有技術中體細胞突變檢測準確性差的問題。

為實現上述目的及其他相關目的，本發明第一方面提供一種無對照體細胞突變檢測方法，所述方法無需正常組織對照，所述方法包括以下步驟：

S1：獲取待測樣本的突變基因位點的檢測數據；

S2：根據所述突變基因位點的檢測數據信息，基于聚類算法對突變基因位點進行相似聚類，即形成亞克隆分層；

S3：注釋各亞克隆內各突變基因位點；

S4：建立亞克隆預測模型；

S5：將步驟S3得到的各亞克隆內各突變基因位點注釋信息輸入到所述亞克隆預測模型中，預測各亞克隆屬于第一克隆，第二克隆和第三克隆中的哪一類；所述第一克隆是指腫瘤的驅動克隆，所述第二克隆是指過客克隆，所述第三克隆為不攜帶體細胞突變的集合。

本發明第二方面提供一種無對照體細胞突變檢測裝置，所述裝置無需正常組織對照，所述裝置至少包括：

獲取模塊，用于獲取待測樣本的突變基因位點的檢測數據；

分層模塊，用于根據所述突變基因位點的檢測數據信息，基于聚類算法對突變基因位點進行相似聚類，即形成亞克隆分層；

注釋模塊，用于注釋各突變基因位點；

建模模塊，用于建立亞克隆預測模型；

預測模塊，用于將注釋模塊得到的各亞克隆內各突變基因位點注釋信息輸入到所述亞克隆預測模型中，預測各亞克隆屬于第一克隆，第二克隆和第三克隆中的哪一類；所述第一克隆是指腫瘤的驅動克隆，所述第二克隆是指過客克隆，所述第三克隆為不攜帶體細胞突變的集合。

本發明第三方面提供一種計算機可讀存儲介質，其上存儲有計算機程序，該程序被處理器執行時實現前述無對照體細胞突變檢測方法。